DS00HY的小博客

原创 github上传大文件

回归博客时代的第二个星期hhhh。github单个文件超过50M入库会警告，超过100M会组织入库。因此上传的时候需要用到git-lfs使用过程1、首先安装lfs,然后开启lfs功能Git Bash 输入 git lfs install2、 切换到你上传文件的文件夹路径：cd E:github_code/DuetDis3. 初始化仓库：git init4. 设置追踪你想要上传的大文件(可以指定多个）：git lfs track "*.npz"，这里我追踪的时候总是匹配不.

转载 深度学习加速----优化深度学习系统的第一性原理（转载）

如何加速深度学习的计算过程，是一个困扰大家的问题，刚刚看到一篇Horace He（Meta工程师，2020年本科毕业于康奈尔）新分享的文章，觉得言简意赅，也可以参考：机器之心的翻译他将深度学习体系的效率理解为3个不同的组成部分。1. 计算: 花费在GPU计算实际浮点运算(FLOPS)上的时间2. 内存: 在GPU内传输张量所花费的时间3. 开销: 其他一切就像训练ML模型一样，了解所处的状态可以让我们缩小到最重要的优化范围。例如，如果你把所有的时间都花在内存传输上(即你处于内存带宽限制的状态下)

原创 蛋白+小分子配体md（详细保姆教程）

使用GROMACS完成带小分子的PDB蛋白的模拟过程。以PDBID为6kyk和6kyh为例。

原创 膜蛋白简介

“好久没写博客啦，研究生一直在学生物相关知识，而且最近一直在飞书文档记录，突然想搬一点到博客里面来，给大家共享一下，如果有错误，欢迎大家指正。”膜蛋白membrane Protein膜蛋白介绍跨膜蛋白Transmembrane Protein：跨越整个膜具有细胞外区域和胞质内区域的蛋白质。结构一般是以a螺旋形式存在的。疏水性。分类（与膜的相互作用）外周膜蛋白（peripheral protein/extrinsic protein）：与整合膜蛋白结合或者插入膜外周区域而暂时结合与膜上的蛋白.

原创 GROMACS使用小计

参考网站：（1）国内网址，github网址目录MDP文件书写GROMACS简单处理命令MDP文件书写title = Protein-ligand complex MD simulation ; Run parameters #（常用）integrator = md ; #指定积分算法；md:蛙跳牛顿积分算法，用于平衡动力学积分 nsteps = 500000 ; #积分或能量最小化步数，*dt= 1ns总模拟时长 （常用） dt = 0.002 ; #积分步长，一般...

原创 ImportError: /lib64/libstdc++.so.6 version解决方案

在今天的新机器上用python运行代码的时候出现了以下的错误：ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by .../anaconda3/bin/../lib/./libicuuc.so.58)之前遇到这个问题的时候应该是直接重新装了一个gcc，但这一次比较倔强，不想从头开始下载编译安装gcc，于是一直在用超算平台上提供的gcc版本，把路径添加到库里面，但是这个问题一直存在。正确的

原创 C++ 扩展python(五）mpi传递numpy（使用SWIG）

现在我们可以尝试着用C/C++来实现mpi传递一个python的numpy数组了。首先先实现我们的get_states程序：get_states.h#include <mpi.h>void get_states(MPI_Comm comm, double* message, int size);get_states.c#define MPICH_SK...

原创 C++ 扩展python(四）传递numpy（使用SWIG）

前期准备：numpy.i文件，有些conda下载的numpy库里面自带，而有些没有（比如我的，，），可以去下载numpy.i源码。我们实现一个cos_doubles模块的cos_double函数来对numpy数组求cos, 并返回他的cos值到一个新的numpy数组中：测试样例test.py如下：import numpy as npimport cos_doublesx =...

原创 C++扩展python（三）boost.Python实现（附swig比较）

本文98%内容转载自博客：https://www.jianshu.com/p/1b4235c90567除了可以使用 SWIG 包装 C/C++ 之外，还可以使用 C++ 的 boost.Python 库包装 C/C++ MPI 程序以供 mpi4py 调用。关于各种包装方式的优缺点可以看这一篇博客，或者这一篇。话不多说下面我们以包装 C++ MPI 程序为例对此进行介绍。Bo...

原创 C++ 扩展python(二）简单的mpi（使用SWIG）上

借鉴自：https://www.jianshu.com/p/558d4f3e4bfbhttps://www.jianshu.com/p/104fd3775fed

原创 用c++扩展python（一）简单实现

借助官方的说明文档：https://docs.python.org/2/extending/index.htmlhttps://docs.python.org/zh-cn/3.8/extending/extending.html我们的目标是实现一个Extend的模块，模块中有一个add函数，：import Extenprint(Exten(1,2))1.C++文件编...

原创 openmm源码配置

官方说明文档：http://docs.openmm.org/latest/userguide/library.html#compiling-openmm-from-source-code1. CMake配置（openmm使用的是cmake3.1）因为无root权限在wh的集群上<https://blog.youkuaiyun.com/supinyu/article/details/80...

原创 用c++扩展python

1.先借鉴博客https://www.cnblogs.com/traditional/p/12247484.html

原创 python mpi简单应用

借鉴博客学习一下py下mpi的基本语法https://blog.youkuaiyun.com/u012526003/article/details/80299113发送comm.send( data, pid)接受data_recv = comm.recv(data)广播：comm.bcast(data, 0) (None, 0 )散播：均分comm_scatter(da...

原创 配置openmm环境

1. 配置python3.6版本的anaconda3-5.2.0从网址https://repo.continuum.io/archive/上寻找对应的版本Anaconda3-5.2.0-Linux-x86.sh 507.3M 2018-05-30 13:05:46 81d5a1648e3aca4843f88ca3769c0830 用以下命令来下载文件到服务器...

原创 MPI的配置与安装

本文参考https://blog.youkuaiyun.com/lusongno1/article/details/61709460https://blog.youkuaiyun.com/lusongno1/article/details/61709460配置1.下载MPI安装包 去这里下载一个适合的安装包。2.解压安装包到 /usr/local/mpitar xzvf mpich-3.3...

原创 apt-get update更新失败问题

本文借鉴自https://blog.youkuaiyun.com/weixin_43976343/article/details/86326215遇到错误Err:1 http://mirrors.aliyun.com/ubuntu xenial InReleaseCould not resolve ‘mirrors.aliyun.com’Err:2 http://archive.ubuntuky...

原创 Eclipse插件开发，树形图

基本实现参考博客：https://blog.youkuaiyun.com/xqingab/article/details/55096482需要实现：视图查看器：TreeViewer,内容提供器：ContentProvider ,标签提供器：LabelProvider; 建立树的模型：包括树的父节点，树的子节点。树形图1.带复选框的树形实现https://www.cnblogs...

原创 eclipse 插件视图开发

本文借鉴自博客地址1 2https://blog.youkuaiyun.com/jiujiya123/article/details/82380286菜单种类Eclipse 的菜单包括视图菜单，主菜单及上下文菜单三个种类。菜单项的扩展点：1.Commands 方式通过三步有效的达到界面表现和内部实现的分离：首先，通过 org.eclipse.ui.commands 扩展点创建命令和类...

原创 2018年中南大学机试题

题目链接在这里A.数学题，（附上草稿，不要嫌弃字丑），事实上就是这么化成一个数学式子代码如下：#include &lt;iostream&gt;#include&lt;cstdlib&gt;#include&lt;cstdio&gt;#include&lt;cmath&gt;#include&lt;cstring&gt;#include&lt;fstream&gt...

原创 2017年中南大学机试题（坑人oj）

题目链接链接（帮学长研究一下机试题）A 木棍，注意不能是正方形；#include <iostream>#include <algorithm>#include <cstdio>#include <cstring>#include <string>#include <vector>#include &l...

原创 linux非root下安装CUDA

1.首先查看自己系统的信息uname -a lsb_release -a这是我们的信息于是根据版本来然后去官网选择对应版本下载，cuda安装成功后用winscp上传文件到服务器2.安装cuda（1）在文件目录下运行, bash+文件名bash cuda_10.0.130_410.48_linux.run（2） 一开始出现很多一直按回车就可以了， 应该是...

原创 porch(3)莫烦python CNN小实现

莫烦的网址这里关于卷积神经网络的介绍：自行搜索或者参考博客1，在莫烦中也有相应的视频我们接下来直接手动实现一个简单的数字识别的CNN网络：1.首先定义数据集通过pytorch的torchvision.datasets网址dset.MNIST(root, train=True, transform=None, target_transform=None, download=...

原创 porch(2)莫烦python 笔记

莫烦python1.线性回归模型网址1.建立数据集我们创建一些假数据来模拟真实的情况. 比如一个一元二次函数: y = a * x^2 + b, 我们给 y 数据加上一点噪声来更加真实的展示它.import torchimport matplotlib.pyplot as pltx = torch.unsqueeze(torch.linspace(-1, 1, 100)...

原创 pytorch(1) tersor和Variable

莫烦python的教程 terson 与Variable               1.Terson 博客Tensor类似于numpy的ndarrays，另外它还可以在GPU上使用Tensor进行加速计算，其实就是一个多维数组，我们可以对其进行各种数学运算和处理import torchx = torch.Tensor(5, 3)print(x) #输出： 0.0000 ...

原创 小白win10 安装pytorch 附加（pipwhl问题，anaconda问题）

真的是遇到了各种奇怪问题。记一下。因为之前已经装过python和pip以及cuda10，遂去官网上观望https://pytorch.org/1.失败的pip安装过程 这般选择之后复制下面的command，win+R开始comd界面准备安装，然后wtf？？？？行吧，那我去pycharm里面直接用它软件自带的安装方法试试，结果一样，（因为我是小白，没有意识到其实本质是一样的）...

原创 莫烦py学习顺序

原创 ubuntu 安装mpich（附加部分问题）

在Ubuntu下安装mpich1、安装mpich在装之前，请确保以下软件都已经安装$ gcc --version $ g++ --version $ python --version如果缺少相应的软件，先安装。安装好以后，即可进入用以下命令安装mpich$ sudo apt-get install mpich等待安装完成后，测试安装结果$ which mpicc...

原创 shell编程部分

shellshell文件  ./当前目录下  Shell编程-n string 如果字符串不为空则结果为真-z string 如果字符串为null（一个空串）则结果为真expression1 -eq expression2 如果两个表达式相等则结果为真expression1 -ne expression2 如果两个表达式不等则结果为真expression1 -g...

原创 ubuntu18.04.01 下载gcc

之前那种方法一种安装失败，换了一种。不知道为什么复制别人的代码一直不行，明明一摸一样的一段命令最后去https://launchpad.net/~ubuntu-toolchain-r/+archive/ubuntu/test/复制的第一句然后就可以了。sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/testsudo apt-get ...

原创 VM ubuntu18.04.01虚拟机没办法联网

打开终端输入sudo service network-manager stopsudo rm /var/lib/NetworkManager/NetworkManager.state sudo service network-manager start即可联网。 ps：从网上看了很多办法， 都需要一个ifconfig命令，巧的是，我ubuntu还办法识别这个命令，查找如何...

原创 python安装配置+pycharm

一、python下载和配置下载地址https://www.python.org/downloads/windows/借鉴安装https://blog.youkuaiyun.com/crjmail/article/details/81661285 二、pycharm下载网址 https://www.jetbrains.com/pycharm/download/#section=windows...

原创 这几天 的串串

后缀数组： AC自动机： KMP： 扩展KMP：  马拉车： 回文自动机:   

原创 E - Bet Gym - 101194E ( 高精度)

用java写的时候Arraylist忘了清空，一直wa2，查了一个多小时的bug，真吐血了。 题目网址：https://vjudge.net/problem/Gym-101194E题意：有一个赌博游戏，给出n个队的赔率A:B，问你最多能下注多少个队，才能使得不论你下注的这些队中哪一个队赢了你都可以赚，也就是最后所得金额大于下注的总额。对于一个队，假设下注x，如果输了，那么你将失...

原创 A - Musical Theme POJ - 1743 （后缀数组+二分）

题目链接https://vjudge.net/problem/POJ-1743题目大概是给n个数组成的串，求是否有多个“相似”且不重叠的子串的长度大于等于5，两个子串相似当且仅当长度相等且每一位的数字差都相等本题思路借鉴自：https://www.cnblogs.com/WABoss/p/5199261.html有个非常巧妙的思路：首先把问题转化成重复子串的问题：把原串每一位都与前...

原创 NAIPC 2016 K-Inversions(FFT)

题目网址：https://nanti.jisuanke.com/t/32229题意：给定一个含AB的字符串， 问A-B的距离从1-n 每个距离的AB对的个数是多少？思路：完全没想到，把他转化成多项式的思路。这样把A的部分提出来，如果s【i】=='A '   就是多项式A  x^i 的那一项系数为1，                                   如果s...

原创 Greetings!（枚举子集+dp）

题目网址https://nanti.jisuanke.com/t/32227题意：给n个信（信封有长宽和数目），问在找最多k种信封类型的时候，最少浪费多少纸思路：看了看题解,深以为然，这个思路很巧妙，也许是我太菜，没细想。我们首先二进制枚举计算出，每种状态下，这些信合用同一种信封时的浪费数目。然后通过枚举子集，dp[ i ] [ j ] 代表 i 种信封，现在已经装了 j ...

原创 补题（NAIPC2016）

题目： 网址 A题题解  Fancy Antiques(NAIPC 2016) 爆搜https://blog.youkuaiyun.com/sinat_36215255/article/details/82928732 C题题解Greetings! （状压dp）https://blog.youkuaiyun.com/sinat_36215255/article/details/82942533...

原创 FFT（dddd）

 首先推荐几个博客其实应该先看一看卷积：https://blog.youkuaiyun.com/qq_39521554/article/details/79083864关于FFT的https://www.cnblogs.com/fenghaoran/p/7107608.htmlhttps://blog.youkuaiyun.com/qq_39521554/article/details/79083864...

原创 Fancy Antiques(NAIPC 2016) 爆搜

题目网址https://nanti.jisuanke.com/t/32225题意：选择最多k个商店，买n个物品，求最小花费是多少。思路： 看的题解，急着走，先不自己写了。这个人的剪枝方法的奇妙之处在于，先将商店排序，买的贵的先dfs。1.通过提前求出，从当前这个商店直到后面的商店，每件物品的最小花费可以是多少，如果当前最小花费已经大于最优值，或者无法获得，那直接结束。2...