袁家瑜的博客

实现从txt文件中提取某个电位对应的电流，然后再找这个电流的一半所对应的电位，将以上这些数据提取出来，存入csv文件中

在搬砖过程中，我经常要对大批量的含有空位的结构进行氢饱和处理。如果一个个打开结构，然后进行加氢，我估计要累死，对颈椎及其不友好。而且这种简单且没有技术含量的工作，我想可以用更科学的方式进行实现。

本文实现批量读取文件，并修改文件中某字符串，重新写入文件。

解决脚本运行过程中的报错：syntax error near unexpected token `$'do\r''

在科研过程中，有时需要计算大批量的同类结构，过程中涉及很多重复操作。因此借助一些工具将重复的任务智能化，是一个非常理智的选择。本文通过使用Multiwfn实现批量产生ORCA输入文件，提高科研效率。

Materials Studio在执行dmol3模块中结构优化任务时，任务结束后会产生一系列的输出文件，其中sdf文件中存储了结构优化后的结构总能量信息。我们在科研任务中可能需要执行很多结构优化任务，对这些任务结果进行批量处理非常重要，因此实现批量从sdf文件中提取出总能量信息非常重要。这能极大地提高我们处理数据的精度以及节省处理时间。【实现结果】首先我们来看一下sdf文件中的信息结构，例如以下文件：这份sdf文件里面我们只需要提取出这段信息的-3732.25912662。可以发现这个数值是在TOTA

从文件夹中根据文件后缀名提取文件，并存储到新的文件夹下面，我有这样一个大文件夹，大文件夹中有很多小的文件夹，小的文件夹中有很多文件。我需要的是小文件夹中有特定后缀名的文件，我想把它们都提取出来。主要用到os.walk()函数。例如，我需要将以下目录中的文件夹，提取每份文件夹中后缀名为outmol,car的文件，并存放在新的文件夹。详情见下：1.在“test_exps”文件夹下有很多子文件夹2.每一份文件夹中均有很多文件，我需要提取的是后缀名为outmol,car的文件3.将从子文件夹中提取的文

批量将文件夹名字中的空格替换为下划线在科研生活中，我们可能会得到一系列文件夹，它们的名字中均有空格。然而，在linux系统中，使用某个文件夹时，很难识别名字中的空格，从而导致报错。因此我们需要将空格转为下划线或者删除。最方便的方法当然是手动替换，但是当我们有几百份文件的时候咋办，手动替换会让我们产生对科研的热情与怀疑，难道我们要白白浪费时间在这种重复简单无聊的事情上吗？当然要去想，有没有更有效的方法？有的，使用python写一段命令即可。举个例子：我需要将文件夹“test_exps”内的各文件夹的名字

将poscar格式文件批量转换为xsd格式文件ASE介绍ASE安装ASE的ase.io.read()与ase.io.write()ase.io.read()ase.io.write()单份poscar文件转换为xsd文件将多份poscar文件转换为xsd文件ASE介绍ASE全称为Atomic Simulation Environment，是一款基于python程序语言的工具包合集，可以用于设置、操作、运行、可视化和分析原子模拟。ASE可以与很多DFT程序进行对接（如，Abinit, CP2K, NWCh

实现一键打开多组软件的脚本所用命令获取软件运行路径建立一个空的记事本进行记录同时打开多个软件最近科研艰难，需要学习一些简单又有趣的小知识减压一下。在上个月的一次培训课上，听到老师频繁提到脚本这两个词，并且向我们强调写脚本可以极大地提高工作效率。想到自己有一点python,linux基础，学起来应该容易上手。因此这里以"实现一键打开电脑的多个软件"为例，开启我的脚本学习之路。所用命令切换到指定目录位置的命令：cd /d +路径运行程序：start +程序名称+文件扩展名获取软件运行路径以软件Xsh