本文档介绍了Flux-simulator的使用方法，包括命令行参数、必要的输入文件、输出文件类型以及模拟RNA-seq的详细步骤。在使用中，可能遇到的问题如无法生成fastq文件、reads长度不达标、内存不足和双端测序输出等问题，通过调整参数和设置可以解决。例如，设置FASTA参数为true，FILTERING参数为true，以及修改UNIQUE_IDS以确保双端测序输出。
Flux-simulator笔记
官方网站：http://sammeth.net/confluence/display/SIM/Home
命令行：
flux-simulator -x -l -s -p 文件名.par
输入文件：
使用必须有的输入文件：1⃣️gtf文件（每一行必须有transcript_id！否则在Checking GTF file时报错）
2⃣️参数文件.par
如果要输出fasta/fastq,进行反转录等：3⃣️需要输入.fa位于的文件目录
（
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