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在进行分子动力学模拟的时候，往往需要对于我们关心的热力学、动力学量以及体系结构信息等进行统计。主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力)......

建模篇：分子动力学模型快速构建关注更多精彩！†LAMMPS小技巧》：​主要介绍采用分子动力学（Lammps★††LAMMPS实例教程—In文件详解》：​主要介绍采用分子动力学（Lammps）模拟相关物理过程模拟。★★★†††Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：​主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力。★★★★★††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：​★★★★。

分子动力学基本分析-数密度二维云图及一维分布计算

Matlab处理聚合物质心

拉伸过程的孔隙体积识别

AutoFF+moltemplate快速建模

我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的。根据手册执行命令，这里不再赘述 （注意，测试的data文件为。

孔径分布

孔体积识别

冯米塞斯应力（von Mises stress）云图MATLAB实现

气液固三相线识别

巧用Ovito-液滴接触角曲线识别

液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图

根据选取的原子选择删除范围；附近的原子并且目标原子距离质心。、提取需要删除的原子数据；、随机选取几个原子；

每一帧都对应体系的一个温度状态。也就是每一帧都会存在一个热导率。例如：文献中 Thermal conductivity of glass fiber-reinforced silica aerogels using molecular dynamics simulations，给出的例子。那么如何计算这个随时间变化的热导率呢？...

相比于经典的动力学，即体系一开始模拟需要指定键、角等信息，这样实现化学反应的模拟。反应力场引入了键级的概念，去描述键的断裂和生成。Lammps中也提供了相关的命令输出指定时间内的反应产物，（fix reaxff/species ）那么如何有效的统计反应过程中，产物的变化呢？...

在拍摄电竞的时候，我们通常会对图片进行处理，比如，测量距离等等。那么如何根据现有图片结果，快速测量呢？

matlab处理实验测量接触角

速度⾃关联函数是一个描述系统在某⼀时刻的速度（3N个分量量；N是粒⼦子数）与另一时刻的速度的关联程度的函数。这个函数的自变量是关联时间（correlation time。速度自关联函数可以构成一个张量，但一般只考虑三个方向（对各向同的性系统还可以对三个⽅方向作平均，从⽽而得到一个标量）.........

Matlab实现溶液中球颗粒附近原子识别及颗粒质心运动轨迹

热力学性质的不均匀性导致的热力学过程叫做输运过程，相应的现象叫做输运现象。由于粒子数密度的不均匀性导致粒子的输运（扩散现象）.由于粒子数密度的不均匀性导致粒子的输运（扩散现象）.均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散。均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散。那么如何根据轨迹文件计算MSD呢？那么如何根据轨迹文件计算MSD呢？

我们在分析物理过程，如气体冷凝过程、粉尘降尘等，最重要的一点是如何分析识别团簇。例如，冷凝过程，有几个液滴呢？

任意结构不同粗糙度的表面制作—MATLAB一、根据现有data文件制作不同粗糙度表面1.同样的这里我们需要选择函数作为手动1. 同样的这里我们需要选择函数作为手动1.同样的这里我们需要选择函数作为手动 “工具”\color{red}“工具”“工具”；具体的方法参考拓展阅读内容：2. 这里我们采用一个大的非晶无定形二氧化硅材料作为我们的输入data，也就是素材二、根据不同粗糙度的函数设置参数三、根据不同粗糙度的函数设置参数一、根据现有data文件制作不同粗糙度表面1.同样的这里我们需要选择函数作为手动.

我们通常在计算时，模拟体系内往往会出现，明显的两相，如固-液两相，气-液两相等等。当然，在分子尺度也很难定义什么是固体、什么是液体。例如无定型态，这在分子尺度是固态还是液态呢？当然，这个不是我们讨论的重点，我们的问题是怎么区分这些原子呢？即什么原子属于固体、液态原子？什么原子属于气态？这个方法只适用于两相区分明显的体系，如气液。

这是根据实验拍摄得到的一组连续时间的照片，我们通过。例如把这些图片处理为视频。

弯曲石墨烯Matlab生成1、不同三角函数下的弯曲石墨烯2、读取石墨烯data文件（这里石墨烯请用VMD生成）3、不同三角函数下的弯曲石墨烯脚本4. 全部代码1、不同三角函数下的弯曲石墨烯2、读取石墨烯data文件（这里石墨烯请用VMD生成）%{ This code is to read data from lammps for modification like we get data from MS, however the struction of data is ver

Lammps纳米压痕接触面积计算

Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析一、团簇？Cluster？是什么？二、分子动力学也有聚类算法-Kmean？三、分子动力学轨迹中“噪音”如何处理？四、基于周期性边界的聚类分析（MD-kmean）分析五、基于MD的聚类分析（MD-kmean）中心点如何选取？一、团簇？Cluster？是什么？♠\spadesuit♠团簇，有很多自然现象会出现团簇行为，比如液滴的冷凝，晶体生长等等。♠\spadesuit♠♠\spadesuit♠那么在分子动力学中，整个动力学的运动.

液滴在仙人掌刺上自驱动的过程，如何准确识别固液界面的原子数进行判断？

Lammps 的 Delete_atoms 命令有问题 EXCUSE！？——— Matlab指定百分比删除原子

Matlab处理多层吸附问题

MATLAB 如何识别动态吸附？1. 物理过程-动态吸附2. 读取DUMP轨迹%-----------------------------------------------%% Author：lammps_materials@163.com %%-----------------------------------------------%% first we need to read dump filefile ="diffusion.dump";

如何采用Matlab生成任意函数的粗糙表面Step 1 选择函数例如：f(x,y)=cos(x)+sin(y)f(x,y) = cos(x)+sin(y)f(x,y)=cos(x)+sin(y)其他复杂情况：Step 2 全部代码%{This code is to make any roughness surface by certain function by Matlab;After data file is generated, the VMD is used t.

融化过程中RDF的变化weixin_50560116朋友，提出两个错误：（1）已经更新了PBC函数，（2）t1if 改为 if (复制错误)；

如何通过键序参数（Steinhardt bond orientational order parameters）识别晶体生长、成核、烧结、融化等问题呢。这里主要用到了compute orientorder/atom command 这个命令计算Step 1 理论背景这里我提供Youtube上的两个课程非常详细，可自行下载学习。(Please click here)提取码：ewt0Step 2 LAMMPS中如何计算输出#计算compute 1 all orientorde.

原子模型中如何定义孔隙呢，可以理解为给定一个点，最大的球能通过并且不和周围原子重叠。STEP 1 那么先建立一个多孔结构这是气体分布在多孔结构中（图片Ovito 生成），那么这个结构如何表征呢。STEP 2 这里我们介绍怎么用MATLAB生成合适的输入文件这里用到一个开源代码，具体文献可以参考：DOI 10.1021/la052651k这里我们只需要坐标，不需要其他的信息如键、角等，首先是读取data文件%{ This code is to read data from.

1、为什么要空间划分？LAMMPS怎么进行空间划分？在体系中的多个粒子，如果我们把体系划分为相同大小的格子，我们可以把体系的运动轨迹以方形盒子的形式展现。那么如果盒子足够小，比如： 1 ×\times× 1 ×\times× 1 A˚3\text{Å}^{3}A˚3。这样就可以用每一个盒子代表一个粒子的运动。相同的，如果盒子和模拟体系一样大，那么每一个盒子统计出来的物理量就是整体体系的物理量。因此，合理划分体系可以可视化空间孔隙、裂隙等。比如，气泡、裂隙识别《Lammps空间划分——识别三维裂隙》.

all_frame = size(atom_data,3); % 全部需要计算的帧bin_num = 100; % 将体系划分blockR = 3;%%----------------------------------------------%%%xl,yl,zl%%----------------------------------------------%%xl = x_bound(1,2)-x_bound(1,1);yl = y_bound(1,2)-y_b.

%------------------------------------------------% % this code is only for temperature%------------------------------------------------% all_frame = size(atom_data,3); % 全部需要计算的帧bin_num = 147; % 将体系划分blockKB = 8...

如何根据lattice准确create原子数，定制data文件为了使得初始模型更加稳定，不会出现重叠或者长程力无法计算（particle-particle-particle mesh）以及image flage 并行出错等问题。通常根据lattice，并设置region，采用create_atom命令创建原子（气、液体）。制作成下图模型：（粗粒化气体）但是我们发现无法准确的定义原子个数，比如准确create 3000个。如果采用随机放置，又会造成体系不稳定。如果采用另一个方法：1、先cr.