8、核酸结构预测：包含假结的直接方法详解

核酸结构预测：包含假结的直接方法详解

在核酸结构预测领域，准确预测核酸的二级结构对于理解其功能至关重要。本文将详细介绍一种核酸结构预测算法，涵盖结构枚举和自由能计算两个关键部分。

1. 枚举过程的输入参数

该算法的枚举过程受多个输入参数影响，具体如下表所示：
| 参数 | 类型 | 描述 | 默认值 |
| — | — | — | — |
| sequences | 字符串列表 | 序列列表（最多两个） | N/A |
| DNA | 布尔值列表 | 每个序列是否为 DNA（True）或 RNA（False） | [False, False] |
| minBPInStem | 正整数 | 茎的最小长度 | 3 |
| allowIntramolecular Pseudoknots | 布尔值 | 是否枚举包含分子内假结的结构 | True |
| allowIntermolecular Pseudoknots | 布尔值 | 是否枚举包含分子间假结的结构 | True |
| substems | 非负整数或 “all” | 确定要考虑的子茎长度 | “all” |
| frozenBPs | n × 2 嵌套整数列表 | 所有返回结构中应存在的碱基对列表 | 空列表 |
| minNtsInHairpin | 正整数 | 发夹中核苷酸的最小数量 | 3 |
| onlyAllowSubsets OfLongestStems | 布尔值 | 是否仅考虑最长可能的茎及其子集 | False |
| onlyConsiderSubstems FromEdges | 布尔值 | 是否不