bam文件中所有 tags的解释

最新推荐文章于 2023-12-20 15:01:16 发布
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bam文件中所有 tags的解释
官方的解释文档
http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf
Tags 的详细解释
http://samtools.github.io/hts-specs/SAMtags.pdf

生信学习——sam和bam格式文件的shell小练习（附详细答案解读）
Dzfly
07-15 2289
题目目录准备练习文件1. 统计共多少条reads(pair-end reads这里算一条)参与了比对参考基因组2. 统计共有多少种比对的类型(即第二列数值有多少种)及其分布。3. 筛选出比对失败的reads，看看序列特征。4. 比对失败的reads区分成单端失败和双端失败情况，并且拿到序列ID5. 筛选出比对质量值大于30的情况（看第5列）6. 筛选出比对成功，但是并不是完全匹配的序列（看第6列）7. 筛选出inset size长度大于1250bp的 pair-end reads8. 统计参考基因组上面各条
10x单细胞转录组数据bam格式转为fastq格式
weixin_47890536的博客
04-19 2676
在下载NCBI等公共数据库中的单细胞测序数据，发现仅提供了处理后的bam文件时，可以用来将bam转为fastq文件进行重新分析，实现不同数据集上游分析的统一，比如参考基因组的一致等。
bam文件标签含义.pdf
11-25
bam文件标签含义.pdf
sam/bam 文件官方详细解释（包含所有tags）
weixin_44343226的博客
06-18 2291
看很多博客也没找到某一些tags的解释 Po 一下官方的解释文档 http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf Tags 的详细解释 http://samtools.github.io/hts-specs/SAMtags.pdf
sam/bam文件
人间飞羽
04-21 3124
sam/bam文件
mismatch位置（MD tag）- sam/bam格式解读进阶
weixin_33851177的博客
11-17 582
这算是第二讲了，前面一讲是：Edit Distance编辑距离（NM tag）- sam/bam格式解读进阶 MD是mismatch位置的字符串的表示形式，貌似在call SNP和indel的时候会用到。 当然我这里要说的只是利用它来计算mismatch的个数 MD = line.get_tag('MD') pat = "[0-9]+[ATGC]+" MD_list = re.fi...
sam/bam格式（NM tag）---- Edit Distance编辑距离
weixin_30568591的博客
05-24 690
转自：https://www.cnblogs.com/leezx/p/5978014.html sam格式很精炼，几乎包含了比对的所有信息，我们平常用到的信息很少，但特殊情况下，我们会用到一些较为生僻的信息，关于这些信息sam官方文档的介绍比较精简，直接看估计很难看懂。 今天要介绍的是如何通过bam文件统计比对的indel和mismatch信息 首先要介绍一个非常重要的概念--编辑距离...
bam文件如何转换为fastq
最新发布
03-08
另外，用户可能会遇到BAM文件中缺少原始序列信息的情况，这时候需要使用带有序列的BAM文件。如果用户不小心使用了经过处理的BAM文件（比如去除了序列），转换会失败，所以需要提醒用户检查BAM文件的内容。 此外，...
RNA-seq流程学习笔记（9）-使用RSeQC软件对生成的BAM文件进行质控
垚垚爸的博客
06-04 9538
参考文章： 用RSeQC对比对后的转录组数据进行质控 高通量测序质控及可视化工具包RSeQC RSeQC使用笔记 在A survey of best practices for RNA-seq data analysis里面，提到了人类基因组应该有70%~90%的比对率，并且多比对read（multi-mapping reads）数量要少。另外比对在外显子和所比对链（uniformity of read coverage on exons and the mapped strand）的覆盖度要保持一致。 R
htslib处理bam
10-09
此外，htslib还提供了一些函数来处理BAM文件中的标签（tags）。标签是一种存储附加信息的方式，可用于存储测序数据的更多细节，如测序质量、SNP等。htslib允许用户通过读取和写入标签来获取和修改这些附加信息。 ...
bam文件读取_SAM/BAM 格式文件内容解析
weixin_32968105的博客
01-12 1780
一、首先需要知道以下几个知识点：1.1-based coordinate systemA coordinate system where the rst base of a sequence is one. In this coordinatesystem, a region is specied by a closed interval. For example, the region betw...
bam 格式 | 测序比对文件探究（STAR 比对 + pysam 包操作）
生物信息学专栏(BioMooc)
10-08 2046
bam 保存的序列不一定和fastq中一致。正链则序列一致，负链是fq的反向互补序列。bam 的第二列Flag的意义怎么查？
对sam/bam文件进行操作
qq_39306047的博客
07-27 9673
对sam/bam文件进行操作 1、view -b：输出bam格式，用于后续分析 -h：默认输出sam文件不带表头，该参数设定后输出带表头信息 sam文件转换为bam文件 samtools view -bS -1 test.sam > test.bam 1 view 从bam/sam文件中提取/打印部分比对结果。默认为所有的区域 常见参数：-b 输出bam格式文件，-u 以未压缩的格式输出 -h 增加文件表格的说名, -t 依据当前序列的特点加头（序列输入需要经过samtools faidx 处理过）
关于MQ，你了解多少？（干货分享之二）
qq_36668144的博客
12-20 592
本文梳理笔者 MQ 知识，从消息中间件的基础知识讲起，在有了基础知识后，对市面上各主流的消息中间件进行详细的解析，包括 RabbitMQ、RocketMQ、Kafka、Pulsar，最后再横向对比这几款主流的消息中间件。本篇是系列文章第二篇。
sam/bam格式说明
热门推荐
xcaryyz的博客
02-05 2万+
在生物信息学中尤其是高通量测序数据分析中，大部分的操作都是在实现短片段序列与参考序列的比对（mapping），比如bowtie等，这就涉及到如何使用一个统一的格式来表示这种mapping结果呢，sam（Sequence Alignment/Map）格式就是来解决这个问题的。sam文件拥有头部描述和详细比对两部分，其中头部描述是以@开头，后面紧跟两个缩写字母表示相应的含义。         
生物结构变异分析软件meerkat 0.189使用笔记（二）
weixin_33918357的博客
03-08 455
一、 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat，运行了预处理一步，在相对应的bam文件目录下生成了大批文件，因此，当要用meerkat处理某个bam文件时，应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹，manual中也建议这样用。 预处理生成的文件包括： 黑名单文件.gz isinfo文件：包括插入大小信息 ...
bam/sam 数据格式的介绍 （二）
niuhuihui_fei的博客
06-12 5418
5.详解 举例： E00606:11:H2CC3CCXY:8:1101:7172:14195 77 * 0 0 * * 0 0 CTACGAGTCATTTAGCACCGGGTTCTCCACAAACTTGCGGTGCGTCTCCAGAGAGGGGCGGCACTCGTTCGGCCGCACCCCGGTCCAGTCACGAACGGCTCTCCACACCGGCCGGCCCCGGGGG
bam/sam 数据格式的介绍 （一）
niuhuihui_fei的博客
06-12 1万+
sam是带有比对信息的序列文件（即告诉你这个reads在染色体上的位置等），用于储存序列数据（SAM format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments. ）。 BAM is the compressed binary version of the Sequence Alignment/Map (SAM) format. 生物信息中的二进制文件主要是为了节约空间，计算机机可读。可以用samtools工具
samtools 学习记录
鱼子的博客
07-18 1711
SAMtools不仅仅用来call snp。从samtools的软件名就能看出，是对SAM格式文件进行操作的工作，比如讲sam转成bam格式，index，rmdup等等。samtools结合linux命令比如grep，awk和SAM格式描述的flag，tag，亦是非常非常非常强大，比如根据flag过滤duplicate的reads，根据XA tag过滤multiple hit的reads。本文
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