【Amber】原子类型及参数

最新推荐文章于 2024-12-07 15:10:20 发布
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分类专栏： Amber
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parm位于amber20/dat/antechamber/PARMCHK.DAT
ff14sb位于amber20/dat/leap/cmd/做包含金属的QM/MM时如果在ff14sb中没有该原子，会有错误

Amber&antechamber | 创建小分子力场参数文件
ASKCOS博客
10-26 982
这是包中最重要的程序。它可以执行许多文件转换，也可以分配原子电荷和原子类型。根据输入的要求，前厅执行以下程序：sqm（或者，mopac或divcon），atomtype，am1bcc，bondtype，espgen，respgen和prepgen。它通常会生成许多中间文件；这些可以通过他们的名字来识别，其中所有字母都是大写字母。如果您在运行前厅时遇到问题，可能需要运行下面描述的各个程序（以使用选项’-s 2’促进此运行）。创建小分子力场参数文件。
Amber&parmchk2 | 查找缺失的力场参数
ASKCOS博客
10-25 974
通过计算gaff中两组力场参数的平均绝对误差百分比，生成一对特定力场参数类型的原子类型（‘A/B’）的相似性指数。每个原子类型对（‘A/B’）对于九种不同类型的力场参数具有九个相似性指标，分别是键平衡长度，键拉伸力常数，键平衡角（'A’和’B’是中心原子），键角弯曲力常数（'A’和’B’是中心原子），键平衡角（'A’和’B’是非中心原子），键角弯曲力常数（'A’和’B’是非中心原子），扭转角扭转力常数（'A’和’B’是内侧原子），扭转角扭转力常数（'A’和’B’是外侧原子），二面角不正确。
Amber参数
bobo531的博客
07-14 2163
amber参数 imin =0，默认，运行MD不再进行MM =1，进行MM， =2，读入轨迹进行分析 ntx 从inpcrd文件读取初始坐标、速度和盒子大小 =1，默认，只读入坐标，不读入速度， =5，同时读入速度和坐标信息，当ntb>0时，读入盒子信息，当irest=1时，速度 信息才有效读入， irest 重启模拟标志 =0，默认，不需要重启模拟，相反的启动新的模拟。如有速度信息则被忽略，同样 的时间步...
分子动力学amber R＜UNK 371＞.A＜BR1 48＞ does not have a type.
liurugongzi123的博客
01-06 994
分子动力学原子类型不一致
原子类型详解
m0_53127809的博客
12-01 1423
原子类型帮助我们在多线程并发的条件下实现整数的原子操作，具有并发安全性，本文详细介绍原子类型的应用以及底层实现。 一、无锁效率高 无锁情况下,即使重试失败,线程始终在高速运行,没有停歇,而synchronized会让线程在没有获得锁的时候,发生上下文切换,进入阻塞。 打个比喻线程就好像高速跑道上的赛车,高速运行时,速度超快,一旦发生上下文切换,就好比赛车要减速、熄火,等被唤醒又得重新打火、启动、加速…恢复到高速运行,代价比较大 但无锁情况下,因为线...
AMBER
zhuyong0000的专栏
10-25 798
FORCEFIELD parm_file_name 指定文件格式VERSIONFLAGATOM_NAMEATOMIC_NUMBERATOM_TYPE_INDEXBOND_FORCE_CONSTANTBOND_EQUIL_VALUECHARGEMASSNUMBER_EXCLUDED_ATOMSNONBONDED_PARM_INDEXPOINTERSRESIDUE_LABELRESIDUE_POINTERTITLEFORMAT20a410I85E16.8 VERSION 版本 FLAG 标志 ATOM_NAME
分子动力学模拟AMBER参数意义
qq_39369623的博客
10-01 2154
amber各参数意义
Amber14(含纤维素二糖)力场文件
11-06
这个文件会列出每个残基的原子类型、电荷、原子间距离和角度参数，这些参数用于计算分子间的相互作用力，如范德华力、静电相互作用以及键长和键角的恢复力。 `specbond.dat` 文件可能包含特殊键合参数，比如氢键、...
amber中非标准氨基酸残基的参数生成
李思琪的博客
12-23 7560
amber中非标准氨基酸残基的参数生成
使用AMBER跑分子动力学模拟
imqyt的博客
12-07 1194
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
利用Amber热力学积分计算相对自由能变化
Cloudam的博客
11-24 995
将两个pdb文件（FEN.pdb和BEN.pdb）中同样位置的全部重原子，保存成同样的坐标，注意名字要和lib中的一样，放成一个lig.pdb，在下面的tleap过程中，tleap会自动根据lib文件将complex中的原子变成真实的样子，这样做是为了保证一样原子的位置完全一致，减少不必要的变量。对比两个去水后的文件，发现由于Amber重编号，突变的残基变为84位，此时使用check_diff_online.py，来保证不是突变的残基的位置都绝对一致，以允许进行TI过程。设置出发和结束原子。
学习amber软件md的输入文件参数
基博的博客
07-02 1217
学习amber教程3.2的补充，对md.in文件的参数介绍，这部分很重要，不弄懂，模拟会跑不起来
Amber中的NMR restraint中的一些参数的设置的意义
rogerzhanglijie的专栏
06-06 4115
在对结构中的对距离角度，二面角，距离等加入限制时需要首先在输入文件中加入一些参数来应用这些限制. DISANG="限制文件的路径"          nmropt 参数值设置为大于0时，应用限制文件中的限制。 当设置pencut这个参数为负数时，所有的限制将会被打印出来. 参数列表"&rst"包含下面的参数。 如果你想只包含重量的变化但是没有内部的限制,设置nmropt=1这个参数值. &r
分子动力学模拟手把手教你
aa74159的博客
04-30 1万+
如果你是AMBER的新用户 或对一般的分子动力学模拟毫无了解 可通过此教程入门. 教程简介 这个教程旨在介绍如何使用Amber进行分子动力学模拟，并假设您以前没有使用过Amber. 它专门为想要了解如何运行分子动力学模拟的新用户而设计. Amber简介 1 Amber 简介 AMBER 代表辅助的模型构建和能量精化(Assisted Model Building and Energy Refine...
Atomic原子类常用方法总结（包含四大类型）
时光如白驹过隙的博客
09-03 6241
学习目标： 提示：这里可以添加学习目标 例如：一周掌握 Java 入门知识 学习内容： 提示：这里可以添加要学的内容 例如： 1、 搭建 Java 开发环境 2、 掌握 Java 基本语法 3、 掌握条件语句 4、 掌握循环语句 学习时间： 提示：这里可以添加计划学习的时间 例如： 1、 周一至周五晚上 7 点—晚上9点 2、 周六上午 9 点-上午 11 点 3、 周日下午 3 点-下午 6 点 学习产出： 提示：这里统计学习计划的总量 例如： 1、 技术笔记 2 遍 2、优快云 技术博客 3 篇
Amber | 推荐力场类型
ASKCOS博客
11-16 898
• a protein force field (recommended choice is ff14SB) • a DNA force field (recommended choice is OL15) • an RNA force field (recommended choice is OL3) • a carbohydrate force field (recommended choice is GLYCAM_06j) • a lipid force field (recommended choi
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
MurphyStar的博客
10-08 6423
基于Amber和Gromacs的“小分子-蛋白质”分子模拟
#AMBER 分子动力学软件Amber18介绍与基础教程(持续更新)
热门推荐
recher_He1107的博客
03-19 1万+
Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下: 其中又分为: 1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等) 2.运行动力学模拟(sander,pmemd等) 3.结果分析(mdout_analyzer.py,MMPBSA,cpptraj,FEW等) 1.系统预处理: > 首先,进行分子动力学模拟我们需要对手中的pdb格式的3D蛋白质,...
AMBER计算氢键数量
最新发布
03-26
<think>嗯，用户想用AMBER软件计算氢键数量，需要教程。首先我得回忆一下AMBER处理氢键的常用方法。通常，AMBER本身可能在轨迹分析时用cpptraj或者某些分析脚本来计算氢键。可能需要先运行分子动力学模拟，然后使用cpptraj处理轨迹文件。 用户可能需要具体的步骤，比如如何准备输入文件，运行分析，以及解释输出结果。记得AMBER的氢键标准可能涉及距离和角度，比如H与受体原子的距离小于一定值，比如3.0Å，同时供体-氢-受体的角度大于某个度数，比如135度。这些参数可能需要用户自己设定或者使用默认值。 还要考虑是否需要安装额外的工具，比如cpptraj是否随AMBER安装，或者是否需要其他第三方脚本。可能还需要提到可视化工具，比如VMD，但用户主要问的是计算数量，所以重点应在分析步骤。 然后，用户可能需要示例命令，比如如何在cpptraj中加载轨迹，定义氢键的标准，运行分析，输出结果。可能还要说明结果文件的格式，如何解读每帧的氢键数量，或者统计平均数量。 另外，可能要注意AMBER版本的不同是否会影响步骤，比如较新版本是否有更简便的方法。同时，可能存在的常见问题，比如轨迹文件过大导致分析时间过长，或者如何选择氢键的参数，是否需要引用相关文献或AMBER手册。 最后，生成相关问题时，要考虑用户可能的后续疑问，比如如何自动化批量处理，如何绘制氢键数目随时间变化的图表，或者如何比较不同条件下的氢键数量差异。</think>### AMBER计算氢键数量的方法 AMBER计算氢键数量通常通过分析分子动力学（MD）模拟的轨迹文件实现，主要工具为`cpptraj`或自定义脚本。以下是具体步骤： --- #### 1. **准备轨迹文件和拓扑文件** - **拓扑文件**：包含分子结构的参数（如`.prmtop`文件）。 - **轨迹文件**：MD模拟生成的轨迹文件（如`.nc`或`.mdcrd`格式）。 - 示例文件结构： ``` system.prmtop # 拓扑文件 md.nc # 轨迹文件 ``` --- #### 2. **使用`cpptraj`分析氢键** - 创建输入脚本（如`hbond.in`），内容如下： ```bash parm system.prmtop # 加载拓扑文件 trajin md.nc # 加载轨迹文件 hbond HB @N,O,H donor @O,N acceptor out hbond.dat dist 3.0 angle 135 # 定义氢键标准 run ``` - **参数说明**： - `dist 3.0`：供体氢与受体原子的最大距离（默认3.0Å）。 - `angle 135`：供体-氢-受体的最小夹角（默认135度）[^1]。 - `@N,O,H`：供体原子类型（如蛋白质主链的N-H）。 - `@O,N`：受体原子类型（如羰基氧或水中的O）。 - 运行命令： ```bash cpptraj -i hbond.in ``` --- #### 3. **解读输出结果** - 输出文件`hbond.dat`包含每帧的氢键数量和详细信息： ```text #Frame Donor Acceptor Distance Angle 1 12 10 2.8 140 2 11 9 2.9 138 ``` - 可使用脚本统计平均氢键数： ```bash awk '{sum+=$2} END {print "Average H-bonds:", sum/NR}' hbond.dat ``` --- #### 4. **可视化氢键（可选）** - 使用`VMD`加载轨迹，通过`Graphics > Representations > Create Rep > Hydrogen Bonds`实时查看氢键。 --- ###
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