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KMP算法详解（超级详细）
JOU金牌码农: 感谢你的批评指正，由于和这篇博文的写作间隔时间有点长，我没有办法立刻回答你的问题，我回故一下，再重新思考一下再给您答复
KMP算法详解（超级详细）
towminghai: 况且按照kmp的思想，回溯数组显然应该考虑下一字符可能出现的情况来决定对齐的位数，也就是说每个最长匹配前后缀对应的对齐位置应该仅当下一字符与这个前后缀最后一位相同时才有效，否则就要计算更短的前后缀，如果这个字符不存在于这个长度的子串中那就可以全跳过，再次从头对齐下一个位再匹配，只用一个next数组显然大幅增加了匹配次数，回溯数组应该是一个二维数组，长度为要查找子串的长度，列数是母串中可能出现的元素的数量，按照这个去匹配就可以使kmp达到近似bm的效率
KMP算法详解（超级详细）
towminghai: 你这样算最长匹配前后缀长度，就那个next数组显然是不对的吧，应该在进入第一个if后有一个j的单循环去计算这个最长匹配前后缀长度值，你不写这个东西就导致j每次最多只能+1，如果最长匹配前后缀长度next[i]比起next[i-1]不是单增变化那显然就出错了啊。你自己跑一下这个函数，计算你的abaabca实际算出来是0,1,1,1,2,1,2，根本不是你写的0,1,1,2,2,3,1
KMP算法详解（超级详细）
JOU金牌码农: 对，应该是++i，谢谢指正，我修改一下
KMP算法详解（超级详细）
life进化论: [code=cpp] void GetNext(char T[],int *next) { int i=1,j=0; next[1]=0; while(T[i]!='\0') { if(j==0||T[i]==T[j]) { ++j; ++i;//++k；原来的k是哪里来的，这里应该是++i吧 next[i]=j; } else j=next[j]; } } [/code]

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作者: JOU金牌码农

这个作者很懒，什么都没留下…

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甲基化数据分析chAMP包数据导入出现报错问题

使用chAMP包分析TCGA数据库下载的甲基化芯片数据时遇到的问题和排查过程

原创 2024-09-19 18:03:59 · 664 阅读 · 0 评论