- 博客(16)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 生信论文分享：通过稳健矩阵分解对单细胞rna测序数据进行插值
题目：scRMD: imputation for single cell RNA-seq data via robust matrix decomposition出处：bioinformatics, doi: 10.1093/bioinformatics/btaa139摘要：单细胞rna测序技术使人们能够在单细胞级别的分辨率下进行转录组分析，然而由于其常常难以捕捉到表达的基因，因此会导致显著的dropout（姑且译为缺失值）问题，从而影响下游分析，例如使差异表达分析的统计功效降低以及模糊了细胞之间、
2022-05-25 16:57:33
617
原创 Python ValueError: If using all scalar values, you must pass an index原因和解决办法
先举一个例子演示一下在什么情况下会出现这种错误：tmp= pd.DataFrame({'a':1, 'b':2})在上面例子中我们希望创建一个数据框，有名为a,b的两列，两列只有一个值分别为1和2，这种情况会报题目中的错误。两种解决办法：1、tmp= pd.DataFrame({'a':[1],'b':[2]})2、tmp= pd.DataFrame({'a':1, 'b':2}, index= [0])再来说说产生错误的原因：按照报错的字面意思，“如果使用的数值均
2022-03-30 20:53:38
2176
原创 r语言pca降维
对高维数据进行聚类（比如单细胞RNA测序数据）时常需要先降维，本文不讲原理直接给出一个使用PCA进行降维的例子：var_thre = 0.6 方差比例阈值，这个值越大保留的特征数越多#使用prcomp进行pca降维：filtered_pca<- prcomp(filtered) #filtered是数据，其中行是样本列是特征eigs<- (filtered_pca$sdev)^2 #计算出各个成分的方差var_cum<- cumsum(eigs)/sum(eigs) #求各成
2022-03-25 23:55:40
1567
原创 tensorflow2.0: 鸢尾花分类
这一系列的文章是【北京大学】Tensorflow2.0_哔哩哔哩_bilibili的笔记，这个课程讲得很好，推荐观看。话不多说直接放代码：# 第一步：加载所需的库：import tensorflow as tfimport numpy as npfrom sklearn.datasets import load_irisimport matplotlib.pyplot as plt# 第二步：读取数据：X= load_iris().data #特征y= load_iris().targ
2021-12-26 16:16:07
517
原创 tensorflow2.0:常用函数
这一系列的文章是【北京大学】Tensorflow2.0_哔哩哔哩_bilibili的笔记，这系列课程讲得很好，推荐观看。话不多说直接放代码：#导入需要的库：import tensorflow as tfimport numpy as np#类型转换：tf.casta= tf.constant([1,2,3]) #默认为int32b= tf.cast(a, dtype= tf.float64) #转换为float64print(b) tf.reduce_max(a) #得到最大值tf
2021-12-23 16:30:02
1078
原创 tensorflow2.0:数据类型与张量创建
这一系列的文章是【北京大学】Tensorflow2.0_哔哩哔哩_bilibili的笔记，这系列课程讲得很好，推荐观看。话不多说直接放代码：#导入需要的库import tensorflow as tfimport numpy as np#tensorflow2.0中张量的类型包括int32, int64, float32, float64, bool, string等#创建张量的几种：#1、直接创建张量：tf.constant()a= tf.constant([1, 5...
2021-12-23 15:07:14
885
原创 NotImplementedError: Cannot convert a symbolic Tensor解决办法
如题，装了tensorflow-gpu 2.5.0后，搭建神经网络模型，使用tf.keras.layers的一系列神经网络层都会出现以下这个报错信息：NotImplementedError: Cannot convert a symbolic Tensor (sequential/simple_rnn/strided_slice:0) to a numpy array. This error may indicate that you’re trying to pass a Tensor to a Nu
2021-09-22 20:45:21
12991
7
原创 friedman test的原理及r实现
目录背景：原理和步骤：r实现：背景：写论文的过程中常常涉及到将自己模型的结果与其它模型相比较，有时候仅仅把两个（或多个）模型在若干个样本上的预测效果（例如准确率，rmse, mae等）列出来作对比是不够的，还需要说明这些模型的差异具有统计学意义，这样也能让文章更饱满和更具说服力。那么通过什么样的统计检验来说明模型之间的性能存在差异呢？可以使用friedman test。原理和步骤：friedman test是一个非参数检验，假设有3个算法a,b,c在数据集d1，d2，d3，d4.
2021-08-20 21:39:01
10708
7
原创 local variable referenced before assignment 原因及解决办法
一句话，在函数内部更改全局变量就会出现此错误。直接给出两个例子说明为什么出现这一错误及如何避免：a= 3def temp(): print(a)temp() #输出的结果为3在上面一段代码中，函数temp的操作是打印a的值，但函数内部并没有对a进行定义，此时系统会在外部寻找a的值，而我们在函数外部给a赋值为3，这种在函数外部赋值的变量被称为全局变量（global variable），这种情况下运行函数temp不会出错，但是下面一种情况就会报错：a= 3def temp():
2021-04-14 16:30:13
261863
14
原创 keras构建神经网络实现手写数字识别
本文使用经典的神经网络库keras构建一个简单的神经网络来实现经典的手写数字识别任务。import kerasimport numpy as npfrom keras.datasets import mnist #导入手写数字数据(train_images, train_labels), (test_images, test_labels)= mnist.load_data() #把训练集和测试集拿出来train_images.shape, train_labels.shape #观察图像的形状和
2020-05-25 21:28:36
1303
5
原创 Python透视表pivot_table
在工作中经常要用到excel来画透视表，那么在python中应该怎么画透视表呢？下面简单分享一下。导入需要的库：import numpy as np #用于基础数值计算import pandas as pd #处理面板数据常用import seaborn as sns #画图用，也能通过它获取一下练手用的数据读取数据：titanic = sns.load_dataset('titanic') #泰坦尼克号生存数据titanic.columns #看数据的各个列名titanic.head()
2020-05-14 20:17:03
459
原创 python读取和处理数据的基本操作
最近因为工作需要在学python，然而import numpy as npimport pandas as pd#提供一些有用的数据结构和读取数据import matplotlib.pyplot as plt #画图用import os #获取和更改工作路径#---------------------------------------------------------...
2020-01-14 16:12:37
1015
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人