流场可视化工程dlb-dynamicdr部署日志：阶段一：库安装部署

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已于 2022-03-01 09:48:25 修改 · 1k 阅读

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#linux #cmake #c++

于 2022-02-23 15:34:39 首次发布

本文详细记录了流场可视化工程的依赖库安装过程，包括CMake、MPI、NetCDF、HDF5、Boost、Protobuf、Zoltan、METIS和Parallel_NetCDF的部署。在安装过程中遇到的问题，如环境变量配置、库文件查找、编译错误等，都得到了逐步解决。通过对/etc/profile和.bashrc文件的修改，确保了环境变量的正确设置，使得各库能够被正确识别和使用。

2022-02-21

工程依赖库下载

Boost：
- Required：1.53.0 or later version
- Current：1.78.0
- Download Link：https://www.boost.org/users/download/
CMake：
- Required：2.8.12 or later version
- Current：3.23.0
- Download Link：https://cmake.org/download/
GCC/G++：
- Required：4.8.5
- Current：11.2.0
- Download Link：https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-11.2.0/
METIS：
- Required：5.1.0
- Current：5.1.0
- Download Link：http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download
ParMETIS：
- Required：4.0.3
- Current：4.0.3
- Download Link：http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download
MPI（MPICH）：
- Required：2.1.9 or later version
- Current：4.0
- Download Link：https://www.mpich.org/downloads/
MPI（OpenMPI）：
- Required：2.1.9 or later version
- Current：4.1.2
- Download Link：https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.1/
NetCDF：
- Required：4.4.0 or later version
- Current：4.8.1
- Download Link：https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/
- HDF5：
  - Current：1.12.0
  - Download Link：https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/source-code/
Parallel NetCDF：
- Required：1.6.0 or later version
- Current：1.12.2
- Download Link：http://cucis.ece.northwestern.edu/projects/PnetCDF/download.html
Zoltan：
- Required：3.83
- Current：3.83
- Download Link：https://github.com/sandialabs/Zoltan/releases
Protobuf：
- Required：2.6.1
- Current：3.19.4(cpp version)
- Download Link：https://github.com/protocolbuffers/protobuf/tags

2022-02-22

本地编译、部署：

CMake（3.23.0）
MPI（OpenMPI 4.1.2）
NetCDF（4.8.1）
- 依赖：HDF5

CMake部署

库源文件路径：/home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/CMake/cmake-3.22.2
安装路径（默认）：/usr/local

MPI部署

同上

NetCDF部署

同上，出现错误：需要hdf5依赖

2022-02-23

今天重新安装，将之前所有文件卸载，清除/usr/local文件夹下的所有安装过的文件

当前状况记录：

ctrtemp@ctrtemp-HP-Spectre-x360-Convertible-14-ea0xxx:/usr/local$ tree
.
├── bin
├── doc
├── etc
├── games
├── include
├── lib
├── sbin
├── share
└── src

可见全为空，之后我们开始我们的部署工作

CMake部署

在这里我们使用的版本号为：3.22.2

首先测试有没有删干净：

执行
$ cmake --version 
发现无该命令

进行安装，来到目标地址

cd /home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/CMake
$ tar -zxvf cmake-3.22.2.tar.gz 
$ mkdir installed // 用于承接之后的CMake安装文件
$ cd cmake-3.22.2/
$ mkdir build
$ cd build/
$ ../configure --prefix=/home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/CMake/installed
//指定安装目录，并等待几分钟
$ make 
//等待几分钟~十几分钟
$ make install
//等待几秒钟

之后进入安装目录进行查看

cd /home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/CMake/installed
$ tree
.
├── bin
├── doc
└── share
//这里省略了内部细节

之后对环境变量进行设置，从而让我们可以使用cmake命令

$ code /etc/profile
//这里我安装了VScode作为文本编辑器，当然你也可以使用Ubuntu自带的vim进行编辑

在最后几行加入

export CMake=/home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/CMake/installed

export PATH=$PATH:$CMake/bin

超级用户模式保存（sudo模式）后变量仍未生效，重启或注销用户重新登录后生效。
测试命令cmake，得到结果如下：

$ cmake --version
cmake version 3.22.2

CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake).

可见与我们安装的版本号相同，CMake安装成功。

观察

这里之前我一直有一个困惑，关于CMakeLists中的find_package()语句需要寻找的FindXXX.cmake是否是在程序安装的时候动态生成的，实则不然，在我没有安装MPI、HDF5等库文件时，发现在CMake目录下的Modules中就已经有了这些FindMPI.cmake、FindHDF5.cmake等文件。

之后在你安装其他库文件的时候可以尽量注意一下这个问题。

/home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/CMake/installed/share/cmake-3.22/Modules
//以上是Modules路径，里面存储着各种FindXXX.cmake的找包程序，可以写成如下形式
/你的CMake的安装路径(configure阶段prefix之后的值)/shared/cmake-(版本号)/Modules

MPI部署

在这里我们使用OpenMPI

版本号为：4.1.2

同样先进行测试，命令是否删除干净：

$ mpirun --version
Command 'mpirun' not found, but can be installed with:
......

命令不存在，可以开始我们的安装，安装步骤与之前的CMake基本一致，如下：

cd /home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/MPI/OpenMPI
$ tar -zxvf openmpi-4.1.2.tar.gz 
$ mkdir installed // 用于承接之后的CMake安装文件
$ cd openmpi-4.1.2/
$ mkdir build
$ cd build/
$ ../configure --prefix=/home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/MPI/OpenMPI/installed
//指定安装目录，并等待几分钟
$ make 
//等待几分钟~十几分钟
$ make install
//等待几秒钟

之后进入安装目录进行查看

cd /home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/MPI/OpenMPI/installed
$ tree
.
├── bin
├── etc
├── include
├── lib
└── share
//这里省略了内部细节

安装完毕后同样进行测试，流程与以上的CMake基本一致，需要修改/etc/profile文件：

$ code /etc/profile
//这里我安装了VScode作为文本编辑器，当然你也可以使用Ubuntu自带的vim进行编辑

在最后几行加入（这里与CMake略有不同的是需要为库文件和头文件添加路径）

export MPI=/home/ctrtemp/Downloads/Lib/CppLib/dlb-lib/MPI/OpenMPI/installed

export PATH=$PATH:$MPI/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI/lib
export CPATH=:$CPATH:$MPI/include
export CPLUS_INCLUDE_PATH=$CPLUS_INCLUDE_PATH:$MPI/include

同样注销账户后重新登录，使变量生效，进行对mpi的测试如下：

$ mpirun --version
mpirun (Open MPI) 4.1.2

Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/

进一步测试1

打开test工程（就是一个简单的用cmake编译的hello-world程序），测试CMake，在CMakeLists.txt中使用find_package()命令寻找MPI。已知的前提是在CMake自带的Module路径下有FindXXX.cmake文件。CMakeLists.txt文件如下：

cmake_minimum_required(VERSION 3.5 FATAL_ERROR)

project(PRJ_Name_Any LANGUAGES CXX)

add_executable(test_exe_name test.cpp)

find_package(MPI REQUIRED)

执行cmake直接报错信息如下：

//反正就是类似于以下的错误吧，具体报错跳过了，现在已经无法找到了
xxxx(missing CXX_FLAGS)xxxx
CMake Error at /usr/share/cmake-3.5/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake

进一步测试2

打开之前RayTracing相关的并行程序，进行实际工程测试：

$ mpirun -np 4 ./runable/MPI_Ligtht

报错如下：

./MPI_Lights: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
./MPI_Lights: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
./MPI_Lights: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
./MPI_Lights: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------

报错信息是缺少libmpi.so.40库文件，显然是没有检测到这个路径，已知的是在系统默认路径下的文件是一定可以被检测到的。

问题处理：阶段一

根据以上库缺少的问题，我们将这个文件（libmpi.so.40）copy到/usr/local/lib/目录下，看看是否可以实现相关功能。

$ sudo cp libmpi.so.40 /usr/local/lib/

再次执行以上命令后代码成功运行，未报错，说明是库没有被检测到，对其进行进一步修改。

问题处理：阶段二

检测并修改在/etc/profile中的书写方式之后发现无效。

进一步检测，输入env命令查看环境变量：

$ env
PATH=
/home/ctrtemp/Documents/cpp_code_Lib/cmake/cmake-3.21.0-linux-x86_64/bin/:
/home/ctrtemp/Documents/cpp_code_Lib/cmake/cmake-3.21.0-linux-x86_64/bin/:
/home/ctrtemp/.local/bin:/home/ctrtemp/Documents/cpp_code_Lib/cmake/cmake-3.21.0-linux-x86_64/bin:
/usr/local/sbin:
/usr/local/bin:
/usr/sbin:/usr/bin:
/sbin:/bin:
/usr/games:
/usr/local/games: