DS00HY的小博客

使用GROMACS完成带小分子的PDB蛋白的模拟过程。以PDBID为6kyk和6kyh为例。

“好久没写博客啦，研究生一直在学生物相关知识，而且最近一直在飞书文档记录，突然想搬一点到博客里面来，给大家共享一下，如果有错误，欢迎大家指正。”膜蛋白membrane Protein膜蛋白介绍跨膜蛋白Transmembrane Protein：跨越整个膜具有细胞外区域和胞质内区域的蛋白质。结构一般是以a螺旋形式存在的。疏水性。分类（与膜的相互作用）外周膜蛋白（peripheral protein/extrinsic protein）：与整合膜蛋白结合或者插入膜外周区域而暂时结合与膜上的蛋白.

参考网站：（1）国内网址，github网址目录MDP文件书写GROMACS简单处理命令MDP文件书写title = Protein-ligand complex MD simulation ; Run parameters #（常用）integrator = md ; #指定积分算法；md:蛙跳牛顿积分算法，用于平衡动力学积分 nsteps = 500000 ; #积分或能量最小化步数，*dt= 1ns总模拟时长 （常用） dt = 0.002 ; #积分步长，一般...