Brat标注工具安装

标注工具Brat安装

---

Brat

记录如何使用 Brat 标注工具。Brat 的服务必须置于 UNIX-like 系统，如果是 Windows，建议使用虚拟机或者 WSL。

---

参考 Brat 官网教程 - Installation

标注工具Brat安装 (Windows版)

WSL安装

启用 适用于Linux的Windows子系统

首先在 Win11 搜索栏中搜索并打开 启用或关闭Windows功能，勾选 适用于Linux的Windows子系统 项。只有开启这项设置才能正常安装 WSL。（勾选后需要重启电脑）

安装 WSL

在微软应用商店搜索 Linux，可以看到一系列 Linux 发行版，根据自己需要选择适合自己的发行版（如 Ubuntu 18.04.6 LTS），下载。下载完成后启动，等待安装完成，输入账户和密码，便得到一个 Linux 环境。
20版本可能出现（建议使用 Ubuntu 18.04.6 LTS）

可能会出现错误，需要更新wsl

 wsl --update

WSL 文件位置

C:\Users<user-name>\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu 20.04onWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs
win11有个快速检索办法
搜索输入
\wsl$
即可找到文件夹所在

使用国内 Ubuntu 镜像

参考 清华大学开源软件镜像站 - Ubuntu 镜像使用帮助。

Brat 标注平台安装 （官网版本 / Python2）

在 Brat 官网 下载 brat-1.3p1.tar.gz 安装包，解压：
进入解压后的目录进行安装：

 cd brat-1.3p1
 ./install.sh

然后，运行服务：

 python2 standalone.py

Brat 标注平台安装 （github/ Python3）

Clone Brat - Github仓库。
进入目录后进行安装：

 cd brat
 ./install.sh

然后，运行服务：

 python3 standalone.py

---

无论python2/3， 都可能需要给予文件权限（建议使用python3）

chmod 777 -R

---

Brat 标注平台配置

参考 Brat 官网教程 - Configuration。

配置文件包括四个文件：

annotation.conf: 定义实体、关系、属性类型
visual.conf: 定义标注结果的显示效果
tools.conf: 定义 Normalization 等工具
kb_shortcuts.conf: 定义快捷键
数据文件放置在 data 目录下。

Normalization 标注配置

参考 Brat 官网教程 - Normalization。

根据格式要求准备好 Brat Normalization DB 文件，生成数据库：

 python tools/norm_db_init.py <DBNAME>.txt

可以在 work 目录下查看生成的名为 数据库文件。
修改配置文件 tools.conf，在 [normalization] 下添加数据库信息：

DBNAME :HOMEURL, :ENTRYURL
修改配置文件 annotation.conf，在 [entities] 定义实体时指明对应的标准化数据库，如：

ORG :
LOC :
MISC :
安装 SimString
SimString 用于 normalization 标注时关键词匹配，仅测试通 Python2 版本。
参考 SimString 官网。

在 SimString 官网 下载源码包 simstring-1.0.tar.gz，解压。

如系统没有 gcc / g++ / python-dev 包，则需要安装：

$ sudo apt install gcc
$ sudo apt install g++
$ sudo apt install python-dev

进入解压后的目录，在 include/simstring/memory_mapped_file_posix.h 添加一行：

进行编译安装：

$ ./configure
$ make

To install the SimString header files

$ make install

封装成 Python2 模块

$ ./configure 
$ cd swig/python 
$ ./prepare.sh 
$ python setup.py build_ext 
$ python setup.py install

然后，可在 Python2 中调用 simstring 包。