宏基因组拼接主要采用de Bruijn算法，该方法速度快、准确度高，适用于NGS测序。通过构建k-mer重叠图，解决序列拼接问题。工具如Velvet、SPAdes、IDBA-UD等运用此算法。测序深度和覆盖度是关键，30X的测序深度可形成基因草图。scaffold组装结合序列比对和paired read信息来填补缺口。
de novo定义：from the beginning（从头拼接）, no reference genome guided（无参考基因组）
三类de novo基因拼接的计算方法：
1. Greedy algorithm：对于含重复区的序列拼接效果不好
Shortest common string (SCS)：最短的、包含原序列S中所有的k-mer的序列
但是Greedy algorithm为追求最短的序列或者最多的重叠，出现了“吃掉”重复区间的问题。
2. Overlap Layout Consensus：耗时长，用于Sanger测序
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