基因序列相似度（LCS）

目录

1.问题描述

2.一些细节

3.思路

4.代码

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1.问题描述

基因序列包含四种核苷酸，分别用A，C，T和G四个字母简单地表示。 编写一个程序，按以下规则比较两个基因并确定它们的相似程度。

规则：使用对齐方法，可以在基因的适当位置插进空格，让两个基因的长度相等，然后根据基因分值矩阵计算分数。

例如，给AGTGATG插入一个空格，就得到AGTGAT-G；给GTTAG插入三个空格，就得到-GT--TAG。空格用减号（-）表示。

把 AGTGAT-G与-GT--TAG 对齐以后，有四个基因是相配的：第二位的G，第三位的T，第六位的T和第八位的G。根据下列基因分值矩阵，每对匹配的字符都有相应的分值。 * 表示空格对空格是不允许的。上面对齐的字符串分值是： (-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。

	A	C	G	T	-
A	5	-1	-2	-1	-3
C