de novo定义:from the beginning(从头拼接), no reference genome guided(无参考基因组)
三类de novo基因拼接的计算方法:
1. Greedy algorithm:对于含重复区的序列拼接效果不好
Shortest common string (SCS):最短的、包含原序列S中所有的k-mer的序列
但是Greedy algorithm为追求最短的序列或者最多的重叠,出现了“吃掉”重复区间的问题。
2. Overlap Layout Consensus:耗时长,用于Sanger测序