25、V–Bundles:线性时间内对扩散MRI纤维轨迹进行聚类

V–Bundles:线性时间内对扩散MRI纤维轨迹进行聚类

1. 引言

在神经科学领域,扩散加权磁共振成像(dMRI)数据可用于追踪人脑神经元连接的物理路径,这一过程被称为纤维束成像(tractography)。现有方法通常会为单个受试者生成多达数百万条流线,然后将这些流线分组为束。这些束代表了大脑的宏观布线方案,在生成人类白质图谱中起着重要作用,同时也有助于研究大脑发育、衰老和疾病与结构及功能束特征之间的关系。

目前,许多流行的寻找纤维束的方法使用相似性度量并进行聚类,例如层次聚类。然而,这些方法通常需要计算和存储成对相似性,其计算量会随着流线数量的增加而呈二次方增长,这迅速限制了可处理的数据集大小。为了降低这种复杂性,常见的策略包括随机抽样、剔除或使用更快的算法进行预聚类。但基于相似性的方法往往需要将数据重采样为固定数量的点或固定段长度,这可能会丢失信息,并且大多数相似性度量对纤维追踪器产生的中断流线不太有抵抗力。

确定不同受试者或图像采集之间已识别簇的对应关系,有助于生成群体平均图谱或比较束上的扩散指数。以往的工作尝试通过在公共空间中统一聚类受试者、使用束相似性度量、利用从训练数据集学习的先验信息或对受试者间相似性矩阵进行聚类等方法来实现这一目标。

本文将Ferreira等人的向量场k - 均值算法进行扩展和适应,以用于处理3D纤维束成像数据中的流线。该算法的运行时复杂度与输入点的数量呈线性关系,能够自然地处理中断的流线,并且学习到的向量场可用于对新数据或受试者进行分类。

2. 方法和材料
2.1 向量场k - 均值算法

该算法的输入是一组2D轨迹,以点列表和时间戳的形式给出。输出是每个

### 问题分析 在Maven构建过程中,如果出现 `Could not find artifact` 错误,通常意味着Maven无法从配置的仓库中找到指定的依赖项。此问题可能由以下原因引起: 1. 依赖项未发布到中央仓库。 2. Maven项目的 `pom.xml` 文件中未正确配置依赖项或仓库地址。 3. 版本号错误或依赖项已废弃。 针对 `org.apache.geronimo.bundles:bundles-parent:jar:1.0` 的依赖问题,以下是解决方法[^1]。 --- ### 解决方案 #### 1. 检查中央仓库是否存在该依赖 首先,访问[Maven中央仓库](https://search.maven.org/)并搜索 `org.apache.geronimo.bundles:bundles-parent:jar:1.0`。如果搜索结果显示不存在该依赖,则需要寻找替代方案或使用其他仓库。 #### 2. 添加正确的仓库地址 如果目标依赖不在中央仓库中,可能需要添加额外的Maven仓库地址。例如,Geronimo项目通常托管在Apache的特定仓库中。可以在 `pom.xml` 中添加以下仓库配置: ```xml <repositories> <repository> <id>apache-snapshots</id> <url>https://repository.apache.org/content/repositories/snapshots/</url> <releases> <enabled>false</enabled> </releases> <snapshots> <enabled>true</enabled> </snapshots> </repository> <repository> <id>geronimo-repository</id> <url>https://repo1.maven.org/maven2/org/apache/geronimo/bundles/</url> </repository> </repositories> ``` 上述代码片段定义了两个仓库:一个是Apache快照仓库,另一个是Geronimo相关依赖的仓库[^2]。 #### 3. 配置依赖项 确保在 `pom.xml` 中正确声明依赖项。以下是一个示例: ```xml <dependency> <groupId>org.apache.geronimo.bundles</groupId> <artifactId>bundles-parent</artifactId> <version>1.0</version> <type>pom</type> </dependency> ``` 注意:`type` 属性设置为 `pom`,因为 `bundles-parent` 是一个父POM而非普通的JAR文件[^1]。 #### 4. 使用本地安装作为备选方案 如果上述方法仍无法解决问题,可以手动下载所需的依赖并安装到本地Maven仓库。执行以下命令: ```bash mvn install:install-file -Dfile=/path/to/bundles-parent-1.0.jar -DgroupId=org.apache.geronimo.bundles -DartifactId=bundles-parent -Dversion=1.0 -Dpackaging=jar ``` 请将 `/path/to/bundles-parent-1.0.jar` 替换为实际的文件路径[^2]。 #### 5. 检查版本兼容性 有时,版本号可能不准确或已被废弃。建议查阅官方文档或社区资源,确认最新版本是否可用。例如,访问 [Apache Geronimo 官方网站](http://geronimo.apache.org/) 获取更多信息。 --- ### 注意事项 - 如果依赖项确实不存在于任何公共仓库中,可能需要联系依赖的维护者或寻找替代库。 - 确保网络连接正常,避免因代理或防火墙导致的仓库访问失败。 --- ### 示例代码 以下是一个完整的 `pom.xml` 配置示例: ```xml <project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd"> <modelVersion>4.0.0</modelVersion> <groupId>com.example</groupId> <artifactId>example-project</artifactId> <version>1.0-SNAPSHOT</version> <repositories> <repository> <id>apache-snapshots</id> <url>https://repository.apache.org/content/repositories/snapshots/</url> </repository> <repository> <id>geronimo-repository</id> <url>https://repo1.maven.org/maven2/org/apache/geronimo/bundles/</url> </repository> </repositories> <dependencies> <dependency> <groupId>org.apache.geronimo.bundles</groupId> <artifactId>bundles-parent</artifactId> <version>1.0</version> <type>pom</type> </dependency> </dependencies> </project> ``` ---
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