- 博客(364)
- 资源 (2)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 DNA-PAINT
例如，在 DNA 复制过程中，两条 strand 会解开，以各自为模板合成新的互补链。例如，某些蛋白质可能含有多个结构域，其中一个结构域负责与 DNA 结合，另一个结构域则具有酶活性，可对结合的 DNA 进行特定的修饰。综上所述，“complex” 用于描述两条链连起来的情况时，强调了它们之间通过特定的相互作用形成具有特定功能和结构稳定性的复合物，这种复合物在生物体内的各种生物学过程中发挥着重要作用。在 DNA 序列相关的语境中，“nt” 通常是 “nucleotide” 的缩写，中文意思是 “核苷酸”。
2025-03-25 22:09:43
331
原创 homebrew_学习
Homebrew是一款在 macOS（以及部分 Linux 发行版）上使用的包管理器，通过它可以方便地安装、卸载和管理软件包、开发工具以及系统依赖等。Homebrew 的核心理念是让用户能够轻松地获取到社区维护的各种开源软件，而不再需要到各个软件官网去下载、编译和安装。
2025-01-07 13:16:18
458
原创 latex_学习
latex 最大的好处在于它将格式和内容部分分离，其中格式部分主要由command组成，形如。而内容直接键入便可，学习Latex便是学习Latex中常见的command。
2025-01-06 16:57:06
345
原创 mac_截图
截图设置：选择其中的save to选项可以选择存储在什么地方，可以选择以preview方式呈现或者自动存储到特定区域。全屏幕截图后自动保存到剪切板。选区域截图后自动保存到剪切板。全屏幕截图后自动保存到桌面。选区域截图后自动保存到桌面。
2025-01-04 17:01:47
108
原创 terminal_学习
因为 oh-my-zsh 覆盖了原先的~/.zshrc的内容，即在 oh-my-zsh 安装时，它会将你的旧配置文件重命名为 ~/.zshrc.pre-oh-my-zsh 或类似的名字。给terminal做一下代理后下载oh my zsh，参考docker那一章节内容。并进行配置，将ZSH_THEME改为agnoster；发现有乱码，通过下载Powerline字体解决，打开偏好设置，将Pro的字体设置为。中，将其中内容覆盖到。打开terminal，
2024-12-30 16:37:28
227
原创 20241227_处理结果
FV3000效果优于LSM900；LSM900放大倍数更大64x；但存在伪影数据？位深只有8bit看起来噪点更多；适配preprocess脚本似乎差一点；FV3000放大倍数60x；
2024-12-27 17:50:44
278
原创 mac_录屏
贵的东西的唯一缺点就是贵，mark一下这款软件，等降价了或者出3了买，2是2018年出的，录音时长超过20min会给你添加noise（新虚拟设备可使用时间是20min）。，可以适当将Input volume提高，在播放视频的时候能看到input level电平提高了（若别人会听不到你的声音，可以通过聚合输入，将input也设置为聚合输入解决），将我们需要输出的内容添加勾选一下，如我要使用Airpods听视频，同时给BlackHole 2ch一个声源进行捕获声音，就将这两者勾上；，可以看见我们下载的。
2024-12-26 17:12:25
640
原创 mac启ssh服务用于快速文件传输
通过sharing - advanced - remote login来启动ssh；（中文版mac应该是 “系统设置 → 通用 → 共享”里打开“远程登录”来启动）以windows为例，启动cmd，直接使用scp传输文件。我们先把需要传输的文件达成一个压缩包，然后放在一个不含中文的目录中，如桌面下。当然如果只是要从 mac 下文件到主机还有更加 bug 的办法，用完后把Remote Login关闭；查看自己的用户名和ip，补充一下ssh连接知识，
2024-12-25 15:50:16
744
原创 20241218_segmentation
虽然训练数据集高达1 billion，但是缺少医学相关数据，且对色彩饱和度照片效果好，对信噪比较差的如生物成像效果差；彩色识别的区域数量明显上升，但是仍然有很多需要黑色的地方未识别出来。问题：红色图像信噪比很差很难分割出来；绿色图像背景信噪比较高；解决方案：增加阈值法；信噪比好的图片不做处理效果也很好；meta自带方式解决，
2024-12-18 20:17:19
356
原创 搭建个人主页/团队介绍页面
db = SQLAlchemy() # 创建一个 SQLAlchemy 对象实例；db 是整个应用的数据库对象，负责管理模型和数据库的交互（如建表、查询、插入等操作）# 定义项目模型class Project(db.Model): # 定义一个名为 Project 的数据库模型，这个类表示数据库中的一张表id = db.Column(db.Integer, primary_key=True) # 定义模型的 id 字段。
2024-12-15 23:03:58
890
原创 conda_学习
当我们使用别的操作系统（windows，linux桌面，mac）的时候直接安装navigator将conda的环境迁移便可。接下来创建新的虚拟环境：# 使用–name指定env的名字，其中env是环境，cp39是cpython=3.9，example是project name；使用install来安装新的环境：-c是指定从哪个channel进行安装，conda-forge是社区驱动的conda包仓库；需要注意的是windows的env直接移动到mac是不可行的，因为操作系统不一样。
2024-12-15 11:40:52
815
原创 EndNote学习和使用
默认情况下，新建后 Endnote 数据库包含两个文件，一个是后缀为「.enl」的 Endnote 文件，用于存放和编辑参考文献题录；另一个是文件夹，用于存放前面「.enl」文件里参考文献题录的原文等附件。在较新版本的 Endnote (比如说 X9)里，还提供了一个新的选项，勾选以后，可以在新建数据库的时候将「.enl」文件和文件夹合并成一个单独的文件，后缀名为「.enlp」。竟然会把论文也直接sync上去…看来以后sync只会sync reference了，不然这个enlp会有多big可以遇见，
2024-12-12 22:43:34
1367
原创 mac删除程序坞(Dock)中“无法打开的程序“
中直接删除程序后，还有有些文件残留在程序坞中，这可能是因为mac数据库中仍然有文件残留；试了一种比较快速定位的方法，残留文件往往是在。删除后能看到程序坞中的文件已经不见了，这个目录下，定位到这个目录，直接。
2024-12-11 19:17:43
592
原创 toefl reading_托福阅读
运用技巧，以下面这个句子为例，我们首先根据问题主干来寻找定位词，根据定位词选择技巧，我们在题干中寻找到实义动词，seagrasses, nutrient supply, ecosystem;，我们定位到最后一句，that修饰定语从句，从句直接忽略，找句子主干信息是recycling，re-词前缀表示再，回收之意，我们找到c选项和意思相符；pro的词前缀表示向前的，一般是比较好的，比如手机的pro就是比较好的，所以pro开头一般是一个正向的，积极的词语，我们再看看ABC中的错误，A中是用的虚拟比较级，错误；
2024-06-24 16:57:36
1300
1
原创 Fiji/ImageJ的使用
下载最新版本ImageJ（我的是ImageJ 2.14.0），导入lif文件，选择你需要处理的series；，参数默认生成hyperstack；这一步的作用是什么，为什么要生成hyperstacks？拖动slice参数和channel参数，挑选好你需要的slice number；选择两个channel，都使用。
2024-05-20 14:43:54
1001
原创 toefl vocabularies_托福词汇
introvert, intro是向内，所以introvert是内向的人，anticipate v. 预测；participate v. 参加；request 委婉的请求；require 客观的要求；be capable of 能够做某事。take after sb. 像。devise v. 设计发明想出。device n. 设备。
2024-05-15 09:52:11
405
原创 生物样品培养
将1mL溶液中吸出100uL加入到新的培养瓶中，吹打均匀，使得均匀铺满（由于这里是1mL中的100uL所以是1:10传代）；我们拿一新的1.5mL离心管，往其中注入1mL细胞培养基，从剩余900uL细胞溶液的15mL离心管中吸出200uL或者300uL？加入到1.5mL离心管中，吹打；我们将沉淀后的15mL离心管中的细胞沉淀物中加入1mL的细胞培养基，从中取了100uL进行了1:10传代；我们将2mL细胞培养液完全吸入15mL离心管中，在100g 22摄氏度 5min离心管中对称离心，使得细胞沉于底部；
2024-05-02 19:35:36
658
1
原创 DataModule, Module和Trainer测试代码
train文件中的代码往往分为dataset.pymodule.pytrainer.py。为了测试这三款文件中的代码，我们准备了以下TinyModule。在x.1中是不带core.py版本，在x.2中是带core.py版本。
2024-03-26 08:42:05
314
1
原创 Pytorch报错`RuntimeError: “nll_loss_forward_reduce_cuda_kernel_2d_index“ not implemented for ‘Float‘`
出现这个原因是因为我的代码中使用了BCE Loss，而BCE Loss函数输入的label标签类型应该是。
2024-03-19 12:50:00
597
原创 Pytorch报错RuntimeError: CUDA error: device-side assert triggered
有很多愿意会导致这个CUDA triggered的Error，我的问题是在于网络前半部分都是卷积层，在最后一层使用了全连接层，而在最后一层我的输出并没有和类别相匹配。例如，原先多分类我用的是十个类别，更改成二十二种类别后忘记改输出的类别了，将类别和输出channel相匹配便解决了。
2024-03-19 12:42:41
715
原创 Pytorch的DataLoader报错“TypeError: ‘NoneType‘ object cannot be interpreted as an integer“
记录一下这个Bug，这个Bug是由于你在自定义数据集Dataset的时候有些代码可能写错了。
2024-03-19 08:41:04
1168
原创 二维红外流程
选取光斑中最粉的点（即右下角最小的值-2.01），记录下右下角对应的值以及P1，P2，P3的值，也可以通过点选软件的STOP，参数会自动发送到下一个软件。选择合适的threshold点击calib，threshold的选择需要比Comb和Hole的最大值都要小（hole和comb对应的点不能是comb的c位），它的作用在于将低于threshold的峰值给去除，如果第二张图显示的点的数量过少，则适当减少comb的threshold；注意，这个信号在示波器上应该是一个正信号且唯一的仅有一个的正信号的。
2024-02-20 18:37:40
886
原创 电子电路快速入门
由于要搭建电路，需要学习一点电子电路知识。主要从需要使用到的电子器件讲起，包括绘制电路需要使用的软件；电源；电阻；二极管；接地等于接电源的负极；
2024-01-03 21:33:02
1779
原创 单片机快速入门
C语言最有特色的地方便在于可以直接使用指针访问内存，我们在C语言中经常使用的数组和字符串便是指针类型变量。一个简单的指针变量p如下定义，表示变量p就是一个指针变量，*p表示指向数字0，p表示它的值是内存的地址。int *p = 0;我们可以使用printf +%X大写十六进制查看指针p的值（即指针指向的地址），可以使用printf +%p&变量名查看变量在内存中的实际地址。案例如下，int main()// 1. 使用sizeof()输出变量类型和变量大小int i = 0;
2024-01-02 11:11:17
3240
原创 origin案例_绘制Spectrum，TRIR和曲线拟合
章节中绘制的表格，根据我们记录的波数，我们从表格中选取我们需要的波数，例如1651cm-1，1647cm-1（一般会选择7，8条），我们将这些波数对应行的数据复制到一个新表格b中的。首先，我们的IR采集数据格式，横轴表示衰减时间，纵轴表示波数，文件格式以.dat结尾，使用记事本和origin打开后如下所示，再将新表格b中的数据全选，绘制出来的图就是时间动力学衰减图（当然这并不是我们期望的动力学衰减），如下所示，我们一般会在做实验的时候就选取我们觉得合适的波数下的衰减动力学曲线，我们实现记录下这些波数。
2023-12-28 09:33:06
756
原创 LabVIEW快速入门
LabVIEW分为前面板和程序框图面板，快捷键都是在程序框图面板使用的。ctrl+b：去除多余的线条ctrl+u：快速整理所选区域的UI，并排列整齐ctrl+h：调出帮助面板，helpctrl+shift+n：调出导航面板，navigation按住ctrl点选连线输入端：剪刀将交叉的线变不交叉文件-属性：查看vi文件所在位置。
2023-12-27 16:14:43
4848
原创 word增加引用-endnote使用
我们将刚才添加的引用添加到需要的Group中，ctrl+c在Endnote中复制你需要添加的引用，打开word，在文章需要添加参考文献的位置ctrl+v粘贴，于是你的引用就被复制上去了。以THz为例，选择TOPIC为THz，年份选择近三年，Document Types选择Article，在所出现的文献中，选择被引用率较高的文章，我们搜索NC的Endnote格式，下载它的.style文件，，能够看到我们的style文件在下面的路径中显示，我们进入文件夹，将我们刚才下载的style文件拷贝进去，
2023-12-18 10:49:45
1264
原创 细胞培养——细胞传代
如果没有大量细胞完全脱离，则将细胞培养皿中的胰蛋白酶溶液全部倒掉后，再加入4mL细胞培养液，使用5mL枪管或者移液枪将培养液吸起来后用力击打瓶底三四次，在显微镜下观察，直到细胞全部悬浮后，取出1mL的细胞培养液分别封装到3-4个细胞培养皿中，再加入3mL的细胞培养液，使得每一个细胞培养皿中的总容量为4mL；消毒，将需要的试管和装有亲代细胞的细胞培养皿取出，放入超净台中，晃一晃细胞培养皿（把死细胞晃散），将亲代细胞中的细胞培养液全部倒掉。在超净台中，将1mL冷冻管内细胞移至细胞培养瓶中（
2023-12-13 09:52:23
234
原创 IELTS学习笔记_grammar_新东方
一般现在时还能表示永恒的事情，表示客观真理，科学道理之类的，如熟能生巧，太阳东升西落之类的。值得注意的是过去的将来在上下文中一定会有一般过去时，只有在有过去时的时候，才会有相对的过去将来（先有过去，才有过去将来）。当非谓语动词相当于修饰词，做定语，状语时候，可以用doing，to do和done作为非谓语动词，doing表示主动，to do表示目的，done表示被动。表因果的并列句，for表因为（because，as，since不一定表示两个句子的并列，而for一定是夹在两个句子间表示并列），so表所以，
2023-11-28 10:15:47
1044
原创 51单片机/STM32F103/STM32F407学习1_点亮LED灯
407有144个引脚，引脚供电大部分是5V，GPIO属于引脚，但并不是所有引脚都属于GPIO；查找每一个GPIO功能通过数据手册查找。
2023-11-21 14:05:58
735
原创 共焦显微镜使用
在粗调前提下，移动显微镜的Z轴观察物镜，直到物镜刚好碰到培养皿，油层会稍微绽开一点点，注意观察显微镜第四个部分的显微镜高度选项，将UI变为经典版本，在上面的光是选择该Seq中照射的光的强度和波长，在下面的光是该Seq中接受的波长范围，，点选SEQ，添加需要观察的窗口数量，一般为两个Seq，其中Seq1为绿光，Seq2为红光+明场图像，观察亮场图像，我们移动Z轴高低，配合粗调和细调来进行调节，直到亮场图像出现颗粒状，那可能是细胞的样子，刚好顶住后，我们将显微镜顶部盖上，进入软件，我们在。
2023-11-04 22:11:39
779
原创 蛋白质实验（G-actin 聚集到 F-actin）
如果有沉淀，则只取出上清液（大概溶液总体积的90%），转移到1.5mL离心管中，并标记为。如果有沉淀，则只取出上清液（大概溶液总体积的90%），转移到1.5mL离心管中，并标记为。取出装有1mg肌动蛋白G-actin的试管（-20摄氏度存储，为固体粉末状），将蛋白转移至1.5mL离心管中，使用100uL的。溶液，装入1.5mL离心管中（因为实验室的离心机只能放1.5mL离心管），将其和90(+18=）中取出30uL溶液放入1.5mL离心管中，标记为。中取出10uL放入1.5mL离心管中，标记为。
2023-11-03 14:49:24
764
2
原创 Matlab_学习
你的Apps文件就安装在该目录下，直接进入这个目录就可以看到你自己写的APPs文件，查看Apps方法一样，点击。查看你的Apps安装路径。
2023-10-12 19:12:54
1069
原创 MachineLearningWu_17/P78-P83_UsingBiasAndVarianceToDiagnose
我们通过控制训练集数量，以横轴为训练集数量，以纵轴为两个损失函数值，绘制图像，High bias是随着训练集增加，Jtrain会上升，而Jcv下降，并二者高于基准biasline，在实际中，我们往往会使用一个非常大的模型，这时候必然存在high variance的问题，此时我们通过调整L2正则化的权重来使得Jcv下降。我们需要有一个baseline基准，来进行判断，如当Jtrain和base的差值小于Jcv和train差值时候，则是high variance，等参），模型逐渐过拟合，我们的损失函数如下，
2023-08-30 10:41:46
134
原创 LinearAlgebraMIT_12_Graph
如果一个数据结构是图，则意味着其组成关联矩阵的向量组是线性相关的，如果数据结构是树则线性无关。通过对图的了解，我们可以类比物理中的电势和电流的关系，参见。矩阵将图的关系数学表达了出来，如下，对于任意图，我们需要知道，
2023-08-30 08:50:38
129
原创 LinearAlgebraMIT_11_MatrixSpace/Rank==1‘sMatrix/SmallWorldGraph
就类似向量空间一样，也存在着矩阵空间的定义。举个例子，例如所有的3x3的矩阵构成的矩阵空间M，它的纬度就是9，如[1, 0, …], [0, 1, …]。对于M中所有对称矩阵组成子空间N1，维度为6。M中所有上三角矩阵组成子空间N2，维度为6。M中所有对角矩阵组成子空间N3，维度为3。我们对于矩阵子空间，往往更在乎的是交∩，加+运算，而并不在意并∪运算，因为∩，+更有意义。例如对称矩阵N1和上三角矩阵N2的∩构成了对角矩阵N3，而对称矩阵N1和上三角矩阵N2的+构成了全部的空间M。
2023-08-30 07:57:15
141
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人