统计Binmap中某一亲本基因型所占总比例

在构建完binmap之后，往往需要统计各亲本占群体的基因型比例。比如玉米中的B73-teosinte群体，我们假设B73的基因型为A，teosinte的基因型为B，如果我们需要统计在整个群体中teosinte所占的基因型比例，这时候我们需要先将群体中所有B基因型的bin的区间都提取出来，生成一个bed文件，如下图，该bed文件共有三列，第一列为染色体名称，第二列为其中一个基因型为B的bin的起始物理位置，第三列为同一个bin的终止物理位置。

 

bedtools merge可以对bed文件的区间进行取并集操作，但是如果我们直接使用bedtools merge对bed文件经常操作，往往会出现如下报错：

该报错的意思是bed文件的各个区间没有进行sort处理，很显然我们的第一反应是用linux 下的sort进行操作，如下：

结果表明，linux下自带的sort命令并不能胜任，于是我们尝试第二种策略&#