加限制的最小化的文件

 

图片中参数的解释：

ntx选项用于从"inpcrd"文件中读取初始的坐标，速度和盒子信息。如果从最小化或者构建模型坐标的过程开始，则需要选择的参数值为1或者2.如果使用MD中的重新开始的文件（通常的命名规则为.rst结尾的文件), 则需要使用的参数值为4-7. 只有选项值1和5为经常使用的选项值.

ntx=1，在读取轨迹文件的时候不读取轨迹文件中的速度的内容

ntx=5, 以格式化的形式读取轨迹和速度内容,如果ntb>0，盒子信息将会被读取。当且仅当ires=1的时候才会读取速度信息.

irest=0, 重新开始的参数(Restart flag)

ntpr=50, 每50步将轨迹写入轨迹文件。

ntf=1,完整的键势能

ntb=1,周期性的参数，常容（体积固定）

ntb=0, 不使用周期性并且将PME关闭

ntb=2, 采用常压的过程.

nsnb=10, 非键结的列表更新(non bond list update)

ntr=1, 对体系的限制（需要在后面的RES中详细定义需要限制的残基或原子）

ntmin=1,允许从从最陡下降到共轭梯度的转换的参数.

限制文件将从DISANG参数指定的文件中读取.

irest=1, 表明在开始跑的时候一切将从头开始算,所有的信息将从rst文件中读取.

ntc=2表明所有的H键将收到SHAKE算法的限制,这是为了消除体系中的高频率的震动.

ntf=1 表明将计算力场中的所有类型的力.

ntb=2和ntp=1表明体系将采用常压的方法.

ntwr=500,每500步将能量信息写入到文件中.

ntwx=500, 每500步将坐标写入坐标文件（轨迹文件）

ntx=5这个参数将从前面的restart文件中读取速度信息

gamma_ln 设置碰撞频率的参数，当ntt=3时, 采用简单的蛙跳积分算法来进行动力学,对于和谐的震荡过程将会调整动能在正确的区间范围内. 没有必要使得震动的频率接近物理的震动频率（例如水溶液的震动频率为50ps-1。 事实上考虑到积分的稳定性和简单，使用小的值2-5ps-1通常是一个优势。

taup  压力的放松时间（只有当ntp>0的时候才会起作用）, 推荐的取值范围为1-5之间，默认的值为1，如果你的轨迹不稳定的话可以使用较大一点的值.