OVITO输出文件时对应不上lammps格式的问题

最新推荐文章于 2025-05-28 14:49:24 发布
原创 最新推荐文章于 2025-05-28 14:49:24 发布 · 917 阅读 · 1 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#其他

文章讲述了作者在使用Ovito输出LAMMPS.data文件时遇到的问题，涉及到charge类型的atomstyle，发现OVITO输出的电荷为0且与bond内容有关。解决方案包括手动修改电荷值和使用set命令根据类型设置电荷。

今天用ovito输出lammps.data时，遇到了明明要输出的是charge类型atomstyle

结果读取的时候一直出错

查看data文件才发现有bond

把bond相关内容全删了依然有问题

发现ovito输出的原子电荷全是0

解决方法1：复制到表格里面用逻辑判断改电荷数

方法2：用set命令对应type的原子的电荷

rosmis
关注
lammps教程：ovito转换data文件格式的方法
lammps_jiayou的博客
07-10 4046
其中，data文件是lammps中最常用的输入文件之一，用于描述模拟系统的原子类型、坐标、力场参数等信息。atomsk建的模型默认的为atomic类型，如果atomic类型的data文件和full类型的data文件进行合并，需要把atomic类型转换为full类型。无论是将data文件转换为其他格式，还是使用转换后的文件进行进一步的模拟或分析，都需要谨慎处理数据，确保结果的准确性和可靠性。如果data文件不大，可以直接把data文件中的原子坐标部分复制到excel中，添加分子id和电荷信息两列即可。
lammps教程：如何从dump文件导出带键角的data文件
lammps_jiayou的博客
03-30 3157
如果模拟的体系没有键角，用这种方式是可以的，但如果模拟的是聚合物体系，用这种方法导出的data文件只有原子坐标，没有键角等信息。python ovito模块不仅可以一次性的读入dump文件，也可以分别读入包含键角信息的拓扑文件和包含模拟结果的轨迹文件。平常用的最多的方法是用ovito打开dump文件，点击“file”-“export file”的方式导出data文件。在本例中，包含键角的拓扑文件可以用初始结构文件pp.data，轨迹文件就是模拟产生的dump.xyz文件。公众号：lammps加油站。
ovito动画导出
ditigao0965的博客
04-21 1万+
先导入坐标文件等，然后点到 Render 界面（右边工具栏最上面，标志为图片），然后设置选定的帧数范围，间隔，动画文件储存的位置，格式等，都设置好了后，点 Render active Viewpoint 进行录制。 转载于:https://www.cnblogs.com/Simulation-Campus/p/8903781.html...
ovito中文手册与总结.pdf
09-28
ovito 意即 the open Visualization tool，可以对分子动力学结果进行显示与分析。它的设 计思想是“修正通道”，从导入的数据出发，经过一个个的“修正”，最终成为想要的显示。 ovito 最重要的功能是显示和分析“单粒子属性”，如单个粒子的位置、速度、应力等，并且能处理任意数目的属性，包括标量属性、矢量属性和矩阵属性。
保姆级教程 | ovito调整原子透明度并介绍导出的三种办法
baguette的博客
08-24 3897
不过效果其实也一般）选中想要导出的视角（ovito里直接点击对应区域即可，边框会变成黄色），点击左上角的照相机，弹出的窗口里我研究明白的功能已经标注了，按照123流程即可，另一个没打框的图标是直接。1. 获得lammps模拟完成后的xyz文件（格式如下），可使用vmd或者ovito软件查看模拟的原子轨迹图像（这里注意每一帧的红框内数值要和后面的原子总数目一一对应，如果有删减原子记得修改）导入模型后，点击右侧“Add modification...”，选择“Select type”选项，在右下方选择框。
lammps学习（二）联合原子模型聚乙烯拉伸
热门推荐
weixin_51982763的博客
07-07 1万+
采用联合原子模型简化聚乙烯，并利用lammps对拉伸过程进行分析。
c语言写lammps的data文件,科学网—lammps中data文件的建立 - 周龙的博文
weixin_42352453的博客
05-25 2527
Data文件书写步骤lammps中关键的一步是data文件的建立，这里总结3种不同的方法来建立data文件。(个人推荐方法二)方法一：首先通过Ms建立模型，然后输出cif或者pdb格式文件(最好用pdb格式文件，因为pdb格式文件包含电荷)；其次，通过Atomsk进行格式转化，将cif格式转换成lammps识别的lmp格式文件；(注意：MS导出cif格式经过atomsk转换成.Lmp格式，data...
lammps模拟输出单个原子的能量
lammps_jiayou的博客
08-15 4244
只要是带有atom关键词的compute命令，基本都是计算单个原子的量，总共41个计算命令，功能已经比较全面，但是没有单个原子总能量的计算命令。能量的计算与输出相对比较简单，本来没有写本文的计划，但最近有几个学员咨询到相关的问题，想想还是写出来吧，万一哪天能用的上呢。equal对应标量，atom对应矢量，因为每一个原子具有一个势能或者动能值，所以此处的能量均为矢量。虽然lammps没有提供总能量的计算方法，但是提供了势能和动能的计算命令。只要计算出动能和势能，求和即可得到总能量。原子的总能量=动能+势能。.
Ovito可渲染版本（2.9.0 window64）
05-11
Ovito可以无缝地与LAMMPS结合，导入和可视化LAMMPS产生的输出文件，为LAMMPS用户提供一个直观的结果展示平台。用户可以直接在Ovito中查看和分析LAMMPS模拟的结构和动力学特性，如能量、速度分布、结构因子等。 ...
用lammps输出优化结构文件
03-19
例如，使用pair_style或bond_style后，确保data文件中的Coefficients部分正确，或者在转换格式时注意原子类型的对应关系。 最后，可能需要提到一些高级技巧，如使用shell命令在运行后立即转换格式，或者在脚本中...
FLAC3D 5.0与6.0后处理及Tecplot云图绘制：位移与应力数据分析
05-09
内容概要：本文详细介绍了如何利用FLAC3D 5.0和6.0版本进行工程模拟后的数据处理，重点讲解了如何将位移和应力数据导出为Tecplot兼容格式，并在Tecplot中绘制云图。首先概述了FLAC3D的后处理基础，接着阐述了导出至Tecplot的具体步骤，包括选择正确的导出格式和确保数据准确性。然后深入探讨了位移和应力数据的导出方法，最后展示了如何在Tecplot中通过云图和其他图表形式（如等值线图、矢量图）进行数据可视化。文中还提供了一些实用的操作技巧和注意事项，帮助用户更好地理解和应用这些工具。 适合人群：从事工程模拟、地质力学分析的专业人士和技术人员，特别是那些已经掌握基本FLAC3D使用技能并希望提升数据处理和可视化能力的人群。 使用场景及目标：适用于需要对复杂地质结构进行精确模拟和分析的项目，旨在提高数据处理效率和可视化效果，以便更直观地理解模型的位移和应力分布情况。 其他说明：本文不仅提供了详细的步骤指导，还鼓励读者在实践中不断探索新的技巧和经验，以优化工作流程和提升分析质量。
ovito手册与总结
04-23
ovito手册与总结PDF版，ovito简单入门 ovito是DXA的升级版
LAMMPS后处理—如何构建二维云图-接触角呢？
Rockyoung
10-20 6097
计算接触角
Ovito建模并正交化方法
最新发布
lammps_jiayou的博客
05-28 432
选择菜单“Export File"导出data文件，文件类型选择“lammps data”，文件格式可以选择“atomic"、“charge”或“full”类型。保存data文件，用ovito重新打开Al2O3.data文件，发现box已经变成正交，但是左上角有一部分原子还在盒子外面。Ovito主要用于查看lammps模拟结果，一般不用于建模，但是对于晶粒来说，只要有cif文件，也可以使用ovito建模。导出之后，斜交模型就建好了，如果需要改正交，用记事本打开data文件，删掉红框内的这一行数据。
OVITO使用（1）——如何进行缺陷分析
m0_64452471的博客
04-11 1万+
将完美晶体（未经辐照的晶体）视为参考模型，并对它进行网格划分，一个原子占据一个网格位置。辐照发生后晶体内的原子发生迁移，相较于参考模型，有的网格位置原子离开，留下一个空位，即没有原子占据；有的网格位置有其他原子进入，这些原子视为间隙原子，即存在两个及以上的原子占据。我们在模拟辐照的级联碰撞过程时，常常需要观察辐照产生的缺陷（包含间隙原子和空位）变化，通过ovito中的Wigner-Seitz defect analysis方法（即W-S法）可进行相关分析。②为了更好的观察间隙原子和空位的变化，我们通过。
在lammps模拟中常用的模拟设置
qq_44963682的博客
10-15 9868
本文介绍在lammps学习过程中常用的模拟命令，希望能够帮助初学者更好的学习lammps，如果有错误，欢迎各位批评指正。
评论
成就一亿技术人!
拼手气红包6.0元
还能输入1000个字符
 
红包 添加红包
表情包 插入表情
表情包 代码片
 条评论被折叠 查看
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值