RDKit分子的3D结构

最新推荐文章于 2024-09-21 23:59:08 发布

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分类专栏： RDKit 文章标签： python 人工智能神经网络

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_39889473/article/details/125650700

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本文介绍了如何利用RDKit库处理分子的3D结构，包括安装相关包，读取SDF格式的小分子并进行可视化，以及展示分子的3D结构。RDKit的特色在于能在寻找最大公共子结构（MCS）时考虑原子坐标，便于理解分子间的距离关系。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

RDKit|分子的3D结构

RDKit MCS代码的功能之一是在生成MCS时将原子坐标考虑在内，这一点可能不太为人所知。这里的想法是找到一组3D分子之间的MCS，其中考虑了潜在匹配原子之间的距离。

1、安装相应的包

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdDistGeom
from rdkit.Chem import rdFMCS
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit

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rdkit 单个分子生成多个3D构象和保存

weixin_42357472的博客

02-21

845

【代码】rdkit 单个分子生成多个3D构象和保存。

rdkit 3d结构距离键长矩阵获取rdDistGeom与键角度获取rdMolTransforms

weixin_42357472的博客

01-30

885

rdMolTransforms.GetDihedralDeg 二面角计算。rdMolTransforms.GetAngleDeg 扭转角计算。二面角计算，需要四个索引原子，两个平面的夹角。

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Rdkit|分子3D构象生成与优化

发呆的比目鱼的博客

07-14

5576

Rdkit|分子3D构象生成与优化

RDKit|分子3D构象生成与优化

最会设计的科研狗

04-19

9363

文章目录一、简介二、构象生成算法三、四、一、简介让计算机识别分子结构是计算化学码农的必备技能，也是对分子进行后续操作的基础。本文整理和总结了rdkit进行读取、输出和可视化的一些方法，包含对SMILES、SDF、MOL、MOL2、CSV等文件的处理，以及分子的结构展示。二、构象生成算法先来了解两种rdkit生成3D构象的方法：距离几何法距离几何法步骤： 1.通过分子的连接表信息和一套规...

smi2sdf3d：使用rdkit进行3D多样化构象生成

01-30

smi2sdf3d 使用rdkit进行3D多样化构象生成算法和参数来自： @article{DBLP:journals/jcisd/EbejerMD12, author = {Jean{-}Paul Ebejer and Garrett M. Morris and Charlotte M. Deane}, title = {Freely Available Conformer Generation Methods: How Good Are They?}, journal = {Journal of Chemical Information and Modeling}, volume = {52}, number = {5}, pages = {1146--1158}, year = {2012}, url = {https://doi.org/10.1021/ci2004658}, doi = {10.1021/

RDKit | RDKit分子结构图的详细说明

DrugAI

06-20

5561

二维绘制结构式是人类了解分子形状和特性的第一步。 RDKit中有多个绘制引擎，通过使用不同的方法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深入研究RDKit的结构图，并说明SVG格式的绘制方法，该方法自2015.03更新起可用。可能有很多细节，但是了解幕后发生的事情通常会很有帮助。导入模块和载入数据首先，导入必要的库和分子。需要2020.03或更高版本的RDKit。 from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem i...

RDKit|分子可视化，定制你的分子图

最新发布

qq_39889473的博客

09-21

597

在化学信息学和分子设计中，能够以定制化的方式展示分子结构图对于科学研究和数据呈现至关重要。RDKit 提供了多种方法来调整分子图的样式和标签，使得用户可以根据具体需求对分子图进行美化和标注。本节将介绍如何使用 RDKit 自定义分子图的外观，包括修改原子和键的样式、添加注释、调整颜色以及设置其他视觉元素。1 自定义原子和键的颜色通过自定义原子和键的颜色，可以突出显示分子中特定的结构特征或化学性质，这在分析分子结构或展示关键化学基团时特别有用。1.1 自定义原子颜色可以通过。

RDKit | 基于RDKit输出分子结构图（Image）的方法

DrugAI

01-06

8175

RDKit内置功能绘制分子结构的函数，可根据rdkit.Chem.Draw包创建分子图像方法一：基于SMILES输出分子2D图（2D image）导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import rdDepictor 载入smiles数据 mol = Chem.MolF...

rdkit 处理2D、3D分子

qq_36801966的博客

06-03

4271

Smiles 可以看成分子的1D形式，分子的平面结构可以看成分子的2D形式。该算法能够减少分子中原子在平面内的碰撞，使得绘制的分子更加清晰。文章目录一、引入所需库二、处理2D分子2.1 计算分子的2D坐标函数解析2.2 生成一个分子的描述函数解析2.3 计算分子的2D坐标结果坐标存储在分子的每个原子上三、处理3D分子3.1 产生3D构象3.2 产生多个3D构象四、计算构象的RMS值4.1 计算其他构象和第一个构象的RMS值4.2 计算指定两个构象的RMS值4.3 MMFF立场对构象进行优化五、保.

生成复杂分子3D结构

weixin_44853528的博客

09-22

846

from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem import os smiles = '[NH3+][C@@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2[C@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N3[C@@H](C(=O)N[C@@H](

使用py3dmol

02-18

使用构建后命令启用Jupyter Extensions （Jupyter笔记本）（Jupyter实验室）该示例演示了如何使用Binder启用Jupyter扩展。我们目前仅在此仓库中介绍一个示例。请注意，其中某些在启用方式上是不同寻常的。我们完成每一步使用requirements.txt文件来安装扩展，那么postBuild文件来启用它。 ipywidgets Ipywidgets允许您在笔记本中创建交互式小部件。安装非常简单。您安装python软件包，然后启用扩展。 postBuild文件定义了要与bash一起运行的命令（每行一个）。在这种情况下，我们首先在经典笔记本界面中启用ipywidgets扩展。然后，我们使用它来安装Jupyter Lab扩展（通过调用jupyter labextension），该扩展允许ipywidget在笔记本中显示。

RDKit | 基于RDKit描述三维分子形状（3D描述符）

DrugAI

10-19

5280

近年来，表达分子的三维特征变得越来越重要。已经提出了许多3D描述符，这次将介绍它们中经常使用的三个，Fsp3，PMI和PBF。 Fsp3是分子复杂性的指标二甲基吡啶及其不饱和化合物二甲基哌啶中可以存在多少种异构体？答案是前者有5种，而后者有34种，包括旋光异构体。由于分子量几乎相同，因此简单地将芳族化合物更改为脂肪族化合物会增加分子的复杂性，并大大扩展了化合物...

rdkit的图可视化

zhaoluwei的博客

05-15

651

因为当初想用rdkit生成的图去进行可视化，就去找了相关的博客去看。 RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学https://zhuanlan.zhihu.com/p/163827512。有几个问题出现: 1:最初出现是因为rdkit的版本是2017年的，有点老，所以就新建了一个2020的rdkit版本。 https://zhuanlan.zhihu.com/p/163827512. 2:新版本可以跑通这个代码，但是就是无法生成图片。尝试了用jupyter notebo

Schrödinger中Ligprep小分子三维结构生成详解

MurphyStar的博客

04-25

5170

LigPrep可以生成准确的、能量最小化的三维分子结构。LigPrep还应用复杂的规则来纠正Lewis结构，消除配体的错误，以减少下游的计算错误。

ATOM3D：生物分子（包括蛋白质、小分子和核酸）三维结构的统一数据集

2201_75349501的博客

12-08

867

ATOM3D是一个关于生物分子（包括蛋白质、小分子和核酸）三维结构的统一数据集。这些数据集被专门设计出来为基于3D分子结构的机器学习方法提供基准，并代表各种重要的结构、功能和设计任务。

RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学

DrugAI

04-26

2357

基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D from rdkit.Chem import rdDepictor rdDepictor.SetPreferCoordGen(True) from r...

蛋白对接_分子对接|02 蛋白质和小分子的3D结构前处理

weixin_29104059的博客

01-06

7712

说在前面在开始分子对接之前，我们需要准备蛋白质和小分子的3D结构，并对这些3D结构进行预处理和结构优化，以便进行合理可靠的分子对接。 1、为了验证前期的网络药理学结果，可以将蛋白质全称在pdb网站 http://www.rcsb.org/里搜索3D结构，有时名称会有差异，着重看结构是否一样。(下载结构时，会有蛋白质和配基共同存在的，这时注意要下载...

Rdkit|操作分子对象

发呆的比目鱼的博客

07-11

891

Rdkit|操作分子对象

RDKit | 子结构搜索和MCS算法

DrugAI

10-20

2931

MCS：Maximum Common Substructure 即使查询分子与数据库分子不完全匹配，也想知道其中有多少个通用结构，即最大公共子结构（MCS）。可以使用与子图同构相同的方法来计算。也可以按原样使用公共键（边）的数量作为阈值，或将其转换为相似性指标，例如Jaccard / Tanimoto系数。部分结构匹配的情况下，可以在结构匹配时（或确定它们不匹...

rdkit生成3d分子

08-17

RDKit可以从化学结构信息中生成准确的3D分子模型。首先，用户需要提供分子的结构表示，可以是SMILES字符串、分子文件（如mol、sdf、pdb等格式），或者是分子的拓扑信息。然后，用户可以使用RDKit提供的函数和方法来...