<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[ruby912的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; ruby912]]></copyright><item><title><![CDATA[文献翻译：Comparative metagenomics of hydrocarbon and methane seeps of the Gulf of Mexico]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/116333726</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/116333726</guid><author>ruby912</author><pubDate>Sun, 02 May 2021 17:45:54 +0800</pubDate><description><![CDATA[Comparative metagenomics of hydrocarbon and methane seeps of the Gulf of Mexico摘要背景结果墨西哥湾沉积物的地球化学特征墨西哥湾沉积物中的微生物丰度墨西哥湾沉积物中的微生物群落组成墨西哥湾沉积物的比较宏基因组分析讨论无活性烃渗漏迹象的沉积物碳氢化合物渗漏与甲烷渗漏方法样品说明定量聚合酶链反应（qPCR）分析Illumina Miseq扩增文库的制备、测序和分析宏基因组文库的制备、测序与分析统计分析

https://www.nat]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[文献翻译：Genomic features of bacterial adaptation to plants]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/116269479</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/116269479</guid><author>ruby912</author><pubDate>Thu, 29 Apr 2021 17:18:22 +0800</pubDate><description><![CDATA[Genomic features of bacterial adaptation to plants摘要背景结果扩展植物相关细菌参考目录一个广泛的，高质量的细菌基因组集合PA基因组：更多的糖代谢，更少的移动元素PA和RA基因的鉴定与验证在不同PA基因组中可重复富集的蛋白质结构域PA和RA蛋白的植物蛋白模拟PA基因簇的共现新推测的PA和RA基因操纵子讨论方法细菌分离与基因组测序3837个分离基因组及其分离位点的数据汇编细菌基因组树的构建3837个基因组聚类成9个类群基因组分析基因组大小比较和基因类别富集分析基]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[斯坦福SCI写作公开课目录]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/114452747</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/114452747</guid><author>ruby912</author><pubDate>Sat, 06 Mar 2021 19:33:11 +0800</pubDate><description><![CDATA[Writing in the Sciences
第一单元
1.1 介绍
1.2 不要做什么
1.3 高效写作的要点概述
1.4 减少句子的混乱
1.5 减少句子混乱的更多技巧
1.6 减少句子混乱的联系
第二单元
2.1 使用主动语态
2.2 使用we和I是可以的
2.3 主动语态联系
2.4 用动词写作
2.5 联系
2.6 一些语法tips
第三单元
3.1 使用标点符号的经验
3.2 练习冒号和破折号
3.3 平行结构
3.4 段落
3.5 更多的段落联系
3.6 对于重读和关键的tips
第四单元
]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[如何自己进行论文投稿]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/104009913</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/104009913</guid><author>ruby912</author><pubDate>Thu, 16 Jan 2020 19:58:15 +0800</pubDate><description><![CDATA[如何自己进行论文投稿1 何时需要自己投稿2 自己投稿前如何跟导师沟通3 投稿杂志选择4 投稿准备5 投稿日挑选
1 何时需要自己投稿

导师明确表示投稿需要自己进行
导师业务繁忙无暇顾及投稿
导师对于该论文探讨的领域了解不多
其他

2 自己投稿前如何跟导师沟通
记得询问导师以下几点：

有没有课题组人不能投的杂志
作者排名相关
自己创建账号投稿还是使用导师账号
需要挂什么基金号
有没有推荐审稿人...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[mac tmux备忘]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/102699384</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/102699384</guid><author>ruby912</author><pubDate>Wed, 23 Oct 2019 13:19:45 +0800</pubDate><description><![CDATA[mac tmux备忘
参考：Linux终端复用神器-Tmux使用梳理
会话操作




命令
操作




tmux new -s name
新创建一个会话以"name"命名


tmux new -s name -d
在后台新建会话


tmux ls
查看已创建会话


tmux a -t name
attach 会话 name


tmux kill-session -t name
关闭会话...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[宏基因组分箱后续]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/102137487</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/102137487</guid><author>ruby912</author><pubDate>Sat, 05 Oct 2019 21:40:24 +0800</pubDate><description><![CDATA[宏基因组分箱后续1.分箱流程2.代谢潜能分析2.1代谢通路构建2.2基因簇分析3.进化树构建3.1物种选择3.1.1如何从NCBI批量下载genome数据3.2进化树构建3.2.1序列选择用16S rRNA构建：用保守基因串联构建：3.2.2建树3.2.3进化树美化4.基因草图可视化5.进化历程分析
在获得了binning结果之后，下一步应该进行什么分析呢？本文将针对binning之后的分析思路进...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[群体遗传学数学基础]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/101682198</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/101682198</guid><author>ruby912</author><pubDate>Sun, 29 Sep 2019 13:37:34 +0800</pubDate><description><![CDATA[群体遗传学数学基础数学基础一对等位基因孟德尔群体及其数量表示1.群体遗传结构2.基因频率由基因型频率唯一确定3.哈温伯格定律4.平衡群体的性质4.1 Shannon信息熵最大4.2 S(G)=2S(A)遗传多态性1.描述遗传多态性2.杂合度H，群体基因的多样度总结群体中亲属关系研究系统树重建其他参考
数学基础
以下全明白才能看懂之后的：
排列组合
数学期望方差
求导
信息熵
拉格朗日乘子法
拉格朗...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[影响生物进化的主要因素及其熵变规律]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/101540002</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/101540002</guid><author>ruby912</author><pubDate>Fri, 27 Sep 2019 19:28:01 +0800</pubDate><description><![CDATA[影响生物进化的主要因素及其熵变规律1 熵的概念及发展1.1 克劳斯的热力学熵1.2 玻尔兹曼的分子运动熵1.3 Shannon信息熵总结2 生物进化与信息熵2.1 群体遗传学2.2 群体遗传学与熵

熵理论，对于整个科学来说是第一法则。    ——爱因斯坦
生物为了生存而作的一般斗争，既不是为了物质，也不是为了能量，而是为了熵而斗争。   ——玻尔兹曼
新陈代谢中本质的东西，乃是使有机体成功地消除...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[metaWRAP画图报错修正]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/100861351</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/100861351</guid><author>ruby912</author><pubDate>Sun, 15 Sep 2019 19:32:08 +0800</pubDate><description><![CDATA[metaWRAP画图报错修正
关于metaWRAP
宏基因组分箱流程，可以通过比较多个分箱软件的结果来取最优，最近也有更新，conda可安装，自带kraken物种注释，可以进行重组装，很优秀。
安装和使用说明见：github
关于bug
在进行bin_refinement时，metawrap会绘制bin的完整度(completion)和污染(contamination)的折线图，以此评估各个软件的...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[根据sam文件计算reads的GC含量]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/100566169</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/100566169</guid><author>ruby912</author><pubDate>Thu, 05 Sep 2019 20:50:17 +0800</pubDate><description><![CDATA[根据sam文件计算reads的GC含量
输入文件
DNA序列的sam文件
第一列，序列名；第十列，序列；分割 tab
目标
计算每个read的GC含量（只考虑DNA序列由ATGC组成的情况），并输出结果到文件
输出文件
第一列read id，第二列read的序列，第三列GC含量
def cal_gc(seq):
	"""
	计算GC含量
	"""
	seq = seq.upper() #全部转换为...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Python数据类型和基本语句]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/100565023</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/100565023</guid><author>ruby912</author><pubDate>Thu, 05 Sep 2019 19:58:52 +0800</pubDate><description><![CDATA[Python入门python数据类型python语句函数类模块
禁转
python数据类型
空值：None
整型：16; 0b10000（二进制）; 0x10（十六进制）
浮点型：0.1; 1e-1
字符型：‘hello’; “hello”; ‘’‘hello’’’; “”“hello”""
布尔型：True; False
列表：[1,‘a’,True,[1,2,3]]（元素可以是任意类型）
元组...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[简单欧氏距离分类器]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/100120729</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/100120729</guid><author>ruby912</author><pubDate>Thu, 29 Aug 2019 13:58:51 +0800</pubDate><description><![CDATA[简单近朱者赤分类器基本概念人工智能机器学习深度学习机器学习问题描述机器学习分类监督学习无监督学习任务水果识别数据集描述思路代码实现
基本概念
人工智能
机器学习
实现人工智能的一种方法
深度学习
机器学习中的一类算法
特点：大数据，效果好，图像识别，语音识别
机器学习问题描述

“学习”问题通常包括n个样本数据（训练样本）
每个样本包含的多个属性（多维数据）被称为“特征”
通过特定的算法从训练样本...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[基因表达调控]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/99639017</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/99639017</guid><author>ruby912</author><pubDate>Thu, 15 Aug 2019 17:12:21 +0800</pubDate><description><![CDATA[基因表达调控基因表达特点基因表达方式基因表达调控基因表达调控的基因原理基因表达的多级调控顺式作用和反式作用激活基因转录的基本要素
根据张涛、裴秀英主编. 生物化学[M]. 2010 整理，禁转。
基因表达就是指在一定调节因素的作用下，DNA分子上特定的基因被激活并转录生成特定的RNA，或进一步翻译成特定蛋白质的过程。
基因表达特点

时间特异性
temporal specificity，指特定基因...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[群体表观遗传差异]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/99413491</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/99413491</guid><author>ruby912</author><pubDate>Wed, 14 Aug 2019 18:25:28 +0800</pubDate><description><![CDATA[群体表观遗传差异
本文为文献阅读笔记，以下内容有个人理解，可能和原文有出入，未经允许，禁转载。
文献：Genetic source of population epigenomic variation
Nature Reviews Genetics  2016   影响因子15+
用chromatin state maps定义表观基因组
chromatin state maps：计算上整合了不同表...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[宏基因组分析流程报错与解决]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/92830238</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/92830238</guid><author>ruby912</author><pubDate>Wed, 19 Jun 2019 14:10:29 +0800</pubDate><description><![CDATA[MetaPhlAn_Pipelines_Tutorial是进行宏基因组物种组成分析的流程，详细的流程参考：https://bitbucket.org/nsegata/metaphlan/wiki/MetaPhlAn_Pipelines_Tutorial
在运行流程中step4进行lefse分析时，运行plot_res.py脚本会报错，报错内容：
Traceback (most recent cal...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[宏基因组有参分析和无参分析差异]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/92135048</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/92135048</guid><author>ruby912</author><pubDate>Sat, 15 Jun 2019 18:06:42 +0800</pubDate><description><![CDATA[宏基因组有参分析和无参分析差异分析流程解决问题结果差异
本文参考宏基因组教程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2) 
分析流程

有参流程：质控–物种组成和功能组成分析–差异分析及可视化
无参流程：质控–物种分类–序列拼接–基因注释–去冗余–基因定量–功能注释–差异分析及可视化

注：无参分析需要非常大的比对数据库，所以服务器配置最低256G内存，推荐内存512G以上，以保...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[流平衡分析（FBA）]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/91398842</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/91398842</guid><author>ruby912</author><pubDate>Mon, 10 Jun 2019 20:42:04 +0800</pubDate><description><![CDATA[流平衡分析（FBA）
Flux Balance Analysis
本文参考流平衡分析简介
流 （flux）
流就是代谢网络中化学反应的反应速率
在稳态下，各代谢物浓度不变，反应速率满足一定的分布（流分布）
分子类型转化流指单位时间内的转化量
平衡
平衡就是约束
约束来自两个方面：

基本物理规律的约束，物质不灭，能量守恒等
边界条件的约束，底物的供应量（上限），产物的生成量（下限）等

因此流平衡...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Bogotá河微生物群落代谢网络重构]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/91381793</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/91381793</guid><author>ruby912</author><pubDate>Mon, 10 Jun 2019 16:07:10 +0800</pubDate><description><![CDATA[Metagenome level metabolic network reconstruction analysis reveals the microbiome in the Bogotá River is functionally close to the microbiome in produced water
Ecological Modelling 2019 2.5
Universid...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[代谢依赖驱动微生物共存]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/91359028</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/91359028</guid><author>ruby912</author><pubDate>Mon, 10 Jun 2019 13:12:43 +0800</pubDate><description><![CDATA[Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities
PNAS 2015 9+
European Molecular Biology Laboratory
Points:
使用了800 communities进行ModelSEED pipeline得到resource competit...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Perl进阶]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/90759600</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/ruby912/article/details/90759600</guid><author>ruby912</author><pubDate>Thu, 06 Jun 2019 20:55:34 +0800</pubDate><description><![CDATA[Perl进阶子程序sub编写命令行参数传递打印使用帮助perl调用系统命令perl中使用第三方包路径处理包Getopt::Long传递参数
子程序sub编写

子程序声明sub
子程序可以传入数组／哈希
默认变量@_   用于传递参数
子程序调用&amp;
变量的作用域：子程序中定义的变量作用域只能在子程序中调用，子程序可以调用全局变量
返回值return

Perl 子程序(函数)
#子程序示例...]]></description><category></category></item></channel></rss>