群体表观遗传差异

群体表观遗传差异

本文为文献阅读笔记，以下内容有个人理解，可能和原文有出入，未经允许，禁转载。

文献：Genetic source of population epigenomic variation
Nature Reviews Genetics 2016 影响因子15+

用chromatin state maps定义表观基因组

chromatin state maps：计算上整合了不同表观遗传标记的全基因组测量

• a. 表观遗传mark在基因组中的共存情况决定其功能
• b. 检测表观遗传mark
• c. 根据不同表观遗传mark的共存与否，定义每个位点的chromatin states（此处为计算难点，结果决定chromatin state maps结构）
• d. 以二倍体M为例展示差异chromatin states（DCSs）的影响因素。三个DCS，DCS2由SNP2导致，DCS3由环境因素E4暴露程度决定，DCS1由有丝分裂的随机过程导致。（此处为统计难点，如何区分不同因素）

表观遗传marks

• active marks
  monomethylated histon H3 lysine 4 (H3K4me1)
  trimethylated H3K4 (H3K4me3)
  actylated H3K27 (H3K27ac)
  H4K20me1
  H3K36me3
• repressive marks
  H3K27me3
• ~63%位于外显子中或者外显子附近(<5kb)
• 共覆盖2