医学影像数据格式转换（.mha转.jpg）

最新推荐文章于 2024-10-13 14:03:44 发布

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#python #深度学习 #机器学习 #计算机视觉 #tensorflow

本文介绍了如何将BRAST2015数据集中的.mha格式医学影像数据转换为.jpg格式，以便于进一步的图像分割处理。文中详细解释了转换流程，并提供了完整的Python代码实现。

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医学影像数据格式转换（.mha转.jpg）

医学影像数据格式转换（.mha转.jpg）

1. BRAST2015数据集介绍

在这里插入图片描述
BRAST2015的数据集格式如上图所示，由5个.mha文件构成。其中Flair,T2,T1c,T2为四种模态（理解为四种提取特征的方式），OT为GroundTruth也就是掩码（0，1，2，3，4五种标签）。

2. 格式转换

在进行图像分割的过程中，数据集最基本的格式为图片＋掩码（图片作为数据，掩码作为真值）。故在处理医学影像时需要将.mha文件转换为.jpg文件。针对该数据集直接附代码。

#数据处理部分，将mah格式转化为jpg和mask_jpg


import SimpleITK as sitk
from SimpleITK.SimpleITK import Image


from tqdm import tqdm
from PIL import Image
import numpy as np
import cv2
import os
import matplotlib.pyplot as plt
import glob


def mha2jpg(mhaPath,outFolder,out_Mask):
    
    mha_names = os.listdir(mhaPath)
    for file_name in tqdm(mha_names):
        img_names = os.listdir(mhaPath + file_name)
        for img_name in img_names:
            image = sitk.ReadImage(mhaPath + file_name + '/' + img_name)

            img_data = sitk.GetArrayFromImage(image)
            #测试图片形状以及像素极值
            #print(img_data.shape, img_name, np.max(img_data), np.min(img_data))
            name = img_name.split('.O.'

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