SRA-toolkit中prefetch获取数据保存地址如何改变？

最新推荐文章于 2024-10-20 12:30:15 发布
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分类专栏： NCBI 文章标签： NCBI sra-toolkit prefetch
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参考官网：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std

 

需要注意的是：

要建立一个空的文件夹，不然会提示你所指定的目录非空，从而改变不成功。

SRA Toolkit简单使用（prefetch和fastq-dump）
m0_65788436的博客
12-27 1302
01. 下载 SRA Toolkit ·ncbi/sra-tools 维基。
SRA Toolkit - prefetch
cs_mary的博客
10-28 1万+
SRA Toolkit: prefetchSRA Toolkit Documentation Back to List of the Tools Tool: prefetchUsage:prefetch [options] Frequently Used Options:General:-h | –help Displays ALL options, general usage, and
sra-tool 中的prefetch更改下载文件的保存路径
weixin_43399156的博客
03-26 9547
（一切皆是命令行操作）首先找到你安装sra-toolkit的路径，然后打开bin文件夹，在当前文件夹输入如下命令： ./vdb-config -i 接着查看官方的操作（点击转到官方链接）。可以用鼠标控制选项，然后按回车键确认，如果想要保存需要用tab键，最终还是要跳到最开始的对话框，鼠标点击到[6 save]，回车确定保存，然后[7 exit]退出，回到命令行。 ...
SRA文件的下载（prefetch）和解压SRA文件（fastq-dump）
yearstime的博客
03-24 3万+
sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的，SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据，包括SRA主页和 E
一个用prefetch下载数据的小问题
shengxinxiaobaibai的博客
11-08 1万+
2018.11.08 问题描述： 我们从数据库传输数据的时候，常常喜欢用prefetch来下载，prefetch是集成在sratoolkit包中的一个软件，但是手动安装，往往会有各种麻烦和报错，所以，我还是选用了conda来安装，使用conda之前，先创建一个python2的小环境： conda create -n python2 python=2.7 #创建python2小环境 source ...
批量获取已发布数据：sra-download与sra-toolkit的使用
4. **编写下载脚本**：编写一个shell脚本`sra-download.sh`，该脚本将调用sra-toolkit中的`prefetch`命令批量下载`SRaAccList.txt`文件中列出的所有SRA数据。脚本还将调用其他sra-toolkit工具对下载的数据进行处理。...
高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法
weixin_43399156的博客
03-20 8368
# linux 中进入 https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64.tar.gz #下载所需要的版本，我的是ubuntu version,版本实时更新，所以拷贝链接，变更版本号 # 将...
sra-toolkit怎么下载
01-04
echo 'export PATH=/usr/local/sratoolkit.<version>-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ``` 验证安装成功与否可以通过尝试运行预览帮助文档的方式来进行确认[^4]。 ```bash prefetch --help ```...
Linux服务器安装SRAToolkit教程
tRNA的博客
10-20 1293
sratoolkit安装
菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用
热门推荐
guguaihezi的博客
07-27 5万+
菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用 第一次写博客，必须mark一下：2018.07.27 sra toolkit是ncbi上将 .sra文件转换为 .fstaq.gz文件的工具。 1.下载/调用 SRA Toolkit 可以直接在linux里在线下载，要根据自己的系统选择合适的安装版本。我查看了一下主机的linux为redhat类型，没找到这个类型的版本，又去服务器看了...
SRAtoolkit使用
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01-12 9180
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NCBI-SRA数据下载
wangprince2017
11-25 2116
SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。 从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。 方法一：SRA　Tookit下载 SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件...
Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具
铭&婵旭博客
09-14 2万+
上次写了在linux环境下从ncbi下载sra文件，这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR 造成我在linux环境下不能使用aspera下载，只好在Windows下，下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具，打开ncbi，到这个界面根据系统下载你需要的sratoolkit，我是Windows 64位，于是就是下载倒数第二个。 2.下载
【RabbitMQ】消费端限流（Prefetch）
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07-03 5470
消息中间件有一个重要的功能是削峰填谷，在访问量高的时候，可以限制消费端消费消息的数量，当访问高峰期过去以后，消费端再慢慢消费队列中的消息。 在RabbitMQ中，要实现削峰填谷的功能，是通过消费端限流实现的。 在消费端中设置 prefetch=n ，表示一次从队列中获取 n 条消息。其余消息存放在队列中。 做个小实验： 当不设置 prefetch 时，生产者一次性向交换机中投递10条消息，消费者确认消息的方式设置为手动确认，在确认消息之前线程休眠5秒（因为管控台数据更新是5秒更新一次，这里设置为5秒比较方便
prefetch下载SRA 数据
qq_27390023的博客
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1. 数据库简单介绍 序列读取档案（SRA）存储来自“下一代”测序技术的原始序列数据，包括Illumina、454、IonTorrent、Complete Genomics、PacBio和Oxford纳米孔。除了原始序列数据外，SRA现在还以读取位置的形式在参考序列上存储对齐信息。 2. SRA Toolkits Frequently Used Tools: fastq-dump: Convert SRA data into fastq format prefetch: Allows comman
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05-04
# 压缩文件中包含： 中文-英文对照文档 jar包下载地址 Maven依赖 Gradle依赖 源代码下载地址 # 本文件关键字： jar中文-英文对照文档.zip,java,jar包,Maven,第三方jar包,组件,开源组件,第三方组件,Gradle,中文API文档,手册,开发手册,使用手册,参考手册 # 使用方法： 解压最外层zip，再解压其中的zip包，双击 【index.html】 文件，即可用浏览器打开、进行查看。 # 特殊说明： ·本文档为人性化翻译，精心制作，请放心使用。 ·只翻译了该翻译的内容，如：注释、说明、描述、用法讲解 等； ·不该翻译的内容保持原样，如：类名、方法名、包名、类型、关键字、代码 等。 # 温馨提示： （1）为了防止解压后路径太长导致浏览器无法打开，推荐在解压时选择“解压到当前文件夹”（放心，自带文件夹，文件不会散落一地）； （2）有时，一套Java组件会有多个jar，所以在下载前，请仔细阅读本篇描述，以确保这就是你需要的文件；
SQLite3的使用+API接口的调用
最新发布
05-04
SQLite3的使用+API接口的调用（c/c++、Qt）
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