20、转录组规模的RNA - RNA相互作用预测与相关网络服务

转录组规模的RNA - RNA相互作用预测与相关网络服务

快速RNA - RNA相互作用预测方法的应用

RIsearch2和RIblast让我们能够基于转录组规模的RNA - RNA相互作用预测结果开展生物学研究。下面介绍一些使用RIsearch2或RIblast的应用研究。

1. 竞争性内源RNA（ceRNAs）的预测研究
   ceRNAs也被称为miRNA海绵，它们通过与miRNA结合，阻止miRNA与mRNA结合来调节基因表达。由于具有多个结合位点的ceRNAs对基因表达调控有显著影响，研究人员假设，来自具有集中miRNA结合位点的基因组区域的转录本可能充当ceRNAs。
   研究人员将RIsearch2应用于2578个人类miRNA和整个人类基因组，预测了全基因组中的miRNA结合位点。之后，将具有统计显著集中预测结合位点的基因组区域视为新的ceRNA候选区域，共预测出3673个ceRNA候选者，其中包括经过实验验证的ceRNA ciRS - 7。

2. 发现与肾细胞癌（RCC）患者药物敏感性相关的lncRNA
   RCC是一种泌尿系统肿瘤，舒尼替尼是转移性RCC患者的一线药物，但许多患者对该药物表现出耐药性。因此，揭示舒尼替尼耐药的分子机制对于治疗这种癌症至关重要。
   研究人员首先发现配体激活的转录因子TR4通过改变受体酪氨酸激酶AXL的表达来影响对舒尼替尼的耐药性。但ChIP结合试验表明，TR4并不直接调节AXL的转录。于是，研究人员假设TR4通过lncRNA调节AXL的表达，并使用RIblast从与AXL共表达的lncRNA数据集中搜