shell的判断

shell的判断

前言:

     无论什么编程语言都离不开条件判断。SHELL也不例外。

     if list then 
         do something here 
     elif list then 
         do another thing here 
     else 
        do something else here 
     fi    

EX1:

#!/bin/sh

SYSTEM=`uname-s`   #获取操作系统类型，我本地是linux

if [ $SYSTEM = "Linux" ] ;then    #如果是linux的话打印linux字符串   特别注意：条件中的空格符

echo "Linux" 
elif [ $SYSTEM = "FreeBSD" ] ;then   
echo "FreeBSD" 
elif [ $SYSTEM = "Solaris" ] ; then 
echo "Solaris" 
else 
echo "What?" 
fi    #ifend

基本上和其他脚本语言一样。没有太大区别。不过值得注意的是。[]里面的条件判断。

1 字符串判断

str1 = str2　　　　　　当两个串有相同内容、长度时为真 
str1 != str2　　　　　 当串str1和str2不等时为真 
-n str1　　　　　　　 当串的长度大于0时为真(串非空) 
-z str1　　　　　　　 当串的长度为0时为真(空串) 
str1　　　　　　　　   当串str1为非空时为真

2 数字的判断

int1 -eq int2　　　　两数相等为真 
int1 -ne int2　　　　两数不等为真 
int1 -gt int2　　　　int1大于int2为真 
int1 -ge int2　　　　int1大于等于int2为真 
int1 -lt int2　　　　int1小于int2为真 
int1 -le int2　　　　int1小于等于int2为真

3 文件的判断

-r file　　　　　用户可读为真 
-w file　　　　　用户可写为真 
-x file　　　　　用户可执行为真 
-f file　　　　　文件为正规文件为真 
-d file　　　　　文件为目录为真 
-c file　　　　　文件为字符特殊文件为真 
-b file　　　　　文件为块特殊文件为真 
-s file　　　　　文件大小非0时为真 
-t file　　　　　当文件描述符(默认为1)指定的设备为终端时为真

3 复杂逻辑判断

-a 　 　　　　　 与 
-o　　　　　　　 或 
!　　　　　　　　非

结尾

   语法虽然简单，但是在SHELL里使用的时候，他的功能变得强大了。

3. shell 的四则运算

3.1 整数的加法和减法

a=3; b=4;

则：c=`expr $a + $b`

echo "c=$c"

++操作有两种方法：

方法1：使用上述方法$b改为1即可。

方法2：let b+=1

注意：以上操作都是针对整数的。

3.2 整除

d=`expr $b / $a`

echo "d=$d"

浮点除：

num3=`echo "sclae=2; $num1/$num2" | bc`

使用bc工具，sclae控制小数点后保留几位

还有一种方法，通过传参数

awk 'BEGIN{printf "%.2f\n",’$num1‘/’$num2‘}'

4. 条件判断及继续循环

       if ["$flag1" == "no data" ]; then

             echo -e "$trans_name\t$flag1"

             continue;

      fi

       if ["$flag2" == "no data" ]; then

             echo -e "$trans_name\t$flag2"

             continue;

      fi

5.sed中使用shell变量

des_chr=`sed -n "$chr_line p"$phast_cons_file | grep -Po "chr[0-9,XY]+"`

注意：使用双引号。

6. 循环文件的行

cat $bed_file | while readoneline 

do

    你的语句

done

7.数组

定义：

      exon_lens=`echo "$one_bed" | awk '{print $11}' |sed 's/,/ /g'`

      exon_len_arr=($exon_lens)

      exon_starts=`echo "$one_bed" | awk '{print $12}'| sed 's/,/ /g'`

      exon_start_arr=($exon_starts)

引用：

    exon_total_len=`expr $exon_total_len +${exon_len_arr[$j]}`

              letexon_total_len+=${exon_len_arr[$j]}