samtools是ngs分析流程中常用的工具,其主要依赖于zlib,gcc,g++ 和clang,所以直接在windows运用不太可能。那么在类UNIX环境下能不能装好并运行呢。
这里用了Cygwin来进行安装。
Cygwin 安装 Cygwin安装教程【超详细】
samtools
samtools 和 bcftools 都是依赖于htslib, 先看下htslib的依赖。
由于Cygwin 安装时只有基本的命令,其他工具都是选装的,因此还要装 gcc-g++, gcc-core,make, perl,zlib,libbz-devel, liblzma-devel,autoconf。
下载好samtools或bcftools后解压。
打开Cygwin64 Terminal,进入到samtools 对应文件夹, 安装官方给的命令运行。
### samtools 文件夹
cd D:samtools-1.14
./configure#配置文件
make
make install</