qq_45759229的博客

suppressMessages使用

ubuntu安装R和rstudio

R package 调试总结

R安装包问题error in rawtochar(block[seq_len(ns)]) :

ggplot2使用总结

pd.melt vs reshape2::melt()

R奇怪语法总结

ggplot颜色设置总结

# 测试Seurat包rm(list=ls())suppressMessages(require(Seurat))suppressMessages(require(ggplot2))suppressMessages(require(cowplot))#suppressMessages(require(scater))#suppressMessages(require(scran))#suppressMessages(require(BiocParallel))#suppressMessag.

测试案例1main_dir="./"sub_dir="fassafsdfa"## Provide the dir name(i.e sub dir) that you want to create under main dir:output_dir <- file.path(main_dir, sub_dir)if (!dir.exists(output_dir)){dir.create(output_dir)} else { print("Dir already exists

今天在造dropout模拟数据集的时候，发现了一个问题，Rtsne的结果和skelarn中的tsne画图结果非常不同，让我感到很好奇，到底是什么原因导致这个的%load_ext rpy2.ipython%%R -o counts -o truecounts -o geneinfo -o cellinfo# make sure that splatter is installed: https://github.com/Oshlack/splattersuppressPackageStartupM

多数据集pancreas数据集suppressMessages(require(Seurat))suppressMessages(require(ggplot2))suppressMessages(require(cowplot))suppressMessages(require(scater))suppressMessages(require(scran))suppressMessages(require(BiocParallel))suppressMessages(require(Bio

预备工作officer包安装，不用之前安装ReporteRs包之前安装那么复杂，直接安装install.packages("officer")# R4.1.1可以参考教程1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/3404068202. https://zhuanlan.zhihu.com/p/1110270363. https://blog.youkuaiyun.com/ToyPython/article/details/907805954. https://ardata-fr.g

options(repr.plot.width = 12, repr.plot.height = 5)在最开始的cell处加入以上代码即可

解决办法(离线安装）第一步：首先找到上面显示的数据的下载网址http://seurat.nygenome.org/src/contrib/ssHippo.SeuratData_3.1.4.tar.gz用浏览器打开该网址，直接下载保存到本地电脑，我保存到了/Users/xiaokangyu/Downloads/Seurat/第二步： 安装本地包可能需要一定的时间，稍微等待一下第三步：导入数据参考https://github.com/satijalab/seurat-data/issue.

查看R版本如果使用which R那么得到的不是所有的R版本如果想查看所有的R版本，应该使用whereis R可以看到只有使用whereis R才能显示出所有的R版本，至于为什么两个R版本不一样，因为一个是处于docker环境中，另一个处于主环境中接下来就是我怎么判断我的kernel使用的是哪个R可以使用R.home()来得到该r启动的路径现在的问题变成了怎么切换R的环境变量，首先如果不修改R的环境变量现在如果我想进入这个R3.6.3版本的环境那么在执行R之前，加入修改R的启动版

注意在R中,选取一列和选取两列的到的结果完全不一样

output: prettydoc::html_pretty: theme: architect highlight: githublibrary(reticulate)use_condaenv("BERMUDA",required = T)#这里必须加上T,否则可能会有问题import seaborn as snsimport matplotlib.pyplot as plttips = sns.load_dataset("tips")tips.head()plt.

参考https://cran.r-project.org/web/packages/gdata/vignettes/mapLevels.pdfhttp://ftp.uni-bayreuth.de/math/statlib/R/CRAN/doc/packages/gdata.pdf使用案例1rm(list=ls())library(gdata)fac <- factor(c("B", "A", "Z", "D"))map <- mapLevels(x=fac)print("====

R中函数如下python中调用程序如下：import pandas as pdimport rpy2.robjects as rofrom rpy2.robjects.packages import importrfrom rpy2.robjects import pandas2rifrom rpy2.robjects.conversion import localconverterimport rpy2.robjects as robjects robjects.r.source('./

我之前试过，spllater包直接使用Biomanager来安装1.16.1版本的会出现问题正确安装splatter1.8.0版本的方法如下：remotes::install_github("Oshlack/splatter@RELEASE_3_9")能正常安装但是此时出现了一个问题就是因此需要安装rsvd 包，安装的方法如下install.packages("~/Downloads/rsvd_1.0.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")记录一

首先说明一下我的安装环境mac 版本R版本我的电脑有两个版本，使用Rswitch可以在mac里安装多个R版本其中R4.1中安装Seurat4(Seurat4和Seurat3差不多，没有多个区别)但是Seurat2和Seurat3在使用语法上差别较大，所以我在R3.6的环境中安装Seurat2.3.0下面说明一下Seurat2.3.0安装的过程中出现的问题安装代码install.packages('devtools')# Replace '2.3.0' with your desired v

首先我遇到的情况，情形1昨天晚上使用R的library(reticulate)时，我在连接anaconda所在的base环境时，当导入pandas和numpy包时，就出现了这样的问题当时base环境中的numpy版本是* 情形2早上跑Seurat的Umap时, R kernel直接crash这里程序就崩掉了，但是之前的UMAP还没有问题，不知道为什么，但是terminal也显示Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_intel_thread.dy

rm(list=ls())#################----------*************------------###################### 设置当前工作路径library(rstudioapi)# Getting the path of your current open filecurrent_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path setwd(dirname(current_path ))pr

首先说明我电脑的环境，首先我电脑上安装了anaconda3,但是R 和Rstudio并不是使用anaconda3中的R环境。我的R和Rstudio是在anaconda3外面自己额外安装的，上面是我的R版本现在我想在jupyter中添加R内核，步骤如下安装IRkernelinstall.packages('devtools')devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')这里在Rstudio或者terminal中的R中输入均可继续输入IRke

当我安装lisi package时发生了下面的错误ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0'ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib'ld: library not found for -lgfortranclang: error: lin

scanpy和SingleCellExperiment和Seurat之间的转换环境安装注意点系统：macospython:anaconda(base) python3.8.8R: 4.1.1当安装rpy2时，需要注意的是安装pip install rpy2==3.4.2版本，不要安装最新版本，否则下面的例子会出现问题[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-bF6bQGkY-1631809382770)(attachment:%E5%9B%BE%E7%89%8

有的时候，使用Biomanager下载包时，会出现下载很慢的问题，这个时候需要修改源options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

library(repr)options(repr.plot.width=10,repr.plot.height=3)print(cowplot::plot_grid(scater::plotTSNE(bct.mBN, colour_by = "clust"), scater::plotTSNE(bct.mBN, colour_by = "cell.class"), scater::plotTSNE(bc

不管我怎么改变这个镜像源，上面的警告语句总是存在的，在Rstudio中输入options()$repos解决办法如下：https://d.cosx.org/d/422074-ubuntu-2004-rstudio-v14

参考：https://stackoverflow.com/questions/57854724/head-function-is-not-showing-output-in-r-markdown

title: “R Notebook”output:html_document:df_print: paged参考文献https://cran.r-project.org/web/packages/table1/vignettes/table1-examples.htmlhttps://stackoverflow.com/questions/54945344/p-value-column-in-table1-using-table1-function生成普通的表格suppressMes.