lammps应用于能源材料

1.能源材料

  • 锂离子二次电池,关键材料技术:阴极材料(LiCoO2等)、阳极材料(石墨、焦炭等)、集流体(Al、Cu等)、电解液(Li盐有机溶剂)、隔膜(PE、PP复合物)
  • 氢经济循环相关技术、关键材料技术:光电转化技术、氢燃料电池电极隔膜电解质材料、氢气存储材料、氢催化材料

1.锂硫电池

  • 锂离子电池基本组成部分如下:1.阳极  2.隔膜  3.阴极  4.有机电解液  5.电池外壳
  • 锂离子电池原理
        锂离子正极:放电时从外电路获得电子的电极(阴极),发生还原反应,是电位高的电极
        锂离子负极:放电时从外电路输送电子的电极(阳极),发生氧化反应,是电位低的电极
  • 锂离子电池发展趋势:高比容量
    [1] Bruce, Peter G., et al. “Li–O2 and Li–S batteries with high energy storage.” Nature materials 11.1 (2012): 19-29.
  • 锂硫电池优点:1.高比容量(1675 mAh/g)  2.高能量密度(2600 Wh/L)  3.低成本  4.环境友好
    [2] Manthiram, Arumugam, Yongzhu Fu, and Yu-Sheng Su. “Challenges and prospects of lithium–sulfur batteries.” Accounts of chemical research 46.5 (2013): 1125-1134.
  • 锂硫电池缺点:1.电导率低(5×10-28 S/m),放电效率低  2.多硫离子溶于电解液,循环性能差  3.体积膨胀大,循环寿命短
    [3] Evers, Scott, and Linda F. Nazar. “New approaches for high energy density lithium–sulfur battery cathodes.” Accounts of chemical research 46.5 (2013): 1135-1143.
    [4] Cuisinier, Marine, et al. “Sulfur speciation in Li–S batteries determined by operando X-ray absorption spectroscopy.” The Journal of Physical Chemistry Letters 4.19 (2013): 3227-3232.
  • 电极材料的膨胀问题:锂电池经过高温存储和循环,容易发生鼓胀,厚度增长率约6% ~ 20%,其中正极膨胀率仅为4%,负极膨胀率在20%以上。此问题在锂离子电池和其他充电式电池中特别常见
  • 带来的安全隐患:1.由于电极材料膨胀可能导致电池部件的物理损坏
                    2.体积膨胀可能导致正极和负极之间的物理接触,引发电池短路
                    3.可能导致电极材料的失效,降低了电池的容量和循环寿命

2.储氢材料

  • 氢能凭借零污染、能量高、用途广泛等优点,被视为未来终极绿色能源
  • 氢气储存与运输:高压钢瓶:密度高、压力大、有安全隐患
                    多孔吸附:比重低,吸附弱
                    氢化合物:比重高,吸附强,难释放
  • 为了满足氢能源的方便利用,美国能源部(DOE)对储氢材料的质量和体积密度以及吸附强度提出了具体要求:
        质量密度:6.5 wt%,体积密度:50 g/L,释氢温度:-40 ~ 80 ℃

3.径向分布函数

  • 径向分布函数(RDF):距离 r (在区域 dr 中)的原子密度与总密度之比,即原子的相对密度随半径变化的函数 g ( r ) = ρ ( r ) / ρ = ⟨ N ( r ± Δ r 2 ) ⟩ Ω ( r ± Δ r 2 ) ⋅ 1 ρ g(r)=\rho(r)/\rho=\frac{\left \langle N(r\pm \frac{\Delta r}{2}) \right \rangle }{\Omega (r\pm\frac{\Delta r}{2})}\cdot \frac{1}{\rho} g(r)=ρ(r)/ρ=Ω(r±2Δr)N(r±2Δr)ρ1
        其中, ⟨ N ( r ± Δ r 2 ) ⟩ \left \langle N(r\pm \frac{\Delta r}{2}) \right \rangle N(r±2Δr) r ± Δ 2 r\pm \frac{\Delta}{2} r±2Δ 区间内的原子数, Ω ( r ± Δ r 2 ) \Omega (r\pm\frac{\Delta r}{2}) Ω(r±2Δr) d r dr dr 区间的体积
  • 该物理量可以用来表征原子的局部结构有序度,可以标识有序-无序相的变化,提供了材料在给定半径 r 处的局域原子密度信息
  • 如何定义结构描述量:将 RDF 根据粒子和时间步平均,用于描述每个原子与其他原子的距离
  • 固态结构:近邻原子出现在特征距离处
    液态结构:近邻原子出现在特征距离附近(平缓连续变化)
    气态结构:随机出现,不具有长程和短程的有序性

4.MD与能源材料

  • 分子动力学:通过模拟原子、分子等粒子在其相互作用力下的运动过程,探索材料结构与动力学性质,可广泛应用于能源材料的原子尺度相互作用机制,包括结合能规律、变形机制、热输运规律、偏析相形成等与能源材料密切相关的行为
  • 在能源材料研究中应用
    1. 材料相的形成及性能预测:如相转变、力学强度、热导率、体积膨胀等
    2. 界面和表面研究:如太阳能电池、储能设备和电化学电池
    3. 离子传输和扩散:如锂离子电池、燃料电池和电解质材料
    4. 储氢材料研究:可模拟氢气在储氢材料中的吸附、扩散和释放过程

2.lammps计算锂硫电池的膨胀率

  • S 电极随 Li 嵌入而产生的体积膨胀比例
  • 建立模型:选取 α-S 体相结构,通过 Materials Studio 搜索并导入对称性,产生 128 个 S 原子的晶胞
    http://www.catalysthub.net/materials.php?id=1809573
  • 模拟思路:1.随机产生一定数目的 Li 原子坐标填入 S 结构体系中,作为 LixS128 初始结构
              2.Li 嵌入后 S 变成无定形相,通过升温熔化+快速退火构建无定形结构
              3.在NPT系综和标准大气压下统计室温的 LixS 无定形相体积,与 Li 嵌入前体积对比计算膨胀率
  • 势函数来源:Reaxff反应力场势函数
    [5] Islam, Md Mahbubul, et al. “ReaxFF molecular dynamics simulations on lithiated sulfur cathode materials.” Physical Chemistry Chemical Physics 17.5 (2015): 3383-3393.
  • LiS 的 Reaxff 势函数文件包含库伦项,需要注明电荷,因此模拟中将所有原子电荷设置 0
  • lammps 代码
    units   real
    boundary   p p p
    atom_style   charge
    
    read_data   SLi2.dat                      # 读取数据文件
    
    pair_style   reax/c NULL checkqeq no                     # 定义势函数和参数
    pair_coeff   * * ffield.reax.LiS S Li
    
    # fix 1 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 reax/c
    neighbor   3.0 bin
    min_style   cg
    minimize   1e-4 1e-6 100 1000
    
    # 室温下弛豫
    velocity   all create 300 46891
    thermo   1000
    thermo_style   custom step temp press density vol
    compute   myRDF all rdf 50 1 1 1 2 2 1 2 2                          # 计算 RDF
    fix   2 all ave/time 100 10 10000 c_myRDF[*] file initial.rdf mode vector                                # 按照指定步数对RDF采样做统计平均
    fix   3 all nvt temp 300 300 10
    run   10000
    unfix   2
    unfix   3
    
    # 缓慢加热
    fix   4 all npt temp 300.0 1800.0 100 iso 1.0 1.0 1000 drag 1.0
    run   50000
    unfix   4
    
    # 保持熔化温度
    fix   5 all npt temp 1800.0 1800.0 100 iso 1.0 1.0 1000 drag 1.0
    fix   6 all ave 100 10 5000 c_myRDF[*] file melted.rdf mode vector
    run   5000
    unfix   5
    unfix   6
    
    # 快速淬火
    fix   7 all npt temp 1800.0 300.0 1 iso 1.0 1.0 1000 drag 0.1
    thermo   10
    run   100
    unfix   7
    
    # 室温下稳定非晶态 LixS
    fix   8 all ave/time 100 10 5000 c_myRDF[*] file amorphous.rdf mode vector
    fix   9 all npt temp 300 300 100 iso 1.0 1.0 1000 drag 1.0
    thermo   1000
    run   5000 
    
  • 结果处理:分别模拟 LixS (x=0 0.25 0.5 1和2时)体系对应的体积,与文献作对比
    [6] Islam, Md Mahbubul, et al. “ReaxFF molecular dynamics simulations on lithiated sulfur cathode materials.” Physical Chemistry Chemical Physics 17.5 (2015): 3383-3393.

3.lammps模拟金属Mg储氢

  • 探究 Mg 的储氢机制,探究不同温度对 Mg 储氢性能的影响
  • 建立模型:1.使用Materials studio构建 Mg 的(100)平面结构,作为吸附基底:切取(100)面,厚度为2倍晶格,建立16×8超胞,构建包含512个 Mg 原子的平面结构
              2.手动构建 H2 分子模型,并产生一定数量分子,复制、移动、旋转产生251个分子结构,将生成的分子copy到构建好的 Mg 平面上,调整二者距离约为 6 Å
              3.导出原子结构,并修改格式为标准lammps结构文件
  • 势函数来源:基于EAM势
    Smirnova, D. E., S. V. Starikov, and A. M. Vlasova. “New interatomic potential for simulation of pure magnesium and magnesium hydrides.” Computational Materials Science 154 (2018): 295-302.
  • lammps 代码
    units   metal
    dimension   3
    atom_style   atomic
    boundary   p p p
    read_data   MgH.data
    neighbor   0.5 bin
    neigh_modify   every 1 delay 0 check yes
    
    # 定义原子组
    region   Mg block INF INF INF INF -0.01 5 units box
    group   Mg region Mg
    # 固定底层金属表面
    velocity   Mg set 0 0 0                      # 设置组内原子速度和受力
    fix   01 Mg setforce 0 0 0
    region   H2 block INF INF INF INF 6 INF units box
    group   H2 region H2
    
    mass   1 24.3050
    mass   2 1
    pair_style   adp                                   # 使用 Mishin 的角相关电位 (ADP),是 EAM 势的推广
    pair_coeff   * * Mg_H.adp.alloy.txt Mg H
    
    # 动态统计不同区域内的原子数,探究各种氢吸附种类
    region   1H block INF INF INF INF 9 INF units box
    group   mobile1 dynamic all region 1H every 100
    variable   number1 equal count(mobile1)                    # 定义box z方向大于9的原子,统计未吸附的H分子数
    
    region   2H block INF INF INF INF 5 9 units box
    group   mobile2 dynamic all region 2H every 100
    variable   number2 equal count(mobile2)                    # 定义box z方向大于5小于9的原子,统计吸附表面的H原子数
    
    region   3H block INF INF INF INF -0.001 5 units box
    group   mobile3 dynamic all region 3H every 100
    variable   number3 equal count(mobile3)                    # 定义box z方向小于5的原子,统计化学吸附的H原子数
    
    # compute   1 Mg temp
    compute   2 H2 temp
    timestep   0.001
    
    variable   N equal step 
    variable   P equal pe
    variable   T equal TEMP                             # 定义温度,方便替换为各温度下的模拟
    thermo   1000
    thermo_style   custom step temp pe etotal press vol c_2                    # 设置输出信息
     
    min_style   cg
    minimize   1e-5 1e-5 10000 10000
    run   0
     
    velocity   H2 create ${T} 56466
    dump   1 all atom 100 dump.xyz
    fix   1 H2 nvt temp ${T} ${T} 0.1
    thermo_modify   lost ignore
    fix   extra all print 100 "${N} ${P} ${number1} ${number2} ${number3}" file energy.txt
    run   200000  
    
  • 模拟结果:H 分子自发吸附解离,并向 Mg 内部迁移
  • 删除表面吸附 H,定义平均 Mg 层单个 H 原子的平均吸附能 E a = E t o t a l − E M g − n E H 2 2 n = − 1.3 e V E_{a}=\frac{E_{total}-E_{Mg}-nE_{H2}}{2n}=-1.3 eV Ea=2nEtotalEMgnEH2=1.3eV
        表明 H 解离进入 Mg 晶格是强放热过程,对应化学吸附机制
### 使用LAMMPS进行分子吸附模拟 #### 创建输入文件 为了执行分子吸附模拟,创建合适的输入文件至关重要。这些文件定义了系统的初始条件、边界条件以及所应用的力场参数。 对于甲烷和水分子在特定表面的吸附情况,可以参考如下简化版输入脚本: ```bash units real atom_style full boundary p p s # 周期性边界条件设置为p(周期),s(非周期) read_data data.surface # 读取预构建好的固体表面数据文件 region box block -20 20 -20 20 -10 5 units box create_box 2 region box mass * 1.008 # 设置氢的质量;*表示所有类型的原子都适用此质量值 pair_style lj/cut 10.0 # 定义截断距离为10 Å 的Lennard-Jones势能形式 pair_coeff * * 0.179 3.405 # 设定相互作用系数ε=0.179 kJ/mol 和 σ=3.405 Å 对于所有的原子间交互 neighbor 2.0 bin # 邻居列表更新策略 neigh_modify delay 0 every 1 check no timestep 1.0 # 时间步长设为1 fs thermo 10 # 每隔10个时间步骤打印一次热力学信息 dump dumpall atom/all custom 100 traj.lammpstrj id type xs ys zs vx vy vz fx fy fz minimize 1e-6 1e-9 1000 10000 # 能量最小化过程控制收敛标准与最大迭代次数 velocity all create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian # 给予体系温度并初始化速度分布 fix nvt all nvt temp 300.0 300.0 0.1 # 控制恒温浴NVT系综下的温度波动范围及弛豫因子 run 1000 # 运行总时间为1 ps (即1000fs) unfix nvt # 取消固定命令以便后续操作 write_dump all custom final.dump id type x y z # 将最终状态保存至final.dump 文件中 ``` 上述配置适用于简单的液体或气体环境中的分子动态行为分析,在实际科研项目里可能还需要更复杂的设定,比如引入外部电场影响或是考虑多相界面效应等问题[^1]。 #### 数据准备阶段 针对具体的吸附实验设计,通常先要准备好描述目标物质特性的`.data`文件。这可以通过图形工具如MSI Discovery Studio Visualizer建立分子结构模型后导出,也可以利用专门转换程序msi2lmp.exe将其他格式转化为适合LAMMPS解析的形式。 #### 后处理与可视化 完成仿真计算之后,往往需要借助第三方软件来进行轨迹动画制作或者统计物理性质变化趋势图等工作。MATLAB提供了强大的数值运算能力和绘图功能,能够很好地满足这类需求[^2]。
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