TAXAassign v0.4 安装指南

原创已于 2024-10-09 21:32:32 修改 · 877 阅读

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于 2024-10-09 13:43:16 首次发布

TAXAassign v0.4 安装指南

TAXAassign v0.4 是一个基于 NCBI 分类系统的分类学注释工具，适用于对核酸序列（包括宏基因组组装片段、全基因组测序读段、16S rRNA 序列等）进行不同分类学层级的注释。

1. 环境需求

操作系统：Linux 或 MacOS
依赖工具：GNU Parallel、Blastn 2.28+、BioSQL、MySQL 或 SQLite、Perl 和 Python

2. 安装 GNU Parallel

GNU Parallel 用于并行化执行命令。可以从 GNU Parallel 官方网站下载并安装：

wget https://ftp.gnu.org/gnu/parallel/parallel-latest.tar.bz2
tar -xjf parallel-latest.tar.bz2
cd parallel-*
./configure && make && sudo make install

3. 安装 Blastn 2.28+ 和 NCBI 的 nt 数据库

下载并安装 Blastn 2.28+：

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.2.28/ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz
tar -xzf ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz
export PATH=$PATH:/path/to/ncbi-blast-2.2.28+/bin

下载 nt 数据库：

使用 update_blastdb.pl 脚本下载最新的 nt 数据库：
```
perl update_blastdb.pl nt
```

4. 安装 BioSQL 和设置数据库

BioSQL 用于存储 NCBI 的分类信息。可以使用 MySQL 或 SQLite 作为数据库。

安装 BioSQL：

wget http://biosql.org/DIST/biosql-1.0.1.tar.gz
tar -xzf biosql-1.0.1.tar.gz

设置 MySQL 数据库并导入 BioSQL schema：

mysqladmin -u root create bioseqdb
mysql -u root bioseqdb < biosql-1.0.1/scripts/biosqldb-mysql.sql

这一步需要安装MySQL

导入 NCBI 分类数据：

biosql-1.0.1/scripts/load_ncbi_taxonomy.pl --dbname bioseqdb --driver mysql --dbuser root --download true

使用 SQLite 数据库（可选）：

如果没有 MySQL，可以使用 SQLite。本地下载已准备好的 SQLite 数据库：

cd /path/to/TAXAassign
mkdir database && cd database
wget http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/db.sqlite.gz
gunzip db.sqlite.gz

5. 配置 TAXAassign

打开 TAXAassign.sh 脚本文件，设置以下参数：

# = Parameters to set ============== #
LOGFILE="`pwd`/TAXAassign.log"
BLASTN_DIR="/path/to/ncbi-blast-2.2.28+/bin"
BLASTDB_DIR="/path/to/ncbi-blast-2.2.28+/db"
FASTA_FILE=""
PARALLELIZE_FLAG=0
NUMBER_OF_CORES=10
NUMBER_OF_REFERENCE_MATCHES=10
MINIMUM_PERCENT_IDENT=97
MINIMUM_QUERY_COVERAGE=97
CONSENSUS_THRESHOLD=90
TAXONOMIC_LEVELS_THRESHOLD=""
# =/Parameters to set ============== #

6. 运行测试数据

准备测试数据：

mkdir check_TAXAassign
cp /path/to/TAXAassign/data/test.fasta check_TAXAassign/
cd check_TAXAassign

运行测试：

bash /path/to/TAXAassign/TAXAassign.sh -p -c 10 -t 70 -m 60 -a "60,70,80,95,95,97" -f test.fasta

7. 检查输出文件

检查生成的 CSV 文件，包括 test_ASSIGNMENTS.csv、test_PHYLUM.csv、test_CLASS.csv 等。test_ASSIGNMENTS.csv 的内容格式如下：

Sequence ID, Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species

至此，TAXAassign 安装和运行已完成。如遇问题，可查看 TAXAassign.log 文件获取调试信息。