袁家瑜的博客

记录一个代码排bug的过程，这个bug的出现是因为不规范使用or而导致的。

绘制仅含有y轴的数值条码图/台阶图

本文基于Shermo程序，对ORCA频率计算的结果进行处理，批量输出热力学校正量。

接到一个需求，师兄在做稳定性测试时，时间显示格式为，数据用来画图显示很奇怪，不符合常规的科学形式，希望能将这个时间转为minute显示。

以一元线性回归为例，记录处理过程

本文使用python语言实现从文件夹搜索特定修改日期的文件，并复制到新的文件夹，新的文件夹名字以修改日期命名。

实现将多个列表元素一一相加，并评价某个列表对总结果的贡献

实现从txt文件中提取某个电位对应的电流，然后再找这个电流的一半所对应的电位，将以上这些数据提取出来，存入csv文件中

本次任务是根据csv文件中某字段，筛选出含有该字段的整行数据，并存入新的csv文件。

本文档用于记录学习数据结构过程中的一些实例，加深对数据结构本身的了解。本次文章首先记录关于递归实现与循环实现的区别，从算法本身理解不同的数据结构，其实现的结果虽然相同，但效率上可能不同。这就是数据结构的魅力所在

怎么样可以让程序自动识别出吡啶氮的位置，然后找到相连的氢，自动把它删除呢？我针对这个任务的特点，剖析了每个实现步骤，尝试使用简单的数学方法结合for循环、if条件结构将步骤程序化。

本文档用于学习元组的定义与使用

本文档使用for循环求解常见的数列问题，加深迭代求解的思想学习。

在搬砖过程中，我经常要对大批量的含有空位的结构进行氢饱和处理。如果一个个打开结构，然后进行加氢，我估计要累死，对颈椎及其不友好。而且这种简单且没有技术含量的工作，我想可以用更科学的方式进行实现。

本文实现批量读取文件，并修改文件中某字符串，重新写入文件。

在量化计算中，对多个结构进行计算后，会产生一系列的结果文件，其中每个结构的结果文件的名字均有相同的。比如，对五个结构进行xtb结构优化，优化后产生的结构文件名均为：xtbopt.xyz。接着想基于优化后的结构文件进行进一步计算。因此需要先将这个结构文件提取出来，并存储在新的文件夹下，方便后续处理。定义好文件夹路径、新文件夹路径及文件夹名字，运行函数。即可完成文件的识别、重命名与复制。

添加字典元素 dict_exam = {#使用popitem()删除字典中的最后一对键和值 dict_exam = {'name' : 'yuan' , 'year' : 24 } dict_exam . popitem() #默认输出最后的键对值 print(dict_exam)

本文主要是记录文献阅读与文献复现的内容，所阅读的文献为：Shinagawa_2015_Nature_。这篇文献介绍了多个电化学反应(包括HER,OER,HOR,ORR)的塔菲尔斜率情况。在此，本文主要对ORR(氧还原反应)部分的模型进行复现。

在科研生活中，有时遇到变量数值相差较大，绘制在图上看着不清晰也不美观，因此一般可以绘制对数坐标图。但很多人对这种图的理解有偏差，以为是自己在处理数据时，先计算数据的对数值，再将计算后的对数值进行绘图。这是不专业的做法。对数图的核心在于保留原数据，但坐标内部自行进行对数化，正确的对数图其坐标值显示的仍是原数据，而不是数据的对数值。

本文章记录双坐标柱状图的绘制过程。

本文记录绘制三Y轴图形的学习过程。基于，对图形进行格式美化，使其符合期刊要求。

在科研实验中，有时候会得到很多存储在txt文件的数据文件，这不利于直接用于画图，在此，使用python将txt文件中的数据按列存储进csv文件。这里面涉及几个知识点：函数、if结构、遍历文件夹、创建文件夹、移除文件、按行读取文件、去除字符串中的空格、列表添加元素、将输入按列存入csv文件。

下面通过一个例子来学习与记录类的编程。

结合for循环、if条件语句对列表进行运算。

使用copy()对列表进行浅复制，浅意味着如果前面的列表发生变化，复制后的列表也会发生变化。移除列表指定位置的元素，pop(i)中的i表示该元素索引，使用后会默认输出返回该删除元素。在列表指定位置添加一个元素，i指插入位置的前面元素的索引，元素x会插入到该元素的前面。根据已知元素，找到该元素在列表中出现的总次数，count(x)中x指已知元素。#复制后的列表没有与原列表完全分离开，不是一个独立的列表，与原列表仍存在联系。移除列表中元素为x的第一个元素，即如果列表中有多个x，默认移除第一个x元素。...

复制完Arial字体文件后，删除该运行环境下matplotlib缓冲文件，具体操作为：rm -rf ~/.cache/matplotlib。从windows系统中找到相应的字体文件，然后复制上传到ubuntu系统中。使用命令关闭终端：Ctrl + D。重新进入终端，即可完成字体配置。...

本文介绍双坐标柱状图及双坐标柱线图的绘制

在理论计算中，如果我们有一个结构，需要求解两个原子之间的距离，可以使用一些可视化程序进行手动测量。但是对于周期性结构，还需要考虑周期性边界的影响，确定测量出来的是最短距离。在此分享使用ASE(Atomic Simulation Environment)灵活地测量两个位置距离且考虑结构周期性的方法。可以参考本人之前记录的博客：【ASE+python】实现将poscar格式文件批量转换为xsd格式文件使用ase.io中的read()函数，可以将结构信息读取为atoms object，结合ase.visuali

报错信息回顾：UFuncTypeError: ufunc ‘subtract’ did not contain a loop with signature matching types (dtype(‘

Materials Studio在执行dmol3模块中结构优化任务时，任务结束后会产生一系列的输出文件，其中sdf文件中存储了结构优化后的结构总能量信息。我们在科研任务中可能需要执行很多结构优化任务，对这些任务结果进行批量处理非常重要，因此实现批量从sdf文件中提取出总能量信息非常重要。这能极大地提高我们处理数据的精度以及节省处理时间。【实现结果】首先我们来看一下sdf文件中的信息结构，例如以下文件：这份sdf文件里面我们只需要提取出这段信息的-3732.25912662。可以发现这个数值是在TOTA

从文件夹中根据文件后缀名提取文件，并存储到新的文件夹下面，我有这样一个大文件夹，大文件夹中有很多小的文件夹，小的文件夹中有很多文件。我需要的是小文件夹中有特定后缀名的文件，我想把它们都提取出来。主要用到os.walk()函数。例如，我需要将以下目录中的文件夹，提取每份文件夹中后缀名为outmol,car的文件，并存放在新的文件夹。详情见下：1.在“test_exps”文件夹下有很多子文件夹2.每一份文件夹中均有很多文件，我需要提取的是后缀名为outmol,car的文件3.将从子文件夹中提取的文

批量将文件夹名字中的空格替换为下划线在科研生活中，我们可能会得到一系列文件夹，它们的名字中均有空格。然而，在linux系统中，使用某个文件夹时，很难识别名字中的空格，从而导致报错。因此我们需要将空格转为下划线或者删除。最方便的方法当然是手动替换，但是当我们有几百份文件的时候咋办，手动替换会让我们产生对科研的热情与怀疑，难道我们要白白浪费时间在这种重复简单无聊的事情上吗？当然要去想，有没有更有效的方法？有的，使用python写一段命令即可。举个例子：我需要将文件夹“test_exps”内的各文件夹的名字

ASE的Visualization模块学习ase.visualize.view导入结构文件，调用view查看图形调用ase.build建立surface建立多层特定晶面的结构，并调用matplotlib绘制图形结构显示角度调整构建吸附结构上一篇文章中介绍了ASE转换文件格式的功能，接着我想研究一下ASE是否具有灵活构建吸附结构，无意中发现ASE的图形显示功能，且可以与matplotlib模块对接使用，非常方便，这对于绘制美观的二维结构图形非常重要。下面，我主要记录一下Visualization模块的常规功

将poscar格式文件批量转换为xsd格式文件ASE介绍ASE安装ASE的ase.io.read()与ase.io.write()ase.io.read()ase.io.write()单份poscar文件转换为xsd文件将多份poscar文件转换为xsd文件ASE介绍ASE全称为Atomic Simulation Environment，是一款基于python程序语言的工具包合集，可以用于设置、操作、运行、可视化和分析原子模拟。ASE可以与很多DFT程序进行对接（如，Abinit, CP2K, NWCh

使用openbabel实现POSCAR文件批量转换为xyz文件openbabel的安装(Anaconda环境)windowslinux(ubuntu)使用python链接openbabel单份文件格式转换多份文件实现批量格式转换openbabel的安装(Anaconda环境)将openbabel安装在windows或者linux均可以借助Anaconda进行安装。windows一 ：打开终端(即个人电脑命令行窗口)：win+R二：输入：cmd即可调出命令行窗口，在此之前需要先在电脑安装好Anac

plt.title函数应用使用常规方法调整标题位置灵活调整标题显示在图中的任何位置使用常规方法调整标题位置常规方法使用loc只能调整标题在图中上部的左、中、右位置，使用的代码如：plt.title("title",loc='left')【完整例子展示】import matplotlib.pyplot as pltx=[1,2,3,4,5]y=[2,4,6,8,10]loc_select=['left','center','right']fig=plt.figure(figsize=(9,

matplotlib绘制多子图-plt.subplot函数绘制比较简单的两行两列图给图形加上图列，并自动调整其位置绘制比较简单的两行两列图import matplotlib.pyplot as pltfig=plt.figure(figsize=(8,8))plt.rcParams['figure.figsize']=(8,16)plt.rcParams['savefig.dpi'] = 600 #图片像素plt.rcParams['figure.dpi'] = 600x=[1,2,3,4,

import matplotlib.pyplot as pltx=[1,2,3,4,5]y=[2,4,6,8,10]color_list=['#17becf','tab:blue','tab:orange','tab:green','red']label_list=["vary1","vary2","vary3","vary4","vary5"]plt.rcParams['figure.figsize']=(4.0,2.0)plt.rcParams['savefig.dpi'] = 600 #图

提取多份csv文件特定的列整合到新的csv工作表中在科研生活中，我们可能在数据测试中得到很多份csv数据，这些数据只有两列，我们在后续数据处理中可能想把这些数据放在origin中绘图，其中所有数据的x轴(即第一列数据)都相同，我们想将y轴都整合在新的文件里，保存一列x轴数据，这样方便origin作图。因此，这里记录如何通过python代码快速实现整合。该问题用代码进行处理的思路是这样：首先需要知道这些文件所处的路径位置接着逐次读取每份文件，并提取某列数据建立空列表，将提取出来的数据写入新的工作

如何在windows系统从终端运行python文件从终端打开jupyter notebook修改jupyter notebook 默认打开目录异常情况：终端无法识别命令jupyter notebook从终端上运行python从终端打开jupyter notebook一 ：打开终端(即个人电脑命令行窗口)：win+R二：输入：cmd弹出命令行窗口三：输入命令：jupyter notebook即会在默认浏览器中弹出jupyter notebook，其目录默认显示为C盘下的数据文件修改jupyt