R语言实现聚类算法

本文介绍了R语言中的聚类分析,包括层次聚类(单联动、全联动、平均联动、质心和Ward法)和K-means算法。在R中,层次聚类可通过hclust()函数实现,K-means则用kmeans()函数。文中还讨论了K值选择的重要性,推荐使用 NbClust包来确定最佳聚类数,并指出nstart参数在初始化中心点选择中的作用。最后,通过观察组内平方和的变化趋势来确定合适的聚类个数。

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1.聚类

层次聚类

        在层次聚类中,起初每一个实例或观测值属于一类。聚类就是每一次把两类聚成新的一类,直到所有的类聚成      单 个类为止,算法如下:   (1) 定义每个观测值(行或单元)为一类; (2) 计算每类和其他各类的距离; (3) 把距离短    的两类合并成一类,这样类的个数就减少一个; (4) 重复步骤(2)和步骤(3),直到包含所有观测值的类合并成单个        的类为止。 

       层次聚类方法:

           单联动--一个类中的点和另一个类中的点的最小距离 

           全联动--一个类中的点和另一个类中的点的最大距离 

           平均联动--一个类中的点和另一个类中的点的平均距离(也称作UPGMA,即非加权对组平均) 

           质心--两类中质心(变量均值向量)之间的距离。对单个的观测值来说,质心就是变量的值 

           Ward法--两个类之间所有变量的方差分析的平方和 

           算法如下: 

         (1) 定义每个观测值(行或单元)为一类; 

            (2) 计算每类和其他各类的距离; 

         (3) 把距离短的两类合并成一类,这样类的个数就减少一个; 

         (4) 重复步骤(2)和步骤(3),直到包含所有观测值的类合并成单个的类为止。 

划分聚类

          将数据对象集划分为K个不重叠的子集,使得每个数据对象恰在一个子集中。

         例:K-means聚类

         K均值算法如下:

        (1) 选择K个中心点(随机选择K行); 

        (2) 把每个数据点分配到离它近的中心点; 

        (3) 重新计算每类中的点到该类中心点距离的平均值(也就说,得到长度为p的均值向量,这里的p是变量的个          

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