袁家瑜的博客

怎么样可以让程序自动识别出吡啶氮的位置，然后找到相连的氢，自动把它删除呢？我针对这个任务的特点，剖析了每个实现步骤，尝试使用简单的数学方法结合for循环、if条件结构将步骤程序化。

在搬砖过程中，我经常要对大批量的含有空位的结构进行氢饱和处理。如果一个个打开结构，然后进行加氢，我估计要累死，对颈椎及其不友好。而且这种简单且没有技术含量的工作，我想可以用更科学的方式进行实现。

本文使用ASE测量下面团簇结构的碳碳键键长，用于验证结构优化方法是否合理。即该团簇结构中的碳碳键平均键长为：1.427652873317778埃。实验上测得的碳碳键键长为1.42埃。因此计算误差为：0.5%左右。

在理论计算中，如果我们有一个结构，需要求解两个原子之间的距离，可以使用一些可视化程序进行手动测量。但是对于周期性结构，还需要考虑周期性边界的影响，确定测量出来的是最短距离。在此分享使用ASE(Atomic Simulation Environment)灵活地测量两个位置距离且考虑结构周期性的方法。可以参考本人之前记录的博客：【ASE+python】实现将poscar格式文件批量转换为xsd格式文件使用ase.io中的read()函数，可以将结构信息读取为atoms object，结合ase.visuali

ASE的Visualization模块学习ase.visualize.view导入结构文件，调用view查看图形调用ase.build建立surface建立多层特定晶面的结构，并调用matplotlib绘制图形结构显示角度调整构建吸附结构上一篇文章中介绍了ASE转换文件格式的功能，接着我想研究一下ASE是否具有灵活构建吸附结构，无意中发现ASE的图形显示功能，且可以与matplotlib模块对接使用，非常方便，这对于绘制美观的二维结构图形非常重要。下面，我主要记录一下Visualization模块的常规功

将poscar格式文件批量转换为xsd格式文件ASE介绍ASE安装ASE的ase.io.read()与ase.io.write()ase.io.read()ase.io.write()单份poscar文件转换为xsd文件将多份poscar文件转换为xsd文件ASE介绍ASE全称为Atomic Simulation Environment，是一款基于python程序语言的工具包合集，可以用于设置、操作、运行、可视化和分析原子模拟。ASE可以与很多DFT程序进行对接（如，Abinit, CP2K, NWCh