集群中安装MITgcm并编译测试

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前言

网上有很多这种安装MITgcm的文章，但是我为了装这个东西，还是看了好几篇，才完整装完，所以这里把整体的所有流程进行汇总。
希望能巩固今日上午所学。

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一、安装依赖

（1）安装MITgcm需要一些依赖，如果你在集群上安装，那么一般集群中已经包含了gcc还有mpi等框架，如果没包含，那么看我之前发的文章，可以安装这些初级依赖。
这里要讲的最主要的两个依赖是tcl和module，tcl同样是module的依赖包。
他们的安装路径主要是：
tcl
https://cfhcable.dl.sourceforge.net/project/tcl/Tcl/8.5.9/tcl8.5.9-src.tar.gz
module
http://modules.sourceforge.net/
随便安装版本就可以了，但是题主tcl的版本是8.6.11，module版本是5.2.0.欸嘿，520嘛。
（2）tcl安装过程
首先将压缩包放到你喜欢的位置，我把自己的压缩包放到了$HOME/Mpack的位置，也就是我在自己的客户端建了个文件夹叫Mpack把它用来当作我装包的地址。代码如下

unzip tcl8611-src.zip                 #解压包
cd tcl8.6.11/unix
#这里在Mpack中创建一个文件叫tcl，然后进行以下操作
./configure --prefix=$HOME/Mpack/tcl          #--prefix=安装目录    
make                                          #编译
make install                                  #安装

这样tcl就装好了。
（3）mudule安装过程
代码如下：

tar -zxvf modules-5.2.0.tar.gz
cd modules-5.2.0
./configure --prefix=$HOME/Mpack/modules --with-tcl-lib=$HOME/Mpack/tcl/lib \
                       --with-tcl-inc=$HOME/Mpack/tcl/include
make
make install

依次执行以上命令，modules就轻松装好了。接下来，为了给module建立软连接，需要给它配置环境。这里很贴心的是，module它自己带了临时环境配置文件，可以执行以下代码进入module的临时环境

source $HOME/Mpack/modules/init/profile.sh

上述代码适合集群中使用，而如果你拥有root权限的话，你可以直接在自己的电脑上配置环境，重启shel窗口，然后执行以下代码

vi $HOME/.bashrc

测试你的module是否安装成功的方法为

module avail

然后它会显示你目前可用的命令，
你的电脑会自动配置这些环境文件。我的大概是这个结果，

其实他后面还会给跟着好多可以用module load导入的包。

二、安装MITgcm

1.下载压缩包

大家可以在下面的连接，下载MITgcm压缩包，不过github有时候会连接不上，大家多连几次就好了，运气好很快就连上了，或者大家挂vpn也行，这样100%命中
https://github.com/MITgcm/MITgcm/archive/master.zip
如果想下载其他版本的MITgcm，可以在下面的镜像网站下载
http://mitgcm.org/download/other_checkpoints/
这里面可以下载所有版本的MITgcm压缩包，挑一个自己喜欢的下载吧！

下完后把这个压缩包放在$HOME/Mpack目录下

代码如下（示例）：

cd $HOME/Mpack/
unzip MITgcm-master.zip

这样就解压完了，然后就获得了MITgcm软件。

2.测试MITgcm

代码如下（示例）：

cd $HOME/Mpack/MITgcm-master/verification/exp2/build
../../../tools/genmake2 -mods=../code -mpi -of=$HOME/Mpack/lib/linux_amd64_gfortran
make depend 
make

先编译，这样会生成可执行文件mitgcmuv，它在build目录下

接下来在build的目录中执行如下命令

cd ../run   
cp ../input/* ./   /把Input文件的东西复制进run
*/
cp ../build/mitgcmuv ./  #把mitgcmuv复制进run
mpirun -np 4 ./mitgcmuv > output.txt  #输出测试结果到output

最后run里面的文件很多，大概这样

可以查看其中的output.txt，来查看结果

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总结

MITgcm的半完整安装过程就这些，为啥是半完整呢，因为前置文件gcc和mpirun的一些东西，我没有讲，这个主要是我之前已经装过了。如果想看，可以看我之前的文章^_.