LK-T.O.P的博客

可以使用特殊的文件名来标记这类输入参数，类似于一个 placeholder。有时候存在需要 process 接收可选的输入文件的场景。控制是否真正的使用输入文件。这样就可以在运行时指定参数。

Nextflow 使用感言

Nextflow对空格不敏感。可以使用空格来提高可读性。使用注释和空格来对代码块进行分组。在脚本中报告工具版本。使用关键字命名输出channel。避免在process中使用params.xxx。将其作为输入参数传入。输入文件应该使用输入通道传入。将短的运行的命令组织到一个更大的进程中。包含一个在小型测试数据集上运行工作流的测试配置文件。重用现有的容器/软件包来编写process。尽可能使用压缩文件和临时磁盘空间。使用一致的命名约定。...

nf-core是一个由社区领导的项目，旨在开发一套使用Nextflow工作流管理系统建造的最佳实践管道。

像 Nextflow 这样的工作流管理系统的一个关键特性是可重入性，即在上次成功执行的流程出现错误后重新启动管道的能力。可重入性允许在向管道添加更多数据时跳过耗时的已经完成的步骤，例如创建索引。这会促进更快的工作流原型的开发，以及更快的附加数据分析。Nextflow 通过缓存和检查点自动跟踪管道中执行的所有进程来实现重入。...

脚本运行之后，Nextflow 将存储执行的所有 workflow 的日志在当前文件夹中。

在一个Workflow里面可以包含一个或多个process

在大多数编程语言都有创建代码模块这个概念，以便重用代码。Nextflow (DSL2)允许定义可以跨workflow管道包含和共享的脚本。

Nextflow的关键能力是将workflow的的实现与底层执行平台所需的配置解耦。这使得workflow具有可移植性，运行其在不同的计算平台上运行，而不需要修改实现。

operators大概可以分为以下几类：

Workflow 主要作用是用来连接多个进程的。

我们已经了解了如何将数据输入到进程中; 现在我们将了解如何从进程中输出文件和值。

我们现在知道如何创建和使用 Channels 来发送数据。现在我们将看到如何使用进程在工作流中运行任务。

通道是 Nextflow 在工作流中发送数据的方式。通道通过它们的输入和输出连接进程。通道可以存储多个项，比如文件(例如 fastq 文件)或值。通道存储的项数决定了使用该通道作为输入的进程将运行多少次。...

前面提到的Nextflow wc.nf 脚本定义了一个管道参数 params.input。管道参数允许在运行时通过命令行或配置文件更改工作流的输入，因此它们不会硬编码到脚本中。

分析数据涉及到一系列的任务，包括收集、清洗和处理数据。这些序列被称为工作流或流水线（pipeline）。这些工作流通常需要执行多个软件，有时运行在不同的计算环境，例如台式机或计算机集群。传统上，这些工作流通过脚本连接在一起，使用通用编程语言，如 Bash 或 Python。然而，随着工作流变得更大和更复杂，对编程逻辑和软件的管理变得困难。工作流管理系统，像Snakemake、Galaxy、Nextflow，是专门为管理特定领域的计算数据分析工作流而开发的。.........

Nextflow 是在 Groovy 编程语言之上实现的领域特定语言(Domain Special Language，DSL) ，而 Groovy 编程语言又是 Java 编程语言的超集。这意味着 Nextflow 可以运行任何 Groovy 和 Java 代码。学习 Groovy 使用 Nextflow DSL 是没有必要的，但是在需要比 DSL 提供更多功能的边缘情况下，它可能会很有用。......