Materials Studio
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electrochemjy
华南理工大学化工博士生在读
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【python学习】批量读取Materials Studio的sdf文件，从文件中提取特定信息并按列存储在CSV文件
Materials Studio在执行dmol3模块中结构优化任务时，任务结束后会产生一系列的输出文件，其中sdf文件中存储了结构优化后的结构总能量信息。我们在科研任务中可能需要执行很多结构优化任务，对这些任务结果进行批量处理非常重要，因此实现批量从sdf文件中提取出总能量信息非常重要。这能极大地提高我们处理数据的精度以及节省处理时间。【实现结果】首先我们来看一下sdf文件中的信息结构，例如以下文件：这份sdf文件里面我们只需要提取出这段信息的-3732.25912662。可以发现这个数值是在TOTA原创 2022-06-01 19:49:29 · 2375 阅读 · 1 评论 -
【Materials Studio】MS在linux服务器上的并行运算脚本
MS在linux服务器上的并行运算脚本MS使用超算的方式windows端linux命令端MS在linux上计算脚本-单份任务如何查看是否进行并行计算MS在linux上计算脚本-批量任务MS使用超算的方式windows端近期科研需要购买了超算资源，Materials Studio是生化环材天坑专业进行理论计算用到的软件。由于需要使用较为复杂的算法求解薛定谔方程，因此常常需要借助超算资源才能算得东。MS使用超算有两种方式，一种是通过windows版本的gateway将任务提交到超算平台，计算结束后会自动返原创 2022-05-26 21:45:44 · 14021 阅读 · 7 评论 -
【Materials Studio学习八】Fe–N–C的FeN4位点构建
Fe–N–C的FeN4位点构建文献结构图单层石墨结构构建(石墨烯)手动形成结构空位有序掺杂N掺杂Fe完成FeN4位点构建文献结构图此图摘录于文献单层石墨结构构建(石墨烯)见上一篇博客关于石墨烯的构建手动形成结构空位删除一些原子，形成结构空位。在删除前，需要先取消对称性(make P1)，并建立supercell【supercell】【删除一些原子】【带有结构空位的结构】有序掺杂N对以下选中的四个原子进行有序掺杂，即把原子组分由C改为N【选中要掺杂的原子】【替代为N】掺杂原创 2022-04-06 21:19:52 · 3886 阅读 · 0 评论 -
【Materials Studio学习七】构建石墨烯
构建石墨烯导入石墨结构文件球棍模型取消对称性选中删除一层原子成功构建单层石墨(石墨烯)导入石墨结构文件球棍模型调出display style,设置为球棍模型取消对称性从格子上可以看到有两层原子，我们可以知道石墨烯就是单层石墨，因此需要删除一层原子。执行删除操作需要先取消对称性，否则会因为对称性的存在而删除所有原子。选中删除一层原子这里删除一层原子后就是石墨了成功构建单层石墨(石墨烯)...原创 2022-04-06 12:29:41 · 17555 阅读 · 3 评论 -
【Materials Studio学习六】构建固液表面
构建固液界面构建水盒子建立空的三维文件绘制一个水分子调用Amorphous Cell模块进行计算给固体表面构建一个与水盒子一样大的真空层复制水盒子到固体表面适当调整构建水盒子建立空的三维文件绘制一个水分子在空白面板点击一下，添加一个氧3，然后按Esc退出选择自动加氢构建完成以上步骤使用步骤大约是下面这样调用Amorphous Cell模块进行计算计算设置设置基于哪个文件构建多少个分子，以及设置水盒子的大小水盒子的a,b需要与固体表面的相同设置好后进行计算，注意要用个人原创 2022-04-05 10:43:07 · 8615 阅读 · 0 评论 -
【Materials Studio学习五】表面建模2(固定表面、表面吸附结构)
表面建模2固定表面表面吸附结构水分子吸附固定表面选中要固定的层，接着按下面操作设置颜色显示差别为什么要固定底层？用来代替体相，表面两层一般会发生弛豫；需要做收敛性测试(取不同的层，算表面能，作曲线，收敛)表面吸附结构水分子吸附吸附水分子构型；遵循阴阳离子相吸引的原则(需要自行调整方向)把水分子复制，结合movement工具进行移动将复制的水分子旋转移动一下，遵循阴阳离子结合的原则，调整H的朝向；生成氢键挪动氢原子的摆动位置，使水分子发生分裂；结合以下工具进行使用；原创 2022-04-05 10:19:39 · 7863 阅读 · 2 评论 -
【Materials Studio学习四】表面建模(沿某个晶面方向进行切面、表面吸附结构)
表面建模沿某个晶面方向进行切面晶面显示切晶面表面吸附结构构建超胞添加原子构建吸附分子沿某个晶面方向进行切面晶面显示根据米勒指数显示晶面黄色的就是切面方向切晶面切四层结合display style操作设置即可扩展表面表面吸附结构构建超胞添加原子使用这个工具在晶面某个位置添加原子构建吸附分子同样地，使用添加原子的方法，逐个往上面添加原子即可...原创 2022-04-05 10:10:48 · 10563 阅读 · 2 评论 -
【Materials Studio学习三】元素掺杂操作的实现
元素掺杂操作无序掺杂选择原子点击组分设置所占分数或者添加新的原子掺杂结果有序掺杂去掉对称性掺杂结果无序掺杂选择原子点击组分设置所占分数或者添加新的原子掺杂结果此时每个原子为某个元素是有概率的有序掺杂去掉对称性有序掺杂时，需要设置为make p1格式，去掉对称性，然后在某个位置进行掺杂然后选择某个原子进行组分修改即可掺杂结果...原创 2022-04-04 23:13:44 · 10529 阅读 · 1 评论 -
【Materials Studio学习二】建立三维晶体结构
建立三维晶体结构建立三维晶体结构建立新的三维空文件建立晶体晶体参数设置空间群选择晶格常数设置坐标轴设置添加原子为某个位置的原子位置选择原子选择坐标体系成键设置建立三维晶体结构建立新的三维空文件建立晶体晶体参数设置空间群选择晶格常数设置坐标轴设置添加原子为某个位置的原子位置选择原子选择坐标体系成键设置...原创 2022-04-04 22:59:50 · 4584 阅读 · 0 评论 -
【Materials Studio学习一】了解基本操作菜单栏
了解基本操作菜单栏操作界面了解视窗窗口说明性质栏菜单栏操作界面了解【工程区、性质区、工作区】【工程文件目录区】【软件自带结构位置】【文件导入】选择软件自带文件视窗窗口说明【display style】【dispaly options】【光源位置调整】【label】【Lattice parameter】性质栏菜单栏【计算引擎】【一些基本操作】【toolbars】可以调用前面的所有操作工具栏...原创 2022-04-04 22:50:01 · 7528 阅读 · 0 评论