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LAMMPS小技巧

Lammps实现循环升温

AutoFF+moltemplate快速建模

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Ovtio不同版本下载

VMD旋转坐标

谈谈LAMMPS中的GCMC（巨正则蒙特卡洛）记录学习心得（2020.2.21）疫情期间，还是在家专心科研，养成好习惯，继续记录。Example ：fix ID group-ID gcmc N X M type seed T mu displace keyword valuesN：每N步进行一次MC操作，每次操作进行 X 次的交换和 M 次的移动和旋转；type： 原子type；See...

基于GPU的kokkos加速安装

在VMD学习过程中，记录下来自己的学习过程和心得，欢迎大神们多指导，欢迎交流！

我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的。根据手册执行命令，这里不再赘述 （注意，测试的data文件为。

LAMMPS可以利用反应力场来做计算，但因事第三方代码而发展缓慢，特别是力场不是特别丰富，下面的链接包含了目前最新的反应力场的力场信息，参考文章等。

Lammps中常用的势函数和晶体库资源收集

可以自动创建文献树，请点击

转载一个Chain Alignment Parameter （链取向参数）的计算code#This program is free software: you can redistribute it and/or modify# it under the terms of the GNU General Public License as published by# the Free Software Foundation, either version 3 of the License,

#Lattice custom example for ice-Ih crystal structure (all atom)variable alen equal 4.50600 variable blen equal 4.50600 variable b1 equal -2.2530000210 variable b2 equal 3.9023105058 variable clen equal 7.34600#not standard definition of gamma..

1. 结果图2. 代码units ljatom_style fullboundary p p flattice fcc 2.8region box block 0 138.6 0 340.2 0 300 units box create_box 3 boxregion substrate block INF INF INF INF INF 20 units box create_atoms 2 re

到周末了换个头像♡\heartsuit♡

LAMMPS软件的主要算法在大多数情况下，LAMMPS数值积分原子，分子或者宏观颗粒等粒子的牛顿运动方程。这些粒子通过短程或者长程（一般指库仑力）相互作用。为了计算效率，LAMMPS采用邻居列表的方法来追踪某个粒子周围对其产生相互作用的粒子。这些列表根据粒子靠近时的相互排斥的特点进行优化，从而保证系统的某处的局部密度不会过大。在多核并行计算时，LAMMPS采用基于空间分配技术将模拟区域分割为小的三维子区域，然后将每一个子区域分配给一个处理器进行计算。处理器之间通过MPI进行消息通信并且将跨越子区域边界的

漫谈自由能---未整理好请先不要看一、理论篇——自由能要算什么？配分函数的 BoltzmannBoltzmannBoltzmann 关系定义为 HelmholtzHelmholtzHelmholtz 自由能配分函数的 BoltzmannBoltzmannBoltzmann 关系定义为 GibbsGibbsGibbs 自由能对于 NVTNVTNVT 的配分函数QNVT=1N!h3N∬eH(r⃗,p⃗)kBTdNr⃗dNp⃗Q_{NVT}=\frac{1}{N!h^{3N}}\iint \frac{e^{H(

方法一：MS方法二：MS自定义切割晶胞的a和b值 a=8.5095656 b=4.913选中下图所示黄色所示的原子，并删除结果

分享一个氧化石墨烯的建模工具PLEASE CLICK HEREPython脚本SEE GITHUB

fix 3a Ar nvefix 2a cold1 nvt temp 275 275 0.1 fix 4 heat1 nvt temp 375 375 0.1 fix 3aa sd nvefix 3aaa sup nvevariable time equal stepvariable EL equal f_2avariable EH equal f_4fix 48121 all print 1000 "${time} ${EH} ${EL}" screen no file re

https://zhuanlan.zhihu.com/p/261636002

package require topotools 1.1mol top 0$water writepdb part1.pdb$water writepsf part1.psfmol top 1$silica writepdb part2.pdb$silica writepsf part2.psfmol delete allset midlist {}set mol [mol new part1.psf waitfor all]mol addfile part1.pdblappend

https://icme.hpc.msstate.edu/mediawiki/index.php/LAMMPS_tutorials.html

} else if (strcmp(style,"metal") == 0) { force->boltz = 8.617343e-5; force->hplanck = 4.135667403e-3; force->mvv2e = 1.0364269e-4; force->ftm2v = 1.0 / 1.0364269e-4; force->mv2d = 1.0 / 0.602214129; force->nktv2...

LAMMPS中的默认变量 step = timestep elapsed = timesteps since start of this run elaplong = timesteps since start of initial run in a series of runs dt = timestep size time = simulation time cpu = elapsed CPU time in seconds since start of

其实一直用的Mac，电脑太久了，要退役了。现在尝试在自己window上跑吧。提供一种在Ubuntu上安装的方法，供大家参考。Step 1下载winscp，然后把安装包传到虚拟机上。可能由于接口没有打开，有时候连接不上，更新一下。ifconfig 显示你的ip，很多情况是没有ssh，sudo apt-get install openssh-server，然后再打开 service ssh st...

label loopxvariable x loop 5 label loopy variable y loop 5 variable x equal $x variable y equal $yprint "-----------------------"print "now x is ${x}"print "now y is ${y}"print "----------------------

# Monte Carlo relaxation of perturbed 2d hex lattice# set these parameters# make sure neigh skin > 2*deltamovevariable iter loop 3000 # number of Monte Carlo movesvariable deltaperturb equal 0.2 # max size of initial perturbation per

LAMMPS实现指定时间内dumpvariable a loop 10label loopdump 1 all atom 100 file.$arun 10000undump 1next ajump in.lj loop

一个描述二氧化硅的两体势能BKSSi 2.4O -1.2pair_style buck/long/coul/long cut long 8 8 pair_coeff 1 1 0 0 0pair_coeff 1 2 18003.7572 4.87318 133.5381pair_coeff 2 2 1388.7730 2.760 175.0 ...