分享一款生物信息数据高亮工具biosyntax

先上图，见下：

喜欢颜色的生信汉子和妹子们，今天分享一款“很有颜色“的生物信息学数据高亮工具给你们，记得三连：收藏，点赞加关注，当然也可以刷火箭，老铁！

biosyntax工具的官网在这儿里：https://biosyntax.org/，它可以高亮生物学数据，例如fasta，fastq, gff，gtf, vcf, sam, bed, pdb, cwl等等，支持多种工具：less, vim, gedit, sublime and VScode。

提前声明：首先我们要感谢biosyntax的研发团队们给生信工作者提供这么好的颜色识别高亮工具，研发不易，开源更难，辛苦了

第一步：我们先在官网下载工具源代码到自己的电脑上

https://github-releases.githubusercontent.com/113121051/1e7a8080-a88d-11e8-8775-4480ead73dd2?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIWNJYAX4CSVEH53A%2F20210611%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20210611T144243Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=5e822381b990ed9e29ef2b698c2dc5d75030dc802dc8b2ebee7fce34256a8f82&X-Amz-SignedHeaders=host&actor_id=18610624&key_id=0&repo_id=113121051&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3DbioSyntax-1.0.0.zip&response-content-type=application%2Foctet-stream​github-releases.githubusercontent.com

第二步：保存至本地文件夹中，然后解压缩后进到安装包文件夹中：bioSyntax-master

第三步：查看安装和说明文件：INSTALL.MD和README.MD

第四步：配置vim编辑器biosyntax高亮功能

在linux命令行首先执行下面代码：

mkdir -p ~/.vim ~/.vim/syntax ~/.vim/ftdetect ~/.vim/colors

然后继续执行下面代码：

touch ~/.vimrc

if ! grep -q ":syntax enable" ~/.vimrc; then echo ":syntax enable\\n" >> ~/.vimrc; fi

紧接着，最关键的是下面，需要把安装包中的资源代码复制到目标文件夹中，这里$bioSyntax是安装包的绝对路径

cp $bioSyntax/vim/syntax/*.vim ~/.vim/syntax/

cp $bioSyntax/vim/ftdetect/*.vim ~/.vim/ftdetect/

cp $bioSyntax/vim/colors/bioSyntax.vim ~/.vim/colors/

最后引用工具作者的话就是：Restart vim and you now have pretty formats!

还有提示：Syntax-highlighting can be turned off using `:syntax off` or removing the `:syntax enable` line from the `.vimrc/_vimrc` file.

我们用vim编辑器打开一些生物信息学数据文件，查看一下是否配置成功

fasta文件

vim uniprot-human-filtered-reviewed_yes.fasta

vim GCF_000001895.5_Rnor_6.0_genomic.fasta

gff文件

gtf文件

vcf文件

第五步：vim编辑器的biosyntax就已经配置好了，原理和步骤其实类似，上面用到的测试数据文件都是公共数据库下载的，如果你需要，我也可以直接发邮件给你。还有less，gedit，sublime和vscode工具可以配置，下面的留给你们自己测试啦～

时间不早，早点休息，祝大家端午假期安康