药效团模型(pharmacophore model)构建与搜索(MOE2018)

最新推荐文章于 2025-04-09 11:15:50 发布
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分类专栏： 药学软件使用教程 文章标签： MOE 药效团模型 PLIF
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/recher_He1107/article/details/109090318
版权

记录一下完整的pharmacophore的过程

初始文件

复合物晶体结构->PLIF->药效团序列

链接：https://pan.baidu.com/s/13d9-Gb1nX3ewTs30h2q0ug
提取码：6666

加载蛋白复合物以及初始设置准备

同样可以直接用配体数据库生成,但这里不讲

1.读取蛋白文件

MOE/OPEN/FILE
在这里插入图片描述

2.修改背景颜色为白色,修改立场文件

MOE|RHS
在这里插入图片描述
点击左下角Amber10:EHT更换力场文件
在这里插入图片描述
按下图更改:
在这里插入图片描述

3.删除多余链与配体

MOE|SEQ
此初始文件不需要,略

4.调整蛋白结构显示

仅展示配体分子
MOE | RHS | Hide | All Atoms
MOE | RHS | Show | Ligand
得下图效果:
在这里插入图片描述

5.蛋白分子的预处理

MOE | RHS | QuickPrep
按下图设置 去校Refine:
在这里插入图片描述

叠合蛋白-配体复合物

1.为复合物分配不同的颜色以便于区分

MOE | RHS | System
按下图设置:
在这里插入图片描述

2.叠合蛋白-配体复合物

MOE | Protein | Align/Superpose
按下图设置 先进行Align进行序列对齐,之后选择Poket Residues.最后进行叠合Superpose
在这里插入图片描述
将叠合结构位于MOE中心展示
MOE| RHS | Center
在这里插入图片描述

3.观察蛋白-配体相互作用

MOE | Compute | Ligand Interactions
在这里插入图片描述

4.新建Database并导入蛋白-配体复合物

MOE | File | New | Database
创建空白数据库
![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/20201015104610431.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3JlY2hlcl9IZTExMDc=,size_16,color_FFFFFF,t_70#pic_centerDBV | Edit | New | Entry
按照Chain Tag 的方式导入分子:
在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

生成PLIF和Pharmacophore Query

1.生成PLIF

DBV | Compute | PLIF | Generate

将ligand指定为ligand–>pripare–>generate
遇到啥点yes就完事了,之后所有操作同上
在这里插入图片描述

然后可以看一看有哪些重要的作用
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

2.生成pharmacophore query

再PLIF面板选择Tool: Query Generator

在这里插入图片描述
出现下面页面:
如果是要用上所有复合物,则all.也可以自己选选selected
再选自Build构建药效团序列,最后选择所有重要相互作用生产药效团(选择excluded volumes)
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

3.进一步精确计算和保存药效团序列

选择consesus,并进一步Calculate
在这里插入图片描述直接Save就完事了.

利用药效团序列筛选小分子构象库

小分子构象库的构建

1.读取/制作小分子数据文件

可以选择自己画,但一般是读取mol或者smiles表格,注意将分子描述符列的类型改为molecule
在这里插入图片描述

2.小分子预处理

2.1.wash->计算电荷->能量最小化

按下图 wash–>Partial Charges–>Energy Minimize顺序操作就行
在这里插入图片描述

3.构象搜索

上图中的Conformational Search
设置一般自己要调尽量小一点,因为一般要对大量的数据进行处理不能在这一步浪费太多时间.当然,如果只有几个小分子那就无所谓了.提供参考参数如下
在这里插入图片描述

药效团搜索

Pharmacophore|Search
在这里插入图片描述
将之前做好的pharmacophore query文件选中.
在这里插入图片描述
setup中勾选需要输出的数据
在这里插入图片描述

点击search进行药效团模型搜索
在这里插入图片描述
点击查看详细输出

大功告成!
大吉大利,今晚吃鸡

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