<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[生物信息学]]></title><description><![CDATA[生物信息学]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; scuTim_Liu]]></copyright><item><title><![CDATA[DirectRM]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158888399</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158888399</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Tue, 10 Mar 2026 16:54:28 +0800</pubDate><description><![CDATA[DirectRM 能够从纳米孔直接RNA测序数据中同时检测六种丰度最高的RNA修饰类型，即ac4C、m1A、m5C、m7G、m6A和假尿嘧啶（ψ）。DirectRM 可可靠地应用于多种生物学研究场景，为解析复杂的表观转录组提供可量化评估的信息。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[modkit pileup 命令说明]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158835784</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158835784</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Mon, 09 Mar 2026 04:22:36 +0800</pubDate><description><![CDATA[对基因组位置上的碱基修饰识别结果进行制表统计。此命令生成一个 bedMethyl 格式的文件。字段的结构和说明可在 README 中找到。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[NanoSpeech]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158834666</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158834666</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Mon, 09 Mar 2026 02:51:21 +0800</pubDate><description><![CDATA[NanoSpeech是一款基于Transformer模型的RNA修饰碱基识别软件，支持直接检测肌苷等修饰碱基。该工具通过扩展标准核苷酸字典实现修饰碱基识别，并提供比对和检测功能。安装需配置Python 3.7+、CUDA 11.8等环境，主要依赖Minimap2和Samtools进行比对处理。使用流程包括：1)基于fast5文件进行修饰感知的碱基识别；2)使用特定参数进行Minimap2比对；3)通过辅助脚本实现单读长和基因组层面的修饰位点检测。软件输出包含修饰位点索引的fasta/q文件，以及修饰位点的参]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[NanoListener]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158833514</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158833514</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Mon, 09 Mar 2026 02:30:21 +0800</pubDate><description><![CDATA[NanoListener是一套轻量级Python工具包，用于构建训练识别RNA修饰的碱基识别器模型所需数据集。该工具通过分析fast5/pod5文件中的原始信号，结合参考序列比对和f5c eventalign信号重校准技术，提取电信号片段并标注修饰位点，生成&quot;信号片段/带注释k-mer&quot;对作为训练数据。安装过程需配置Python环境及samtools、minimap2、f5c等依赖软件。工作流程包括：1)预处理输入数据；2)使用辅助脚本筛选参考区域；3)运行f5c进行信号重校准；4)主程]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Coral：一款面向纳米孔直接RNA测序的双上下文感知碱基识别器]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158832098</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158832098</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Mon, 09 Mar 2026 02:20:08 +0800</pubDate><description><![CDATA[Coral可在Linux系统上安装，已在搭载RTX 3090 GPU的Ubuntu 22.04系统中完成测试。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[ModkitOpt]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158827303</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158827303</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Mon, 09 Mar 2026 01:27:43 +0800</pubDate><description><![CDATA[摘要 ModkitOpt 是一款用于优化纳米孔直接RNA修饰检测的工具，通过系统性地扫描36000种参数组合（包括modkit的--mod-threshold、--filter-threshold和化学计量比阈值），寻找能最大化F1分数的最优参数配置。该工具解决了modkit默认启发式算法可能导致的RNA修饰图谱分析偏差问题，显著提升了m6A和pseU等修饰检测的准确性。用户只需提供modBAM文件、参考序列和注释文件，即可通过简单的命令行操作获得优化参数，支持在HPC环境中高效并行计算。该工具特别适用于需]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Orca：全维度RNA修饰鉴定与注释]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158739727</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158739727</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Fri, 06 Mar 2026 16:54:12 +0800</pubDate><description><![CDATA[摘要 Orca是一款用于RNA修饰分析的生物信息学工具集，提供从原始数据预处理到修饰位点预测的全流程解决方案。该工具支持信号特征提取（基于纳米孔测序数据）、碱基识别特征提取（基于比对结果）和特征合并功能，并内置预训练模型进行RNA修饰预测。安装过程通过conda环境管理，依赖minimap2、samtools等常用工具。Orca采用模块化设计，支持并行计算，输出包含修饰位点预测结果及基因组注释信息。测试数据集可供用户验证工具功能，完整分析流程包括碱基识别、序列比对、特征提取和预测四个主要步骤。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[DeepRM]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158659625</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/158659625</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Wed, 04 Mar 2026 17:55:06 +0800</pubDate><description><![CDATA[摘要 DeepRM是一个基于深度学习的RNA修饰检测工具，利用纳米孔直接RNA测序技术实现高精度检测。该工具具有单分子分辨率，提供端到端的检测流程，支持从原始数据到位点预测的全过程。核心功能包括：1）高性能预处理加速；2）支持GPU加速推理；3）可定制化模型训练。安装方式灵活，支持pip安装或源码编译，提供预训练模型和示例数据。输出结果包含位点水平(BED)和分子水平(BAM/NPZ)的修饰预测，适用于转录组和基因组分析。工具还支持通过注释文件进行坐标转换，满足不同研究需求。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Haplotype Comparison]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/157481271</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/157481271</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Thu, 29 Jan 2026 00:04:45 +0800</pubDate><description><![CDATA[本文介绍了Haplotype Comparison工具的用法和参数说明。该工具用于比较两个VCF文件，支持多种比对模式和输出选项。主要参数包括参考序列文件(-r)、报告前缀(-o)、临时文件处理(--scratch-prefix)等。可选参数涵盖输入格式(-t)、假阳性区域(-f)、分层分析(--stratification)等高级功能。工具支持多线程(--threads)和多种比对引擎(--engine)，可生成详细的比较报告和统计信息。位置参数需提供两个待比较的VCF文件。该工具适用于基因组变异分析，提]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[CircRM]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/157221391</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/157221391</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Wed, 21 Jan 2026 19:32:03 +0800</pubDate><description><![CDATA[CircRM: 纳米孔直接RNA测序的环状RNA分析工具 CircRM是一款专为纳米孔直接RNA测序(DRS)数据设计的环状RNA(circRNA)分析工具。其主要功能包括： circRNA检测：在单分子、单碱基分辨率下识别circRNAs RNA修饰分析：可检测m⁶A、m¹A和m⁵C等RNA修饰 灵活适用性：支持多种细胞系和物种的分析 分析流程分为两部分： circRNA分析：包括虚拟文库构建、文件拆分和circRNA识别 RNA修饰检测：从信号提取到修饰预测的完整流程 该工具采用模块化设计，支持并行处理]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Clair3-RNA]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/156577630</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/156577630</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Sun, 04 Jan 2026 21:34:30 +0800</pubDate><description><![CDATA[Clair3-RNA是一款基于深度学习的长读长RNA测序数据小变异检测工具，支持ONT和PacBio平台的cDNA及dRNA测序数据。该工具提供多种预训练模型，针对不同测序平台和试剂盒优化，其中最新版本v0.2.2新增了R10.4.1 cDNA模型并改进了剪接区处理。Clair3-RNA可通过Docker、Singularity或conda环境快速部署，在10条支持读长条件下F1分数可达95-98%，特别适合RNA测序变异检测。工具支持定相模型，可进一步提升检测性能，并提供REDIportal标记等可选功能]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[tRAP（tRNA 活性预测器）]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/150351958</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/150351958</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Wed, 13 Aug 2025 17:39:02 +0800</pubDate><description><![CDATA[摘要 tRAP (tRNA 活性预测器) 是一个基于 DNA 序列预测 tRNA 基因表达活性的分类工具。该程序提供完整版和简化版两种流程：完整版依赖 Cactus 比对和 HAL 格式，需要安装多种生物信息学软件；简化版则仅需基因组序列即可快速获得准确预测。主要步骤包括：tRNAscan-SE 基因注释、RNAfold 二级结构分析、序列特征提取和机器学习分类。程序提供了详细的安装指南和分步操作说明，支持从 HAL/MAF 格式处理到最终分类的全流程。最新版本已包含 29 种胎盘哺乳动物的预测结果。该工具]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[uncalled4]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/150208993</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/150208993</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Mon, 11 Aug 2025 10:44:06 +0800</pubDate><description><![CDATA[摘要 uncalled4 工具提供两种主要功能： align 命令：基于 basecall 比对结果，使用动态时间规整（DTW）算法进行信号对齐。支持多种参数配置，包括参考基因组输入（--ref）、并行处理（-p）、输出格式选择（BAM/TSV/eventalign）、归一化模式（--norm-mode）及 DTW 代价函数（--cost-fn）。关键参数包括带宽（--band-width）、偏移量（--band-shift）及对齐算法（--method），适用于 DNA/RNA 数据。 convert 命]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[gffread]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/148613533</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/148613533</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Thu, 12 Jun 2025 16:38:29 +0800</pubDate><description><![CDATA[gffread v0.12.7是一款处理GFF/GTF/BED格式文件的工具，主要用于过滤、转换和聚类基因转录本数据。它支持多种操作模式，包括按ID筛选转录本、丢弃不符合条件的转录本（如过长内含子或非规范剪接位点）、提取序列（外显子/CDS/蛋白质）以及格式转换（GFF3/GTF/BED/TLF）。工具提供丰富的选项控制输出内容，如保留特定属性、调整终止密码子、合并冗余转录本等。核心功能需依赖基因组FASTA文件，支持流式处理和大规模数据聚类。输出结果可用于下游生物信息学分析，如基因注释验证和转录本结构研究]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[gtf2gtf]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/148520978</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/148520978</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Mon, 09 Jun 2025 00:28:34 +0800</pubDate><description><![CDATA[标签: 基因组学 基因集 GTF 操作。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RSCUcaller]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/148387981</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/148387981</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Mon, 02 Jun 2025 22:25:36 +0800</pubDate><description><![CDATA[RSCUcaller是一个R包，用于分析DNA序列的相对同义密码子使用频率(RSCU)。该工具可以从FASTA格式的DNA序列中计算RSCU值，支持多种遗传密码表(包括标准密码和线粒体等特殊遗传密码)。安装方法包括GitHub和未来将提供的Bioconductor版本。使用前需要准备包含序列路径和样本名的表格，并指定输出目录。主要功能函数get_RSCU()和get_RSCU_other()可实现RSCU计算和分析，支持生成可视化图表和统计检验。该工具适用于密码子使用模式研究，特别是针对不同物种或特殊遗传系]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Bismark甲基化提取器]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/147985858</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/147985858</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Thu, 15 May 2025 16:15:23 +0800</pubDate><description><![CDATA[Bismark甲基化提取器是一个用于处理Bismark亚硫酸氢盐映射器生成的比对结果文件（BAM/CRAM/SAM格式）的工具，能够提取单个胞嘧啶的甲基化信息。该工具根据胞嘧啶的上下文（CpG、CHG、CHH等）和链特异性（OT、CTOT、OB、CTOB）生成多个输出文件，文件格式为制表符分隔的文本。用户可以通过多种选项控制输出，如是否合并非CpG上下文、是否压缩输出文件、是否忽略读取的特定部分等。此外，工具还支持并行处理以加快提取速度，并提供了生成BedGraph文件的选项，便于后续分析。Bismark甲]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Bismark]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/147985242</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/147985242</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Thu, 15 May 2025 15:56:40 +0800</pubDate><description><![CDATA[Bismark是一款用于亚硫酸氢盐测序数据比对和甲基化调用的工具，支持FastA和FastQ格式的输入文件。它将读取序列转换为亚硫酸氢盐处理的正向或反向链版本，并与参考基因组的亚硫酸氢盐处理索引进行比对。Bismark默认使用Bowtie 2或HISAT2进行比对，并支持并行处理以提高效率。输出结果以BAM/SAM格式保存，包含比对信息和甲基化状态。Bismark提供了多种命令行选项，包括输入文件类型、比对参数、并行处理设置以及输出格式控制，用户可以根据需求灵活配置。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[WarpDemuX]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/147796374</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/147796374</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Thu, 08 May 2025 16:28:47 +0800</pubDate><description><![CDATA[WarpDemuX是一款用于纳米孔直接RNA测序的超快速、高精度接头条形码标记和解复用工具。目前支持SQK-RNA002和SQK-RNA004两种化学试剂。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[ViewBS 的工作流程]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/147433243</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/scuTim_Liu/article/details/147433243</guid><author>scuTim_Liu</author><pubDate>Tue, 22 Apr 2025 23:02:56 +0800</pubDate><description><![CDATA[ViewBS 提供多个顶级命令，用于确定所需和最优参数。这些命令可分为两部分：甲基化报告和功能区域的数据可视化。在甲基化报告部分中，提供多个顶级命令，可以生成关于读取覆盖度、甲基化水平分布、全局甲基化水平等报告。在功能区域可视化部分中，用户应首先提供感兴趣区域。这些区域可以是功能元素，如基因、转座子（TE）或差异甲基化区域（DMR）。用户还应提供甲基化信息，这些信息是 BS-seq 对齐器（如 Bismark）的输出结果。]]></description><category></category></item></channel></rss>