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wu伸伸
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室在读研究生
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遗传图谱的可视化(比mapchart更强大)
将群体的遗传图谱构建完成之后,我们得到的是一个excel文件,一堆数据,那么在做工作汇报或者发表文章的时候,我们必须要将数据进行可视化,最传统的方法当然是使用mapchart,我一直也是使用mapchart,其将遗传图谱可视化的效果图如下:作为一个极度老牌的可视化软件,mapchart的弊端现在已经很明显了。在十几年前,一个群体的分子标记还很少,往往很普遍的情况是只有几百个SSR标记,而现...原创 2018-10-07 11:09:28 · 14710 阅读 · 5 评论 -
统计Binmap中某一亲本基因型所占总比例
在构建完binmap之后,往往需要统计各亲本占群体的基因型比例。比如玉米中的B73-teosinte群体,我们假设B73的基因型为A,teosinte的基因型为B,如果我们需要统计在整个群体中teosinte所占的基因型比例,这时候我们需要先将群体中所有B基因型的bin的区间都提取出来,生成一个bed文件,如下图,该bed文件共有三列,第一列为染色体名称,第二列为其中一个基因型为B的bin的起始物...原创 2018-10-07 10:30:53 · 1813 阅读 · 2 评论 -
Linux下安装最新版本QIIME2_2018.6
本文章只介绍如何在Linux下安装最新版QIIME2软件,具体的软件使用及其他内容见QIIME2官方文档,请参考考:https://docs.qiime2.org/2018.6/安装步骤如下:1.下载安装anaconde2Linux下下载的是文件是Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh,下载完成后直接运行bash Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.s...原创 2018-07-14 18:53:45 · 6153 阅读 · 0 评论 -
如何划窗统计测序数据的reads数(depth)
使用bedtools coverage统计各个位点的depth原创 2018-07-06 10:19:09 · 18116 阅读 · 0 评论