上周一位读者联系我,让我帮忙发一个绘图的单子。在朋友圈发单后,感兴趣的朋友很多,有十几位还私聊我让我分享一下代码,可见大家还是很感兴趣的。不过等了两天,依旧没有勇士接单,可能是因为这种图比较少见,大家画得少。
先来理解一下这张图,在b图中:
- 左边是
EC
细胞表达的ligand
,右边是mNEUR
细胞表达的receptor
。 ligand
这一列对应的基因会排序,依据是两个group(比如young和old两组)在EC
细胞中找完差异基因后,能知道这些基因的log(FC_young_to_old)
,从大到小依次往下排,并涂色。同时,找差异基因也能知道p值
,原文表示显著性用的是圆环的颜色
,越显著,圆环颜色越深。receptor
这一列类似ligand列,不过是在mNEUR
细胞中,两组
之间找差异基因。- 图中的线段,表示
ligand-receptor
对,而这个信息(谁和谁构成受配体)是已知的,数据库可以下载到(也就是说,这个图即便不做细胞通讯分析,只要能下载到ligand-receptor信息,也能画)