Metamap工具安装

最新推荐文章于 2025-06-16 13:03:14 发布
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#UMLS #MetaMap本地安装 #Metamap JAVAAPI

本文档详细介绍了如何在Linux环境下安装MetaMap及其Java API。首先从官网下载所需软件，然后解压缩并设置basedir和JDK路径。执行安装脚本，将Java API的bin文件拷贝到MetaMap目录，最后启动服务并进行测试。使用Java API时，需执行mserver.sh和testapi.sh。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

  • 环境下载
  • 安装过程
    • 项目解压
      • 将下载的压缩文件放在同一个目录下，然后解压缩
      • 需要注意的是两个文件解压缩后得到的文件都是public_mm文件夹，为了区分，可以新建一个public_main_2016v2的文件夹，将main解压到这个文件夹内
      • shell
        • mkdir public_main_2018v2
        • tar -jxvf public_mm_linux_main_2018v2.tar.bz2 ./public_main_2018v2
        • tar -jxvf public_mm_javaapi_2018v2.tar.bz2
    • 然后分别跳转到两个解压文件的bin目录执行如下命令 :
      • 在执行过程中，会需要用户输入basedir和jdk(jre)路径,所以首先就需要确定两个文件的路径
        • JDK
          • which java
            return : /usr/local/jre1.8/bin/java
          • export JAVA_HOME=/usr/local/jre1.8
          • export P
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MetaMap安装官网教程
qq_41623768的博客
10-25 1810
MetaMap官网的安装教程Purpose MetaMap maps terms occuring in text to UMLS Metathesaurus concepts. As part of this mapping process, MetaMap tokenizes text into sections, sentences, phrases, terms, and words. ...
Metamap Java Api 使用教程
it_wenle的博客
05-30 5837
Metamap（简称mm）是一个用于识别文本中包含的一体化医学语言系统概念的工具。 官网地址：https://mmtx.nlm.nih.gov/ mm java api允许通过java程序调用mm的映射引擎，进入mm java api页面（https://mmtx.nlm.nih.gov/JavaApi.shtml） 使用mm java api之前需要下载以下工具包： 1）
Metamap使用方法
01-20
本文描述了如何使用metamap对包括电子病历，医学书籍，卫生保健类文本进行信息抽取和标准化的方法
Windows下MetaMap工具安装
weixin_34279061的博客
06-29 471
Windows下MetaMap工具安装 一、Main MetaMap安装 Prerequisties 12G磁盘空间 JAVA6 or newer JRE or SDK installed Downloading 　　The distribution is available at the MetaMap Main Download Page URL: http://metam...
全面解析IT领域中的“Meta”概念
最新发布
weixin_32287387的博客
06-16 843
元数据被定义为“关于数据的数据”。它描述了数据的属性，如创建者、创建时间、数据格式和数据内容的摘要。简而言之，它为数据提供了一个上下文，帮助我们理解数据的来源、结构和质量。元数据是信息检索、数据管理和数据共享中的核心概念，它在多个领域中扮演着重要角色，比如图书馆的图书索引、数据库管理系统、以及互联网的信息抓取和索引。在HTML文档的<head>部分，我们经常能看到一系列的<meta>标签，它们通常用来描述网页的元信息（metadata），例如字符集、页面描述、关键字等。<meta>
MetaMap:一个简单的Python脚本，可在Nmap扫描中在主机上运行Metasploit模块
03-31
元图 一个简单的Python脚本，可在Nmap扫描中在主机上运行Metasploit模块 用法 usage: metamap.py [-h] (--xml-file XML_FILE | --regex-file REGEX_FILE | --target TARGET_IP) [--filter [SUBNET [SUBNET ...]]] [--verbose] [--debug] [--module-options MODULE_OPTIONS] output-file module-path Run the IP addresses in a Nmap xml file or any file containing IP addresses through a Metasploit module. positi
Python封装的MetaMap工具包：自然语言处理与生物信息学的应用
- 首先，pymetamap将MetaMap的安装和配置过程简化，让用户可以在Python环境中轻松地安装和使用MetaMap，而无需深入了解其底层细节。 - 其次，pymetamap提供了一系列的函数和类，它们封装了MetaMap的命令行工具，...
MetaMap2PubAnnotation:MetaMap2PubAnnotation是使用MetaMap API连接到MetaMap，使用UMLS概念ID标记提供的文本文档并生成PubAnnotation格式的JSON文件的工具
05-12
MetaMap2PubAnnotation是一个使用MetaMap API连接到MetaMap，使用UMLS概念ID标记提供的文本文档并生成PubAnnotation格式的JSON文件的工具。 工具是用Java编写的，并依赖于它。 怎么跑 该工具使用4个命令行参数： ...
pymetamap：MetaMap的Python包装器
02-03
`pymetamap`是一个用于集成MetaMap的Python库，MetaMap是美国国立卫生研究院（NIH）开发的一款强大的自然语言处理（NLP）工具，专门用于生物医学文献中的命名实体识别（NER）。通过`pymetamap`，Python开发者能够...
metamap实现词性标注（简单分句+词性标注）
weixin_30825199的博客
02-01 309
简单分句public List<String> getPhrase(String args,String type) { List<String> lists = new ArrayList<String>(); try { args = args.replaceAll("[;] ", "###").replaceAll("[.] a", ".&...
MetaMap程序是如何把生物医学文本有效地匹配到一体化医学语言系统的超级词表的(转)
yuhushangwei的专栏
09-18 2988
MetaMap程序是如何把生物医学文本有效地匹配到一体化医学语言系统的超级词表的 已有 4079 次阅读 2008-10-12 08:35|个人分类:生物医学文本挖掘|关键词:文本挖掘；自然语言处理；一体化医学语言系统 文摘：一体化医学语言系统（UMLS）是生物医学领域里面最大的词表，可以用在诸如年决策支持系统、病历管理、信息检索和数据挖掘之中。如何利用UMLS成为目前的重要话题
node-MetaMap:为 UMLS 提供对 MetaMap Web API 的访问的包
06-05
元地图 这个小包提供了对 [MetaMap Web API] ( ) 的简单访问点，它允许分析文本文档并将它们映射到统一医疗中的概念语言系统 (UMLS) 元叙词表。 要求和安装 在可以使用包之前，必须满足以下先决条件： 该软件包需要运行安装 JAVA 版本 1.6.0 必须正确指定$JAVA_HOME环境变量 config.json文件应包含用于执行 MetaMap Web API 查询的 UMLS 帐户的用户名、电子邮件地址和密码。 如果未指定，则可以在运行时分配正确的值。 包本身可以通过 npm 方便地安装： npm install meta-map 基本用法 像往常一样需要包通过 var metaMap = require("meta-map"); 该包公开了一个具有以下参数的函数： getConcepts(docs, [options], [callback])
MetaROOT:使用MetaMapLite标准化元数据术语并使测序元数据机器可读！
05-16
MetaROOT（受控输出和本体工具） 使用MetaMapLite标准化元数据术语并使测序元数据机器可读！ 什么是元数据？ 元数据是关于数据的数据。 描述性信息（例如身份，时间，位置等）解释了信息的性质和详细信息。 当使用标准化的本体进行彻底收集时，元数据使您现在和将来都能够理解，使用和共享自己的数据，并且可以帮助其他研究人员长期发现，访问，使用，重新利用和引用您的数据。 它还有利于长期存档数据。 问题是什么？ 大多数生物医学元数据是以变化很大的方式收集的，并且没有标准化且无法翻译为其他研究或什至是同一小组的未来工作。 在大数据时代，这已成为一个典型问题，即如何充分利用和理解所收集的大量数据。 尽管有时可以事后进行元数据的统一，但是根据现场的标准本体收集元数据的效率将大大提高，这将确保数据的完整性和转换。 我们为什么要解决呢？ 尽管许多领域开始针对跨不同数据类型收集哪些元数据制定标
MashMap:适用于长DNA序列的快速近似比对仪
05-12
MashMap MashMap实现了一种快速且近似的算法，用于计算长DNA序列之间的局部比对边界。 对于将基因组装配或长读（PacBio / ONT）映射到参考基因组可能很有用。 给定最小对齐长度和所需局部对齐的同一性阈值，Mashmap使用k -mers计算对齐边界和同一性估计。 它不会显式计算比对，而是使用和的组合来估计基于k- mer的。 然后使用距离将其转换为序列同一性的估计值。 使用给定的最小局部比对长度和同一性阈值，可以自动确定合适的k- mer采样率。 随着这两个阈值的增加，算法的效率也会提高。 例如，Mashmap可以在大约一分钟的总执行时间内将人类基因组装配图映射到人类参考基因组，并且仅使用8个CPU线程即可将其存储在<4 GB的内存中，与其他方法相比，运行时和内存的改善都超过了一个数量级。 。 我们将描述与Mashmap相关的算法，并在列出的出版物中报告该软件的速度
【保姆级教程】UMLS工具——MetaMap安装及使用
Kakaxiii的博客
09-29 1670
SPECIALIST 词典是一个大型的和词典，旨在提供 SPECIALIST 自然语言处理系统 (NLP) 所需的信息，其中包括 MetaMap 和词汇工具等。它旨在成为包含许多生物医学术语的通用英语词典。涵盖范围包括来自各种来源的常用英语单词和生物医学词汇。这每个词汇项目（单词或术语）的词典条目记录了 SPECIALIST NLP 系统所需的句法、形态（词形变化和派生）和正字法（拼写变体）信息。
【2006.07】UMLS工具——MetaMap原理深度解析
Kakaxiii的博客
09-29 1462
映射的。
MIT6.5840——lab1（学习笔记）
weixin_43709418的博客
06-07 556
2.Task的元数据，主要指的是Task的状态，比如Task开始时间（用来判断Task处理是否由于某些原因超时），Task的处理阶段（Waiting、Working、Done，用来判断Task是还没开始呢，还是结束了），Task的指针（为了找到这个Task），Task的状态让Task自己维护不太好，因为这样没法很方便的得到一个全局的任务处理状态，所以应该让coordinator来统一维护，这样可以有它在特殊的时间节点来判断，各个Task的当前状态，并进行相应的状态变更。
UMLS—记录一些使用
zmcadlf的博客
12-17 2912
UMLS参考手册 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9676/ MetaMap MetaMap是一个把生物医学文本与UMLS超级词表中的概念匹配起来的程序 MetaMap下载（需要UMLS许可）： Main Downloadhttps://lhncbc.nlm.nih.gov/ii/tools/MetaMap/run-locally/MainDownload.html 官网上的安装教程： Installation - MetaMaphttps://lh
归纳安装SemRep的过程
m0_60772124的博客
03-23 953
每一步的过程我只链接了众多文章中的一个，还有不清楚的地方可以自己在本站或其他地方进行搜索。Ubuntu配置Java环境（jre或jdk都可，下载前需要申请Oracle账号）申请账号的邮箱尽量选择官方一点的，我用的是学校给个人分的邮箱，带有学校缩写和edu。下载Metamap、JavaAPI压缩包并安装到Ubuntu。申请UMLS账号（是后续下载Metamap的通行证）下载SemRep压缩包并安装到Ubuntu。申请后大概一个工作日的时间就收到了回复）下载Ubuntu（linux系统）
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