Linux下载ADMIXTURE

在学习GWAS，求Q矩阵。试了一下STRUCTURE，报错一直没解决，不知道为啥。（Windows的没试，用的Linux虚拟机）

所以换ADMIXTURE试试看先。

ADMIXTURE

功能: ADMIXTURE 类似于 STRUCTURE，但具有更快的计算速度，适合大规模数据集。

特点: 它使用最大似然估计方法来估计群体归属和个体的混合比例。

适用范围: 适合处理大规模 SNP 数据，计算效率高。

官网：ADMIXTURE

1.下载

进入官网，选择合适的版本进行下载

如果你是Mac就下载下面的，好像没有Windows版本的。

（2）解压

建一个新的文件夹，把下载下来的安装包拖到新的文件夹中进行解压

tar -zxvf admixture_linux-1.3.0.tar.gz 

解压完了会有这些文件

（3）添加环境变量

sudo vim ~/.bashrc
export PATH=$PATH:/home/cb2/admixture/dist/admixture_linux-1.3.0
source ~/.bashrc

这里vim编辑器的使用不介绍了，把：后面的改成自己的路径即可，不知道的话就pwd一下

后面是重新加载一下文件

（4）检查是否安装成功

安装成功的话会有以下提醒

2.输入文件格式

最好看一下这个pdf文件

数据如果是plink的bed文件，那还要包含bim和fam文件

数据如果是plink的ped文件，那还要包含map文件

3.K值

K值根据实际情况进行设置，通过比较得到最佳K值，admixture使用交叉验证确定K值

for K in {1..10}; do     ./admixture --cv=10 1G_new.bed $K | tee log${K}.out; done

把这里的1G_new.bed换成你自己的文件名就可以了

跑这个程序需要一点时间的，耐心等待一下就好

程序跑完会生成很多新的文件，每个K值都会生成两个文件，.P和.Q

.P：储存推断的祖先种群的等位基因频率

.Q：每个样本中各个祖先种群所占的百分比

然后我们选择CV值最低的K值为我们的分群数目

grep -h CV log*.out