Linux下安装最新版本QIIME2_2018.6

本文档提供Linux下安装QIIME2_2018.6的详细步骤,包括下载anaconda2,更新conda,安装QIIME2及其编译文件,并指导如何检查安装成功及关闭工作环境。

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本文章只介绍如何在Linux下安装最新版QIIME2软件,具体的软件使用及其他内容见QIIME2官方文档,请参考:https://docs.qiime2.org/2018.6/       #点击链接会自动在网址前加入http://,请手动去掉或者复制链接打开


安装步骤如下:

1.下载安装anaconde2

Linux下下载的是文件是Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh,下载完成后直接运行bash Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh,一步一步按照指示往下走,最后问询问安装位置,默认位置为用户主目录,也可以自己选择安装位置;还会询问是否将anaconde加入到.bashrc默认路径中,如果加入路径就会在使用python时默认使用anaconde,我的选择是加入,加入后要么重启终端,要么source .bashrc,这样才能生效。




2.更新conda

conda update conda          #将conda升
卸载以上残留文件,/home/szq/miniconda3/pkgs/scikit-bio-0.6.0-py310h1f7b6fc_4/lib/python3.10/site-packages/skbio/diversity/beta/tests/data/qiime-191-tt /home/szq/miniconda3/pkgs/scikit-bio-0.6.0-py310h1f7b6fc_4/lib/python3.10/site-packages/skbio/diversity/alpha/tests/data/qiime-191-tt /home/szq/miniconda3/pkgs/scikit-bio-0.6.0-py310h1f7b6fc_4/lib/python3.10/site-packages/skbio/metadata/tests/data/invalid/qiime1-empty.tsv /home/szq/miniconda3/pkgs/scikit-bio-0.6.0-py310h1f7b6fc_4/lib/python3.10/site-packages/skbio/metadata/tests/data/valid/qiime1.tsv /home/szq/miniconda3/pkgs/bioconductor-treeio-1.26.0-r43hdfd78af_1/lib/R/library/treeio/extdata/qiime2treeqza /home/szq/miniconda3/pkgs/bioconductor-phyloseq-1.46.0-r43hdfd78af_0/lib/R/library/phyloseq/extdata/qiime500-refseq.fasta /home/szq/miniconda3/pkgs/emperor-1.0.4-py310hff52083_3/lib/python3.10/site-packages/emperor/qiime_backports /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10 /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/bin/tab-qiime /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/bin/qiime /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/etc/conda/activate.d/00_activate_qiime2_envs.sh /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/etc/conda/deactivate.d/00_deactivate_qiime2_envs.sh /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/etc/qiime2_config.toml /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/conda-meta/qiime2-2024.10.1-py310h0fb5ea9_0.json /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/lib/python3.10/site-packages/q2cli-2024.10.1-py3.10.egg-info/scripts/tab-qiime /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/lib/python3.10/site-packages/q2_types/per_sample_sequences/tests/data/qiime1-demux-format /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/lib/python3.10/site-packages/q2templates/templates/assets/img/qiime2-rect-200.png /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/lib/python3.10/site-packages/qiime2-2024.10.1-py3.10.egg-info /home/szq/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.10/lib/
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