【单细胞高级绘图】09.细胞通讯_两组比较_连线图

上周一位读者联系我,让我帮忙发一个绘图的单子。在朋友圈发单后,感兴趣的朋友很多,有十几位还私聊我让我分享一下代码,可见大家还是很感兴趣的。不过等了两天,依旧没有勇士接单,可能是因为这种图比较少见,大家画得少。

先来理解一下这张图,在b图中:

  • 左边是EC细胞表达的ligand,右边是mNEUR细胞表达的receptor
  • ligand这一列对应的基因会排序,依据是两个group(比如young和old两组)在EC细胞中找完差异基因后,能知道这些基因的log(FC_young_to_old),从大到小依次往下排,并涂色。同时,找差异基因也能知道p值,原文表示显著性用的是圆环的颜色,越显著,圆环颜色越深。
  • receptor这一列类似ligand列,不过是在mNEUR细胞中,两组之间找差异基因。
  • 图中的线段,表示ligand-receptor对,而这个信息(谁和谁构成受配体)是已知的,数据库可以下载到(也就是说,这个图即便不做细胞通讯分析,只要能下载到ligand-receptor信息,也能画)
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