recher_He1107的博客

基于分子文件构建分子碎片库。内嵌Brics， Recap， MacFrags三种算法。RECAP（Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure）：RECAP 是一种基于化学反应规则的分子切割方法，通过将分子沿特定的化学键进行断裂，生成更小的碎片。这些碎片可以帮助研究者更好地了解分子的结构和活性关系。BRICS。

写在开头1.靶点信息数据收集1.1 uniprot生物实验数据收集2.1 PUCHEMchembl总所周知,科研是基于数据的,数据是基础也同样是目的.但如何全面且详细地回顾和收集世界各地地往期工作就是困扰诸多科研工作的难题.但随着大量公开且庞大数据库的出现,似乎在为我们登上巨人的肩膀铸造了电梯.今天就以个人经验总结了一下如何搭乘这一部电梯.如有不足之处也请大家在评论区补充,感谢~本文章全程采用Poly [ADP-ribose] polymerase 1(parp-1)蛋白作为例子进行展示1.靶点信息数

上代码:import requestsimport jsonimport argparseimport timefrom pandas import json_normalizeparser = argparse.ArgumentParser(description="get ligands(BindingDB) by uniprots")parser.add_argument('--uniprots', '-u' , required=True, nargs='+', help='t

chembl提供了API(chembl_webresource_client)可以用来获取数据安装一下:pip install chembl_webresource_client废话少说,上代码:import pandas as pdfrom chembl_webresource_client.new_client import new_clientimport argparseparser = argparse.ArgumentParser(description="get chembl

记载一下如何汇总4大数据库的数据

记录笨比上班生活又一天 没啥好说的直接上代码运行效果运行结果没啥好说的直接上代码以一个含有chembl target ID号的表格为起点,输入输入文件地址,chembl_id列名,以及输出文件地址chembl的api 分为多层 chembl_id>>>>>componen_id>>>>>protein_id# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Mon Sep 14 21:52:27 2020@au

IC50：半抑制浓度(或称半抑制率)，即IC50，对指定的生物过程（或该过程中的某个组分比如酶、受体、细胞等）抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度。药学中用于表征拮抗剂（antagonist）在体外实验（in vitro）中的拮抗能力。pIC50：pIC50=-log(IC50)EC50：是指在特定暴露时间后，能达到50%最大生物效应对应的药物、抗体或者毒素等的浓度。药学中除了用于表征体外实验中（in vitro）激动剂（agonist）的激活能力外，还可用于表示达到体内（in vivo）最大生物效应.

PUBCHEM下载smile使用PUBCHEMbulk download功能把smile列加入到源文件中使用PUBCHEMbulk download功能参见我的一篇博文如何使用pubchem的bulk download功能把smile列加入到源文件中废话少说 上代码# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Wed Sep 11 10:16:11 2019@author: 86177"""import osimport pandas as pdimp

首先我的数据结构是csv格式,columns为化合物id.值为化合物所对应的uniprots:现在想把格式转化为更方便后续处理的格式:上代码:import numpy as npimport pandas as pdimport osimport redef iter_files(path):# get all file_path under one folder f...

爬取要用数据库数据

师姐的小要求,安排一下:import requestsfrom multiprocessing import Poolimport jsonimport pandas as pddef get_synonyms(ID): url = 'https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/target/{}.json'.format(ID) ...

接之前算的的inchikey成果,统计并制作韦恩图.import numpy as npimport pandas as pdimport osimport redef cross_info(dose,uni_num): def iter_files(path):#get all file's path under one folder file_n...

目标:获取了多个pubchem实验的csv文件,需要获取其中化合物的smile.import pandas as pdimport osimport redef Summary_cid(path,out_path): # cid sumamry and batches to files that each has 500000 cid files = os.listdir(path...

今天再利用含cid的文件再pubchem网站获取smiles时发现,网站会自行删除重复cid而只输出一个smile为解决这个问题想了如下办法.1.直接将获取到的txt转为csv与原csv合并:import pandas as pdimport sysdf = pd.read_csv(r'file')df_old = pd.read_csv(r'file_old')df_out = p...

import pandas as pdimport numpy as npimport osimport sysimport requestsdef download(url,file_name): s = requests.Session() response = s.get(url,stream=True) with open(file_name,'ab'...

requests 的基本使用方式其实最常使用的方式也就事 get 和 post 分别用于获取和上传,即用于数据性网站和检索性网站.可用于requests库的 参数header形式为字典,表示所用的User-Agent 如:import requestsurl = "...

PUG VIEW是一种PUG REST的特殊使用形式,其输出的内容包含rest中的substance,assay,compound页面所没有的信心,这也正是PUG VIEW的意义所在.PUG VIEW对每条单个的pubchem 记录进行汇总,而不在乎重复性.与PUG REST的已经经过整理了的数据有所不同.其输出格式有:JSON(P), XML, ...

以URL为基础的API分为4个部分input specification--------------------------------------------------------输入 operation specification--------------------------------------------------操作 output specification---...