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Step 1 –构建参考序列索引：$ mkdirbti# 在stuXX目录下新建文件夹$ cd bti$ ln -s /database/peixun2015/ref/ath.fa# 在当前目录，建立参考序列文件的超链接$ bowtie2-build ath.faath# 为参考序列建立索引 Step 2 –比对基因组：$ mkdiralign # 在stuXX目录下新

概述：设置两个数组/列表，列表a是[1,2,3]，列表b是['a','b','c']，把他们一对一对打印出来，但不打印“3：c”这对。python版：?123456789101112131415161718'''Created on 2014-11-2@author:

最近在做一个从数据库下载生物信息的数据库，在基于OpenURL时，采用网络抓取的形式获取结果页，其中遇到这样的错误：Server returned HTTP response code: 403 for URL: http://www……………………而可以使用浏览器正确访问  因为服务器的安全设置不接受Java程序作为客户端访问因为服务器的安全设

WGassociation(SNPassoc)WGassociation()所属R语言包：SNPassoc                                        Whole genome association analysis                                         全基因组关联分析描述----------D

Django的安装和建立工程详细步骤可以参考The Django book，里面讲的特别详细。我的安装过程如下：安装Django首先需要安装数据库，可选的数据库有好几种，我选择的是MySQL数据库，首先到MySQL官网上下载软件：http://www.mysql.com/安装后，还要下载MySQLdb软件：http://www.djangoproject.com/r/python-my

自个数据用Haploview做单倍型分析 转载他人的  http://www.dxy.cn/bbs/topic/16025305Haploview   http://www.broadinstitute.org/haploview/haploview-downloads第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,

6.1 数据输入与预处理从数据包CLL中载入芯片数据，完成预处理在bioConductor使用RMA算法预处理基因芯片原始数据。首先，去http://www.affymetrix.com/support/technical/sample_data/demo_data.affx下载一些示例数据文件下来。这里，使用Arabidopsis-AGAGCC数据示例。我们先把下载下来的文件解压后拷贝A

概念 原理 用途 数据分析流程

高通量测序产生的庞大数据目前主要存储在三大数据库。普通事业单位、乃至个人需要使用vpn、ssh账户才能获得差强任意的获取速度。引用了两个链接介绍了如何一些合理使用互联网的方法。它们对Linux操作系统的掌握程度有一定要求。点击打开链接点击打开链接

nature protocolDifferential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks从原始的数据开始，进行reads回帖，到拼接转录本，计算表达量，分析差异表达，最后可视化分析结果。    TopHat是一个把reads回帖到基

转载自：http://www.bkjia.com/xtzh/989223.html一、概述        环境变量：bash shell用一个称作“环境变量（environment variables）”的特性来存储有关shell会话和工作环境的信息，它允许你在内存中存储数据，以便运行在shell上的程序和脚本访问，这些数据可以用来识别用户、账户、系统、shell特性以及任何其他你需要

Cui J, Chen Y, Chou W C, et al. An integrated transcriptomic and computational analysis for biomarker identification in gastric cancer[J]. Nucleic acids research, 2010: gkq960.材料：160份材料来自52分男性，25份

原理：有了数据库以后，可以非常方便的把这些基因等信息调出来。简单高效的SQL语言让我们在海量数据中增删改查。Blast2GO® is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data。Gene Ontology, KEGG maps, Inter

基本概念：泛指优一群生长失去正常调控的细胞形成的新生物（neoplasm)。肿瘤细胞是一个累积了不同基因突变的体细胞（这些突变共同导致了细胞增殖的失控，结果形成大量细胞的集合——肿瘤）。肿瘤遗传学是研究肿瘤与遗传关系以及肿瘤发病遗传机理的一门学科。某些遗传性缺陷或疾病具有肿瘤遗传易感性；染色体不稳定综合征的特征：易发生chr断裂和重排；具有AR、AD和XR的遗传特性；具有不同程度的易患肿瘤的倾

在植物生物胁迫研究方面，本文通过作者所精密相关课题组的研究，比较传统研究方法和高通量测序方法的优劣。Sun X, Tan Q, Nie Z,et al. Differential Expression of Proteins in Response to MolybdenumDeficiency in Winter Wheat Leaves Under Low-Temperature