R语言入门：vegan包diversity()、simpson.unb()、fisher.alpha()、specnumber函数

最新推荐文章于 2024-12-23 17:23:44 发布

泥木

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分类专栏： R语言学习笔记文章标签： r语言开发语言笔记

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本文介绍了如何使用R语言vegan包中的函数来计算Shannon、Simpson、Fishersalpha等生物多样性指数，并通过BCI生态数据集展示了如何分析不同栖息地的物种多样性和均匀度。示例包括物种丰富度计算、多样性指标的可视化以及beta多样性的定义。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1、简介

Shannon, Simpson, and Fisher diversity indices and species richness.

2、使用语法

diversity(x, index = "shannon", groups, equalize.groups = FALSE,
   MARGIN = 1, base = exp(1))
simpson.unb(x, inverse = FALSE)
fisher.alpha(x, MARGIN = 1, ...)
specnumber(x, groups, MARGIN = 1)

3、参数解释

3.1 diversity()

作用: 计算样本的生物多样性指数。
参数:
- x: 包含生物数据的矩阵或数据框。
- index: 指定要计算的生物多样性指数，例如 Shannon、Simpson 、Invsimpson等。
- groups: （可选）分组变量，用于根据其值计算指数。
- equalize.groups: （可选）逻辑值，指示是否在计算指数之前均衡组的样本数。
- MARGIN: 指示应用函数的维度，1 表示按行应用，2 表示按列应用。
- base: （可选）用于 Shannon 指数计算的底数。
返回值: 返回一