学生信的大叔的博客

conda安装软件一直用的北外镜像，但是我租的服务器机构IP好像最近被屏蔽了，一直无法使用。机构内部搭了本地镜像。在更换本地镜像（修改.condarc文件）后，新建环境可以正常使用本地镜像，但是之前建的环境依旧还在沿用北外镜像，无法安装软件。

在当前工作目录建立Raw_datainputResult文件夹。原始数据将下载在Raw_data下，经过下载/重命名等处理后放于input文件夹中。./├── input├── Result以转录组项目PRJEB37155，人的9个转录组为例。注意：这里PE测序数据后缀名是与input/...

eval和bash -c都可以用来在 Linux shell 脚本中执行命令字符串，但它们在使用方式和应用场景上有所不同。eval。

0 为第1个碱基，100表示第101个碱基，但是不包含第101个碱基，因此这个写法表示位置1到100。其中，feature起始与结束为左闭右开区间，即表示第1到第100个碱基可以理解为数学上的区间。由于bed文件起始位置要从0开始，与gtf文件不同，所以在打印时起始位点要减去1，即。即为将基因ID，转录本ID和exon number拼接在了一起，以保留更多内容。这里将基因ID ，转录本ID和exon编号做一些处理，在后续。利用awk从gtf文件中提取exon的bed文件。这里时可以直接进行减法运算的。

在做生信分析的时候，很多情况下我个人倾向于从ENSEMBL下载基因组，但是这个数据库的染色体编号为数字，而一些f分析软件会要求chr前缀。这里演示下如何进行给gtf文件和基因组添加chr前缀。查看gtf染色体前缀。查看基因组染色体前缀。

前两天帮人下载了28.2Gb的蝾螈基因组，这么大的基因组，还是第一次近距离接触。由于之前我优化了下流程脚本，使之可以耗费较小的服务器资源用于分析核心基因组SSR并设计引物。目前为止，我接过的付费分析中还没有超过3Gb的基因组，因此，萌生了对蝾螈基因组分析SSR并设计引物的想法。就现在网上公开的脚本和修改方法，并不能直接完美将流程应用于核心基因组的分析。如果你有需要分析的，可以直接联系我做付费分析。

试了下R将pdf矢量图转换为png位图，不如linux下convert方便好用。

当然，我之前写过一个R脚本模板，可以只依赖基础函数也允许使用长选项设定参数，也可以设定缺省值，详见《等工具来设定选项和缺省值，这些工具在常用系统环境中是默认配置，因此使得脚本更加灵活【下面脚本并未这样写，大家可以自己改写】。输入文件：FPKM表达矩阵，行名为基因，列名为样本名称，值为FPKM。我个人的看法是，还是有一点用处的。当Shell脚本中嵌入R代码，这到底是R脚本，还是shell脚本呢？shell中写R代码的一些细节，了解的还不够详细，需要多写多练。格式，因为是特定情境下的脚本，所以卡的比较严格。

周六接到一个小项目，客户把4例样本的clean数据放到一个名为clean.zip的文件中。客户是通过百度网盘给的数据。由于客户比较着急要数据，所以直接使用bypy把clean.zip下载到远程服务器上。查看文件【前提是已经配置好bypy。配置过程自行搜索】下载文件一般来说解压zip格式，可能会直接使用unzip。