Pymol获得蛋白中二级结构信息

最新推荐文章于 2025-06-06 09:57:28 发布
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本文介绍了一段使用Pymol处理蛋白质结构数据并将其写入文件的Python代码示例。该代码通过遍历指定模型中的原子来获取残基信息，并以特定格式将这些信息写入名为potein.dat的文件。

open("potein.dat","w").writelines( ["Residue %s: %s\n"%(a.resi,a.ss) for a in cmd.get_model("protein" +" and n. ca").atom] )


其中protein为pymol中加载的蛋白名称，前后需要保持一致。

PyMOL操作手册
07-25
用户可以自定义卡通表示的类型（Customization），包括选择不同类型的卡通表示和添加特殊效果（如Fancy Helices）以及分配二级结构（Secondary Structure Assignment）。PyMOL还提供了光线追踪（Ray-Tracing）功能，...
如何统计PDB文件二级结构的多少及位置并和作图
qq_23341021的博客
04-19 3058
很多时候我们想要展示蛋白质二级结构的多少和位置，如下简单介绍了两种可以实现此要求的方法。
pymol pymol-align两分子或蛋白距离误差计算RMSD；spyrmsd库计算RMSD
weixin_42357472的博客
11-15 8858
参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/347743101RMSD单位是埃 RMSD,root-mean-square deviation，也就是均方根偏差。原子位置的均方根偏差是叠加蛋白质的原子（通常是骨架原子）之间的平均距离的量度。注意，RMSD计算可以应用于其他非蛋白质分子，如小的有机分子。在球状蛋白质构象的研究中，通常在刚体进行完叠加后通过计算Cα原子坐标之间的RMSD来表征三维结构的相似性。
Pymol教程--蛋白结合口袋结构比较(pocket alignment)
发呆的比目鱼的博客
05-27 6582
Pymol教程–蛋白结合口袋结构比较(pocket alignment) 本教程来自于 钰沐菡 https://www.bilibili.com/video/BV1zK41137VG?spm_id_from=333.999.0.0 Step1 两个结构重叠在一起： set align 2oxr, 1yrBA Step2 pocket 展示， 选择与ligand距离5以内氨基酸残基 -> select active, byres all within 5 of sele (active 是选择
三个或多个蛋白质结构的比对
yu_bio的博客
11-11 1万+
之前一般只做了两个蛋白质结构的比对，打开pymol，先后导入两个蛋白质的pdb文件，然后align即可。如下图所示： 当遇到需要再加一个蛋白质结构的比对时，我的第一反应也是利用pymol的align功能，但是发现与第三个加进来的结构比对时，另外一个就出去了，自己不知道如何将三个结构通过pymol叠加比对在一起。 下面就介绍通过coot软件的方法针对多个结构比对的步骤： 首先需要去coot官网(https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.p
入门级蛋白质结构查看PyMol的使用——PyMol常用命令
weixin_44076382的博客
05-18 9708
入门级蛋白质结构查看PyMol的使用——PyMol常用命令
利用pymol批量对PDB文件三维结构比对并输出RMSD值
qq_23341021的博客
07-27 4346
经验上、文献上大量的蛋白质或者核酸比对工作是从一级序列开始的，这是基于一级序列决定二级结构，二级结构决定三级结构，而且一级序列有30%的相似性，那么两者的结构就具有较高的相似性这样的共识理论而来，这些理论也是基于现有的实验数据得来的，然而也存在很多例外的情况，如相似度高的蛋白序列，三级结构差异较大，或者相似度低的蛋白序列却具有较高的三级结构，又或者一些理论认为柔性蛋白可能具有更好的蛋白热稳定性，刚性太强反而在更剧烈的环境中更容易崩溃。
如何在 PyMOL 中为不同的二级结构分配独特的颜色？
最新发布
06-20
### 如何在 PyMOL 中根据二级结构分配独特颜色 PyMOL 提供了多种方法来为蛋白质的二级结构分配独特颜色。以下是实现这一功能的具体方法[^1]。 #### 1. 使用 `ss` 选择器 PyMOL 内置了对二级结构的选择支持，可以...
PyMOL 1.1 蛋白质结构分析工具 Linux 版本
例如，在pymol-1.1中，可通过简单指令`show cartoon, protein`来突出显示蛋白质主链的二级结构，或使用`color red, resi 100-120`对特定区域着色以便识别功能域。此外，它还支持多结构叠加（superimpose），用于比较...
PyMol蛋白质3D结构可视化软件安装包
PyMol能够读取这些包含原子坐标、连接关系、二级结构标注等详细数据的文件，并将其转换为高度可交互的三维图形界面。用户可以通过旋转、缩放、平移操作全方位观察目标分子的空间构象，这对于理解蛋白质折叠方式、...
DeepSeek 赋能蛋白质结构预测：生物信息学的智能化新征程
邓邓子的博客
06-06 1059
随着生命科学研究的深入，蛋白质结构预测成为生物信息学领域的关键课题。DeepSeek 作为先进的人工智能模型，凭借深度学习与神经网络等核心技术，为蛋白质结构预测带来全新突破。文章详细阐述了 DeepSeek 的技术原理，深入分析其在蛋白质结构预测中的应用流程与实际案例，指出其在提升预测准确性、增强运算效率及降低研究成本等方面的显著优势。同时，也探讨了其面临的数据质量、模型优化等挑战。展望未来，DeepSeek 有望在技术迭代与应用拓展中，持续赋能生物信息学，为生命科学研究提供更强大的技术支撑。
Python：计算两个蛋白或小分子之间的RMSD
DrugOne
07-11 1万+
Python脚本：计算两个蛋白或小分子之间的RMSD 用法： python rmsd.py protein1.pdb protein2.pdb rmsd.py # Root-mean-square deviation (RMSD) for proteins and/or ligands # in PDB files. # class Pdb(object): ""...
利用PDB文件将蛋白中的单聚体利用对称矩阵转换为二聚体
rogerzhanglijie的专栏
04-16 5044
下面是需要在VMD中执行的tcl脚本： ## ##steps ## source mono2poly.tcl ##mol delete all ##mol new filename.pdb ##set sel [atomselect top all] ##set matrix [parsematrix filename.pdb] ##mono2poly -o newfile.pdb
Pymol使用技巧
Eumenidus的博客
12-01 1万+
一些pymol使用技巧汇总
pymol-video
计算之道的博客
11-07 419
>show representation #其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。Pymol> log_open script-file-name.pml #记录一个文本文档，该文件的后缀名应为.pml。一、Snapshot（用不同颜色显示蛋白不同二级结构，用不同颜色显示不同小分子，显示连键）Pymol> png file-name # 图片被保存在PyMOL安装默认的文件夹中。
Pymol随记
计算之道的博客
11-08 3063
命令：
PyMOL 1.2.1：分子结构探索与可视化软件
weixin_28939623的博客
04-26 1662
PyMOL是一个开源的分子图形系统，特别擅长于三维分子结构的可视化展示。它由Warren Lyford DeLano开发，并在2002年开源发布。该软件广泛应用于科研、教育以及工业领域，尤其在生物学、化学和药物设计中发挥重要作用。PyMOL可以通过它的Python接口模块pymol.py与Python脚本进行交互。该模块提供了直接访问PyMOL内部功能的接口，允许用户利用Python的高级编程能力来控制PyMOL环境。
蛋白质结构信息获取与解析（基于Biopython）
weixin_60737527的博客
08-04 5839
基于Biopython蛋白质数据获取与解析
pymol绘图笔记
热门推荐
LHW1605785170的博客
06-14 2万+
1. 对象和选择的着色 你可以对selections和objects应用不同的颜色。在settings/colors菜单里有预定义的color-names，也可以在控制面板里进行颜色选择。（更多颜色命令见“设置”部分） 语法  color color-name               #整个object被着色  color color-name,selection-expression...
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